PDB-4hi2: Crystal structure of an Acylphosphatase protein cage

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hi2

タイトル

Crystal structure of an Acylphosphatase protein cage

要素

Acylphosphatase

キーワード

HYDROLASE / Ferredoxin fold

機能・相同性

機能・相同性情報

acylphosphatase / acylphosphatase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Nath, S. / Banerjee, R. / Sen, U.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of acylphosphatase C20R mutant from Vibrio cholerae0395
著者: Nath, S. / Banerjee, R. / Sen, U.

履歴

登録	2012年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hi2.cif.gz	424.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hi2.ent.gz	356.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hi2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hi2_validation.pdf.gz	527.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hi2_full_validation.pdf.gz	549.4 KB	表示
XML形式データ	4hi2_validation.xml.gz	37.3 KB	表示
CIF形式データ	4hi2_validation.cif.gz	53.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/4hi2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/4hi2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hi1C 2bjdS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6krb-d 1x27-d 2868 21376 21373 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acylphosphatase

B: Acylphosphatase

C: Acylphosphatase

D: Acylphosphatase

E: Acylphosphatase

F: Acylphosphatase

G: Acylphosphatase

H: Acylphosphatase

I: Acylphosphatase

J: Acylphosphatase

K: Acylphosphatase

L: Acylphosphatase

ヘテロ分子

127 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.940, 104.940, 147.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Acylphosphatase / Acylphosphate phosphohydrolase 分子量: 10238.567 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株: ATCC 39541 / Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: acyP, VC0395_A0969, VC395_1474 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5F8G9, acylphosphatase
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#1: タンパク質

Acylphosphatase / Acylphosphate phosphohydrolase

分子量: 10238.567 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株: ATCC 39541 / Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: acyP, VC0395_A0969, VC395_1474 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5F8G9, acylphosphatase

#2: 化合物

...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.6M AMS, 0.1M HEPES, pH=7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年7月13日
放射	モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→28.18 Å / Num. obs: 31972 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 1.8 %
反射シェル	最高解像度: 3.1 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BJD

2bjd

解像度: 3.1→28.178 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2891	1606	5.04 %	Random
R_work	0.2209	-	-	-
obs	0.2244	31837	96.52 %	-
all	-	31972	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.5 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→28.178 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8333	0	215	0	8548

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8685
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.34	11738
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.674	3093
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	1238
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1001-3.2001	0.3473	156	0.2935	2746	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2001-3.3143	0.3114	154	0.2654	2750	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3143-3.4467	0.3591	169	0.2782	2801	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4467-3.6033	0.3862	138	0.3186	2835	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6033-3.7929	0.6364	119	0.4498	2599	X-RAY DIFFRACTION	91
3.7929-4.0299	0.3167	149	0.2706	2827	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0299-4.34	0.2028	145	0.1606	2778	X-RAY DIFFRACTION	98
4.34-4.7748	0.1833	145	0.1233	2807	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7748-5.4614	0.1961	148	0.1318	2745	X-RAY DIFFRACTION	97
5.4614-6.8643	0.2441	148	0.1791	2716	X-RAY DIFFRACTION	96
6.8643-28.1789	0.2426	135	0.1715	2627	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4377	-1.4278	0.2931	1.7964	-1.4419	1.9404	-0.373	0.0319	-0.1417	0.0369	-0.0441	0.1296	-0.0052	-0.4286	-0.0536	0.5305	-0.1839	0.0808	0.3369	0.0284	0.542	-15.0843	22.9962	-12.5313
2	0.0739	0.0074	0.0927	-0.0309	0.0123	0.0911	0.0439	-0.1565	-0.0316	0.15	-0.0825	-0.0359	-0.4203	-0.2933	-0	0.6558	0.0635	-0.0537	0.3675	0.0052	0.6196	-19.9561	45.8479	-26.556
3	0.6281	-0.3194	-0.5415	1.2488	1.3015	1.289	0.2383	-0.125	0.0816	0.1327	-0.192	0.1589	0.3694	0.0056	-0.0021	0.4762	-0.1102	-0.0773	0.3464	-0.0109	0.4281	1.4018	44.5112	-9.3613
4	2.541	-1.6047	0.5953	0.9267	-0.4146	0.5792	-0.1564	-0.2426	0.0536	0.2976	0.1528	-0.1142	0.0121	0.3135	0.0001	0.5154	0.0284	-0.09	0.6335	-0.0616	0.5038	18.7066	22.2036	-12.7436
5	1.3265	-0.7625	-1.1239	1.1964	-0.006	1.3995	0.0139	0.0115	-0.1238	-0.2802	-0.0805	-0.3701	0.3105	0.2246	-0.0005	0.5523	0.1609	0.032	0.5033	-0.0857	0.5793	23.454	14.3563	-38.411
6	1.4259	-0.6451	0.9531	1.2113	0.5302	1.4648	0.3039	-0.2791	-0.2353	-0.0458	0.0183	0.1317	0.1865	0.2246	0.0036	0.7208	0.0371	0.1297	0.2949	0.0612	0.5374	2.1996	4.0739	-24.6422
7	2.1323	1.5307	0.0037	1.355	-0.5769	1.0762	-0.3364	0.2993	0.0017	-0.1425	0.3486	-0.1166	-0.1218	0.4917	0.0002	0.5813	-0.0421	0.0959	0.5482	-0.0431	0.512	18.7385	38.3525	-52.7992
8	1.4804	1.0778	1.0075	1.2499	0.3378	0.8628	-0.1108	0.0614	0.1806	-0.0544	-0.0847	-0.1427	-0.3422	0.4535	-0.0005	0.5107	-0.1161	-0.045	0.5646	-0.0643	0.549	23.4702	46.2363	-27.1023
9	1.4631	0.7975	-0.709	1.6685	1.0655	1.8676	0.0169	0.215	0.2367	0.0017	0.0303	0.1508	-0.4597	0.2486	0	0.668	0.0082	-0.1096	0.2739	0.0344	0.5137	2.2317	56.5323	-40.8939
10	0.5496	0.8711	-0.1527	2.3267	-1.8654	2.2503	-0.2977	-0.0309	0.0777	0.068	0.0784	0.0975	-0.2783	-0.3204	-0.0188	0.4502	0.1639	-0.0802	0.3806	0.0465	0.4764	-15.0524	37.5759	-53.0195
11	1.2882	0.4083	0.5206	0.1396	0.0384	1.35	-0.1771	0.2249	-0.1151	-0.0025	-0.0453	0.0867	0.4584	-0.3995	-0.0005	0.7167	-0.0852	0.0394	0.2674	0.0414	0.628	-19.9577	14.716	-38.9987
12	1.4	-0.6204	1.0138	0.8314	0.2838	1.3072	0.1525	0.1639	-0.0995	-0.1474	-0.0402	0.1317	-0.0242	0.158	-0.0005	0.5882	0.1086	0.0751	0.3101	-0.0246	0.4281	1.4704	16.0997	-56.1841

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:91)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 3:91)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 4:91)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 4:91)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain E and resid 4:91)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain F and resid 4:91)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain G and resid 4:91)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain H and resid 4:91)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain I and resid 4:91)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain J and resid 4:91)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain K and resid 3:91)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain L and resid 4:91)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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