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万見
- PDB-4hkr: Calcium release-activated calcium (CRAC) channel ORAI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hkr
タイトルCalcium release-activated calcium (CRAC) channel ORAI
要素Calcium release-activated calcium channel protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / calcium channel / Orai1 / eukaryotic membrane protein / membrane protein / ion channel / STIM / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium entry / store-operated calcium channel activity / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of calcium ion transport / calcium channel complex / calcium channel regulator activity / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium release-activated calcium channel protein Orai / Calcium release-activated calcium channel protein / Orai superfamily / Mediator of CRAC channel activity / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Calcium release-activated calcium channel protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 単波長異常分散 / 解像度: 3.3511 Å
データ登録者Long, S.B. / Hou, X.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the calcium release-activated calcium channel Orai.
著者: Hou, X. / Pedi, L. / Diver, M.M. / Long, S.B.
履歴
登録2012年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22012年12月26日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium release-activated calcium channel protein 1
B: Calcium release-activated calcium channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0096
ポリマ－48,6952
非ポリマー3144
水00
1
A: Calcium release-activated calcium channel protein 1
B: Calcium release-activated calcium channel protein 1
ヘテロ分子

A: Calcium release-activated calcium channel protein 1
B: Calcium release-activated calcium channel protein 1
ヘテロ分子

A: Calcium release-activated calcium channel protein 1
B: Calcium release-activated calcium channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,02818
ポリマ－146,0846
非ポリマー94312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area23840 Å2
ΔGint-335 kcal/mol
Surface area39820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.910, 117.910, 117.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

BA

21A-402-

ZN

31A-403-

FE

41A-404-

FE

詳細The biological assembly is a hexamer generated from the dimer in the asymmetric unit by the three fold crystallographic axis

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要素

#1: タンパク質 Calcium release-activated calcium channel protein 1 / Protein orai / dOrai


分子量: 24347.395 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 133-341 / 変異: C224S, C283T, P276R, P277R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: olf186-F, CRACM1, olf186, CG11430 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9U6B8
#2: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION


分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.16 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 26% PEG 400, 1 M Ammonium Formate, 100 mM MES pH 6.5. The crystal was soaked in: 50 % PEG 400, 1 M Ammonium Formate, 100 mM MES pH 6.5, 50 mM barium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→40 Å / Num. all: 8116 / Num. obs: 8116 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 40.5 % / Biso Wilson estimate: 152 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 59.7
反射 シェル解像度: 3.35→3.41 Å / 冗長度: 40.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 386 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHARP位相決定
PHASER位相決定
PHENIX(1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS(1.3)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換, 単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 4HKS

4hks


解像度: 3.3511→19.93 Å / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 位相誤差: 39.72 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2794 401 5.02 %Random
Rwork0.278 ---
all0.278 8057 --
obs0.278 7995 99.23 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 170 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3511→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2346 0 4 0 2350
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092399
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3363268
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.346762
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082411
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005387
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3511-3.8330.33371100.30852527X-RAY DIFFRACTION100
3.833-4.81790.33321450.30492470X-RAY DIFFRACTION98
4.8179-19.93080.2551460.26332597X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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