[日本語] English
万見
- PDB-4hj0: Crystal structure of the human GIPr ECD in complex with Gipg013 F... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hj0
タイトルCrystal structure of the human GIPr ECD in complex with Gipg013 Fab at 3-A resolution
要素
  • Gastric inhibitory polypeptide receptor
  • Gipg013 Fab, Antagonizing antibody to the GIP Receptor, Heavy chain
  • Gipg013 Fab, Antagonizing antibody to the GIP Receptor, Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Glucagon receptor sub-family recognition fold
機能・相同性
機能・相同性情報


gastric inhibitory peptide receptor activity / glucagon family peptide binding / gastric inhibitory peptide signaling pathway / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cAMP-mediated signaling / endocrine pancreas development / response to fatty acid / G protein-coupled peptide receptor activity / peptide hormone binding / regulation of insulin secretion ...gastric inhibitory peptide receptor activity / glucagon family peptide binding / gastric inhibitory peptide signaling pathway / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cAMP-mediated signaling / endocrine pancreas development / response to fatty acid / G protein-coupled peptide receptor activity / peptide hormone binding / regulation of insulin secretion / response to axon injury / response to glucose / activation of adenylate cyclase activity / response to nutrient / generation of precursor metabolites and energy / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / response to calcium ion / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, gastric inhibitory polypeptide receptor / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. ...GPCR, family 2, gastric inhibitory polypeptide receptor / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gastric inhibitory polypeptide receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Madhurantakam, C. / Ravn, P. / Gruetter, M.G. / Jackson, R.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural and Pharmacological Characterization of Novel Potent and Selective Monoclonal Antibody Antagonists of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide Receptor.
著者: Ravn, P. / Madhurantakam, C. / Kunze, S. / Matthews, E. / Priest, C. / O'Brien, S. / Collinson, A. / Papworth, M. / Fritsch-Fredin, M. / Jermutus, L. / Benthem, L. / Gruetter, M. / Jackson, R.H.
履歴
登録2012年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22013年7月24日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Gastric inhibitory polypeptide receptor
B: Gastric inhibitory polypeptide receptor
P: Gipg013 Fab, Antagonizing antibody to the GIP Receptor, Heavy chain
Q: Gipg013 Fab, Antagonizing antibody to the GIP Receptor, Light chain
D: Gipg013 Fab, Antagonizing antibody to the GIP Receptor, Light chain
C: Gipg013 Fab, Antagonizing antibody to the GIP Receptor, Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,4306
ポリマ－124,4306
非ポリマー00
水00
1
A: Gastric inhibitory polypeptide receptor
P: Gipg013 Fab, Antagonizing antibody to the GIP Receptor, Heavy chain
Q: Gipg013 Fab, Antagonizing antibody to the GIP Receptor, Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2153
ポリマ－62,2153
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23740 Å2
手法PISA
2
B: Gastric inhibitory polypeptide receptor
D: Gipg013 Fab, Antagonizing antibody to the GIP Receptor, Light chain
C: Gipg013 Fab, Antagonizing antibody to the GIP Receptor, Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2153
ポリマ－62,2153
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area24340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.266, 109.850, 105.935
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Gastric inhibitory polypeptide receptor / GIP-R / Glucose-dependent insulinotropic polypeptide receptor


分子量: 15764.310 Da / 分子数: 2 / 断片: Extra-cellular Domain, UNP residues 24-138 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GIPR / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48546
#2: タンパク質 Gipg013 Fab, Antagonizing antibody to the GIP Receptor, Heavy chain


分子量: 23758.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEU / 細胞株 (発現宿主): CHO / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Gipg013 Fab, Antagonizing antibody to the GIP Receptor, Light chain


分子量: 22691.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEU / 細胞株 (発現宿主): CHO / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.02 M TAPS, 30% (w/v) PEG 10,000, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年8月29日
放射モノクロメーター: Si (III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→48.665 Å / Num. obs: 21995 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2.6
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASERMR位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QKH, 1GIG

2qkh

1gig


解像度: 3→48.665 Å / SU ML: 1 / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 31.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3107 1997 9.08 %
Rwork0.2553 --
obs0.2603 21989 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 22.75 Å2 / ksol: 0.306 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.603 Å2-0 Å2-9.6426 Å2
2---10.7044 Å20 Å2
3---15.3074 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.665 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7635 0 0 0 7635
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057855
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1510709
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5992745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061384
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0001-3.07510.35061410.32671403X-RAY DIFFRACTION100
3.0751-3.15820.39321410.30371412X-RAY DIFFRACTION100
3.1582-3.25110.34151450.28831460X-RAY DIFFRACTION100
3.2511-3.35610.34871390.25571385X-RAY DIFFRACTION100
3.3561-3.4760.32011430.26861435X-RAY DIFFRACTION100
3.476-3.61510.29371410.26051417X-RAY DIFFRACTION100
3.6151-3.77960.35611440.26371440X-RAY DIFFRACTION100
3.7796-3.97880.33021420.26781415X-RAY DIFFRACTION100
3.9788-4.22790.3021420.24221428X-RAY DIFFRACTION100
4.2279-4.55410.26831430.21031426X-RAY DIFFRACTION100
4.5541-5.0120.27141420.21061424X-RAY DIFFRACTION100
5.012-5.73630.27561440.2461434X-RAY DIFFRACTION100
5.7363-7.22330.31571450.27971446X-RAY DIFFRACTION100
7.2233-48.67140.30331450.25391467X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る