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- PDB-4hky: New Delhi Metallo-beta-Lactamase-1, Complexed with Cd and Faropenem -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hky
タイトルNew Delhi Metallo-beta-Lactamase-1, Complexed with Cd and Faropenem
要素Beta-lactamase NDM-1
キーワードHydrolase/Antibiotic / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI / alpha-beta-beta-alpha sandwich / hydrolase / PSI-Biology / Hydrolase-Antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-FPM / Chem-SFR / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.004 Å
データ登録者Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, J. / Mire, J. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: New Delhi Metallo-beta-Lactamase-1, Complexed with Cd and Faropenem
著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, J. / Mire, J. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Non-polymer description
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase NDM-1
B: Beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,61418
ポリマ－51,4362
非ポリマー2,17816
水2,450136
1
A: Beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7158
ポリマ－25,7181
非ポリマー9977
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,89910
ポリマ－25,7181
非ポリマー1,1819
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.627, 39.324, 75.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細two monomers in the asymmetric unit

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-lactamase NDM-1 / NDM-1 / Metallo-beta-lactamase NDM-1


分子量: 25717.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase

-
非ポリマー , 6種, 152分子

#2: 化合物 ChemComp-FPM / (5R,6S)-6-(1-hydroxyethyl)-7-oxo-3-[(2R)-oxolan-2-yl]-4-thia-1-azabicyclo[3.2.0]hept-2-ene-2-carboxylic acid / Faropenem / ファロペネム


分子量: 285.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15NO5S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SFR / (2R)-2-[(1S,2R)-1-carboxy-2-hydroxypropyl]-5-[(2R)-oxolan-2-yl]-2,3-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylic acid / FAROPENEM, unbound, hydrolyzed form


分子量: 303.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17NO6S / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.47 %
結晶化温度: 289 K / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25 % PEG 3350, 5 mM CdCl2,10 mM faropenum, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 28649 / Num. obs: 28649 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 32.08 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.629 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1161)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 3QX6

3qx6
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.004→37.117 Å / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: mixed / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2512 1446 5.06 %
Rwork0.2041 --
obs0.2066 28604 99.49 %
all-28604 -
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.004→37.117 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3487 0 77 136 3700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093633
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7394949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1111272
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.528553
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007657
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0035-2.07510.36261430.28322673X-RAY DIFFRACTION98
2.0751-2.15820.30061190.25642676X-RAY DIFFRACTION99
2.1582-2.25640.31651400.232687X-RAY DIFFRACTION100
2.2564-2.37540.29591440.2272706X-RAY DIFFRACTION100
2.3754-2.52420.25231330.22252711X-RAY DIFFRACTION100
2.5242-2.7190.23711380.21712723X-RAY DIFFRACTION100
2.719-2.99250.24541650.20772709X-RAY DIFFRACTION100
2.9925-3.42530.251460.20612725X-RAY DIFFRACTION100
3.4253-4.31450.24381560.17862742X-RAY DIFFRACTION100
4.3145-37.12350.22451620.18572806X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64050.6458-0.52441.5333-0.05430.6912-0.14650.36020.1153-0.85130.06520.15210.1479-0.1525-0.29032.0111-0.26630.09990.30590.38990.007527.100630.2612-46.4928
20.8181-1.2918-0.53114.02420.61732.83450.12420.31090.045-1.7574-0.02570.184-1.30080.38080.03740.8627-0.08680.05230.33640.00320.216825.635424.2642-38.8944
35.72811.6983-1.84873.159-1.55451.0118-0.05380.87320.1403-1.48140.38890.1115-0.45910.6671-0.15420.8418-0.18570.13330.5063-0.02360.287733.81620.5984-42.2306
43.15760.5038-1.5244.29171.30057.7479-0.25420.291-0.3976-0.56940.0056-0.03980.2910.15750.27150.2272-0.02250.05220.2091-0.04880.237626.890315.4735-29.4422
52.53651.37721.93048.6636.49889.02830.0919-0.06560.0020.0361-0.24360.3070.0548-0.0930.07230.18550.01550.06080.13890.02680.227128.159618.7935-21.3965
66.3315-1.67731.2234.0294-0.55563.0544-0.13850.7970.1446-0.67040.0727-0.0762-0.91150.30530.04490.5924-0.06190.00650.2527-0.05240.238726.618128.7501-25.4079
76.2271-0.43941.1792.1657-1.1911.18860.01830.0370.0813-0.3277-0.28340.6949-0.5758-0.60060.23960.51890.1602-0.08680.3723-0.14560.353812.617230.0453-23.058
81.1351-1.3753-0.32352.56090.24550.11580.33720.47670.4743-0.6885-0.49070.4397-0.96660.21310.05661.29050.0702-0.08330.28960.04050.405621.593836.2186-31.8373
93.91431.607-0.14833.09442.38322.5143-0.2979-0.31310.28930.3462-0.26360.68870.2693-0.5562-0.16310.99440.2788-0.25870.2498-0.05690.575310.123336.0212-23.3459
107.6523-3.74330.71096.32.29165.0244-0.2932-0.3689-0.71510.7739-0.16011.3649-0.0423-0.39250.47080.72470.02440.13810.94240.13660.56146.387711.935316.0927
114.5086-1.14420.76952.38231.15784.28210.082-0.1795-0.02370.5935-0.03070.81150.2093-0.3177-0.01480.45820.03210.29840.35640.04220.515512.576712.6249.9729
123.14762.03060.98763.58710.54954.2367-0.0943-0.3393-0.43530.8035-0.02820.30170.31320.12860.04980.50780.10810.11670.28590.05420.210720.179514.57197.5549
134.6849-0.49971.64055.6639-0.40495.3233-0.3242-0.80880.27391.14120.4071-0.0546-0.0463-0.3081-0.07610.38810.12290.03580.3826-0.00660.246323.050318.234714.0911
142.5708-1.524-1.07814.62440.10737.6053-0.25-0.1815-0.07950.42810.15530.198-0.3583-0.1120.09480.210.03740.03330.1725-0.02120.228121.586323.6401-0.3339
153.719-2.756-3.19483.05734.0145.96220.02560.23530.24280.1794-0.0728-0.0409-0.090.039-0.01460.1891-0.00420.02640.20130.04770.253425.619520.2782-7.4436
164.8602-1.38620.69892.9040.36324.23680.0603-0.57230.38650.1719-0.031-0.090.2576-0.2674-0.03880.14240.01190.08660.12330.01650.215125.315613.4584-6.4388
176.98782.84182.1065.8303-0.00613.6960.1027-0.7348-0.39110.3103-0.24310.04050.6145-0.20640.21920.3490.0370.12820.29960.04770.279118.83676.04-1.0939
183.99740.19340.411.38030.23173.6426-0.0821-0.1791-0.35380.2874-0.06320.61040.2027-0.33410.11040.3073-0.01380.16460.2632-0.02930.387912.39726.7826-6.9045
198.4282-3.70685.40785.2556-3.26818.33260.31010.3351-1.2697-0.6686-0.12520.73190.7203-0.5472-0.11210.357-0.02490.0750.3523-0.14230.52357.92983.227-12.1509
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 41 through 57 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 94 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 95 through 118 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 119 through 149 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 150 through 170 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 171 through 212 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 213 through 239 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 240 through 255 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 256 through 270 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 30 through 48 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 49 through 70 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 71 through 94 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 95 through 118 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 119 through 149 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 150 through 170 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 171 through 194 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 195 through 212 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 213 through 255 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 256 through 270 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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