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- PDB-4hkh: Structure of the Hcp1 protein from E. coli EAEC 042 pathovar, mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hkh
タイトルStructure of the Hcp1 protein from E. coli EAEC 042 pathovar, mutants N93W-S158W
要素Putative type VI secretion protein
キーワードPROTEIN BINDING / beta sandwich / tube of T6SS
機能・相同性: / Hcp1-like / Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily / Type VI secretion system effector, Hcp / Pnp Oxidase; Chain A / Roll / Mainly Beta / Type VI secretion protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Douzi, B. / Spinelli, S. / Derrez, E. / Blangy, S. / Brunet, Y.R. / Cascales, E. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the Hcp1 protein from E. coli EAEC 042 pathovar, mutants N93W-S158W
著者: Douzi, B. / Spinelli, S. / Derrez, E. / Blangy, S. / Brunet, Y.R. / Cascales, E. / Cambillau, C.
履歴
登録2012年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative type VI secretion protein
B: Putative type VI secretion protein
D: Putative type VI secretion protein
E: Putative type VI secretion protein
F: Putative type VI secretion protein
G: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,29317
ポリマ－118,2376
非ポリマー1,05711
水13,007722
1
A: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9944
ポリマ－19,7061
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9944
ポリマ－19,7061
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8983
ポリマ－19,7061
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8983
ポリマ－19,7061
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
F: Putative type VI secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7061
ポリマ－19,7061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
G: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8022
ポリマ－19,7061
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.210, 145.890, 89.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Putative type VI secretion protein


分子量: 19706.094 Da / 分子数: 6 / 断片: Hcp1 / 変異: N93W, S158W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EAEC 042 / 遺伝子: EC042_4529, Hcp1 / プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D3GUW0
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 722 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 14% PEG 3350, 50 mM bis-TRIS propane, 0.1 M Mg-formate , pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月28日 / 詳細: Si[111] monochromator crystal
放射モノクロメーター: Si[111] monochromator crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→50 Å / Num. all: 116904 / Num. obs: 116904 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 11432 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3HE1

3he1


解像度: 1.69→43.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9286 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9253 / SU R Cruickshank DPI: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1959 5862 5.02 %RANDOM
Rwork0.1802 ---
obs0.181 116811 99.42 %-
all-116811 --
原子変位パラメータBiso mean: 27.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.5389 Å20 Å20.4176 Å2
2--5.7973 Å20 Å2
3----10.3361 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.188 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→43.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6902 0 55 722 7679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017253HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.149875HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d02479SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0178HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes01027HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it07253HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.95
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion0949SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact08371SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.73 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2533 403 4.69 %
Rwork0.2286 8189 -
all0.2298 8592 -
obs--99.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.59680.2972-0.06451.32120.01270.3267-0.0069-0.01550.07020.0076-0.0026-0.01410.0169-0.00960.0095-0.03760.00010.00320.0093-0.0021-0.04235.8417-13.008120.4607
20.8905-0.5716-0.06560.93610.01670.5273-0.0179-0.00540.0720.0487-0.00720.00680.0255-0.00250.0251-0.0433-0.00590.0024-0.01390.0012-0.008533.121215.444720.4345
31.549-0.0894-0.04460.2429-0.07810.474-0.0094-0.03350.0446-0.0090.0108-0.02420.0139-0.0027-0.0014-0.03880.0064-0.0024-0.01610.0003-0.01027.374626.404320.7752
40.73420.23280.05171.45290.00470.42970.0078-0.0258-0.06670.0062-0.01360.0374-0.00560.03490.0058-0.03090.0012-0.00770.0170.0011-0.058-15.5779.372920.6156
50.7594-0.66180.08771.25820.02390.44080.0025-0.0053-0.06810.0244-0.011-0.0032-0.01850.01840.0085-0.051-0.0076-0.0027-0.0139-0.0052-0.0073-11.5846-18.085320.4756
61.4559-0.1260.02260.31750.16510.6312-0.0019-0.0352-0.0106-0.0001-0.0021-0.0158-0.0094-0.02510.004-0.03810.0061-0.0041-0.01020.0008-0.025213.8854-29.131920.1897
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|158 }A2 - 158
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|3 - B|158 }B3 - 158
3X-RAY DIFFRACTION3{ D|3 - D|158 }D3 - 158
4X-RAY DIFFRACTION4{ E|2 - E|159 }E2 - 159
5X-RAY DIFFRACTION5{ F|2 - F|157 }F2 - 157
6X-RAY DIFFRACTION6{ G|3 - G|158 }G3 - 158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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