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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hig | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Ultrahigh-resolution crystal structure of Z-DNA in complex with Mn2+ ion. | ||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / self-complementary DNA / Z-DNA | 機能・相同性 | : / SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM) / DNA | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.75 Å | データ登録者 | Drozdzal, P. / Gilski, M. / Kierzek, R. / Lomozik, L. / Jaskolski, M. | 引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013 タイトル: Ultrahigh-resolution crystal structures of Z-DNA in complex with Mn(2+) and Zn(2+) ions. 著者: Drozdzal, P. / Gilski, M. / Kierzek, R. / Lomozik, L. / Jaskolski, M. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011 タイトル: High regularity of Z-DNA revealed by ultra high-resolution crystal structure at 0.55 A. 著者: Brzezinski, K. / Brzuszkiewicz, A. / Dauter, M. / Kubicki, M. / Jaskolski, M. / Dauter, Z. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Anomalous signal of phosphorus used for phasing DNA oligomer: importance of data redundancy. 著者: Dauter, Z. / Adamiak, D.A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hig.cif.gz | 28.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hig.ent.gz | 18.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hig.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4hig_validation.pdf.gz | 382.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4hig_full_validation.pdf.gz | 382.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4hig_validation.xml.gz | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4hig_validation.cif.gz | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/4hig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/4hig | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-SPK / | #3: 化合物 | ChemComp-MN / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 22.7 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / pH: 6 詳細: 1.5 MM DNA WATER SOLUTION MIXED 1:1 V/V WITH 10% MPD, 12 MM SPERMINE TETRA-HCL, 12 MM NACL, 80 MM KCL AND EQUILIBRATED AGAINST 35% MPD, PH 6. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP METHOD, TEMPERATURE ...詳細: 1.5 MM DNA WATER SOLUTION MIXED 1:1 V/V WITH 10% MPD, 12 MM SPERMINE TETRA-HCL, 12 MM NACL, 80 MM KCL AND EQUILIBRATED AGAINST 35% MPD, PH 6. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP METHOD, TEMPERATURE 292K. FOR MN2+ SOAKING, A CRYSTAL WAS PLACED IN 0.002 ML OF THE RESERVOIR SOLUTION MIXED WITH 0.002 ML OF 5 MM MNCL2 FOR ONE WEEK. |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 0.75→25.57 Å / Num. obs: 47730 / % possible obs: 79.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.28 % / Biso Wilson estimate: 4.756 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 19.28 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 0.75→0.77 Å / 冗長度: 1.15 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Mean I/σ(I) obs: 11.39 / % possible all: 10.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1I0T 解像度: 0.75→25.57 Å / Num. parameters: 3409 / Num. restraintsaints: 1139 / 交差検証法: FREE R 詳細: THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT AGAINST SEPARATE BIJVOET PAIRS. ANISOTROPIC ADPS. ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R-FACTOR FROM 0.1295 TO 0.0903. HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING ...詳細: THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT AGAINST SEPARATE BIJVOET PAIRS. ANISOTROPIC ADPS. ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R-FACTOR FROM 0.1295 TO 0.0903. HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS. THE FINAL REFINEMENT WAS CALCULATED USING WEIGHTED FULL MATRIX LEAST-SQUARES PROCEDURE.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.(1975) 91, 201. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 1 / Occupancy sum hydrogen: 164 / Occupancy sum non hydrogen: 332.97 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.75→25.57 Å
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拘束条件 |
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