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- PDB-4hk1: Crystal Structure of PCNA from Drosophila melanogaster -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hk1
タイトルCrystal Structure of PCNA from Drosophila melanogaster
要素Proliferating cell nuclear antigen
キーワードCELL CYCLE / DNA BINDING PROTEIN / THE SLIDING CLAMPS FAMILY (BETA CLAMPS) / DNA BINDING / DNA REPLICATION / DNA REPAIR / CELL CYCLE CONTROL
機能・相同性
機能・相同性情報


Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Polymerase switching / Removal of the Flap Intermediate / Processive synthesis on the lagging strand / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI ...Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Polymerase switching / Removal of the Flap Intermediate / Processive synthesis on the lagging strand / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Translesion Synthesis by POLH / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / eggshell chorion gene amplification / response to methyl methanesulfonate / PCNA complex / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / nuclear replication fork / translesion synthesis / mismatch repair / response to UV / positive regulation of DNA repair / positive regulation of DNA replication / mitotic spindle organization / nucleotide-excision repair / response to hydrogen peroxide / DNA-templated DNA replication / DNA replication / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain ...Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Wang, K. / Shi, Z.B. / Zhou, Z.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Structure of PCNA from Drosophila melanogaster.
著者: Wang, K. / Shi, Z. / Zhang, M. / Cheng, D.
履歴
登録2012年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1271
ポリマ－29,1271
非ポリマー00
水2,072115
1
A: Proliferating cell nuclear antigen

A: Proliferating cell nuclear antigen

A: Proliferating cell nuclear antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3823
ポリマ－87,3823
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)151.157, 151.157, 38.282
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen / PCNA / Cyclin / Mutagen-sensitive 209 protein


分子量: 29127.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: mus209, PCNA, CG9193 / プラスミド: HT-pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: P17917
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.43 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 1.2 M sodium citrate tribasic dehydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月10日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 21943 / Num. obs: 20100 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 1026 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U7B

1u7b


解像度: 2.001→28.566 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 36.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2781 1028 5.15 %RANDOM
Rwork0.2284 ---
all0.231 21978 --
obs0.231 19958 90.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→28.566 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1839 0 0 115 1954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061863
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1562508
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.395684
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005321
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0015-2.1070.35241410.2772835X-RAY DIFFRACTION95
2.107-2.23890.30681520.2562782X-RAY DIFFRACTION94
2.2389-2.41170.37081510.25732785X-RAY DIFFRACTION94
2.4117-2.65430.28731640.23762816X-RAY DIFFRACTION95
2.6543-3.0380.28661510.24112759X-RAY DIFFRACTION93
3.038-3.82610.26561470.22932527X-RAY DIFFRACTION85
3.8261-28.56890.24471220.20232426X-RAY DIFFRACTION81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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