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- PDB-4hhx: Structure of cytoplasmic domain of TCPE from Vibrio cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hhx
タイトルStructure of cytoplasmic domain of TCPE from Vibrio cholerae
要素Toxin coregulated pilus biosynthesis protein E
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Type IV pilus assembly protein / integral inner membrane protein / GspF superfamily / Polytopic membrane protein / Inner membrane platform / N-terminal cytoplasmic domain
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system (T2SS), domain F / T2SS_GspF/T4SS_PilC conserved site / Bacterial type II secretion system protein F signature. / GspF/PilC family / Type II secretion system protein GspF domain / Type II secretion system GspF domain superfamily / Type II secretion system (T2SS), protein F / Receptor-associated Protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin coregulated pilus biosynthesis protein E
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Kolappan, S. / Craig, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of the cytoplasmic domain of TcpE, the inner membrane core protein required for assembly of the Vibrio cholerae toxin-coregulated pilus.
著者: Kolappan, S. / Craig, L.
履歴
登録2012年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin coregulated pilus biosynthesis protein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6822
ポリマ－13,5861
非ポリマー961
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.790, 73.610, 95.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細monomer

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要素

#1: タンパク質 Toxin coregulated pilus biosynthesis protein E / TCP pilus biosynthesis protein TcpE


分子量: 13585.875 Da / 分子数: 1
断片: N-TERMINAL CYTOPLASMIC DOMAIN OF TcpE : unp residues 5-120
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: tcpE, VC_0836 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C6C9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 100 mM Tris-HCl, 1.55 M ammonium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.96109, 0.97905
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月1日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator, Si(111).
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.961091
20.979051
反射解像度: 1.88→20 Å / Num. all: 10428 / Num. obs: 10378 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.88-1.93196.2
1.93-1.981100
1.98-2.041100
2.04-2.11100
2.1-2.17199.9
2.17-2.241100
2.24-2.331100
2.33-2.421100
2.42-2.53199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SQUASH位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.88→19.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 8.366 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24739 488 4.7 %RANDOM
Rwork0.21828 ---
obs0.21972 9890 99.48 %-
all-10378 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.531 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.95 Å20 Å20 Å2
2--2.67 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→19.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数811 0 5 25 841
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.019844
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02569
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0142.0281137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85231416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4235107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.69826.47134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.86515155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.649153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02140
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4681.5535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0791.5216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9072870
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5323318
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4314.5280
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.878→1.927 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 37 -
Rwork0.317 638 -
obs--95.74 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.6926 Å / Origin y: 13.8923 Å / Origin z: 9.773 Å
111213212223313233
T0.0535 Å20.0067 Å2-0.0092 Å2-0.0697 Å2-0.0185 Å2--0.0617 Å2
L3.9052 °2-0.6819 °20.1841 °2-2.4313 °2-0.1862 °2--4.2011 °2
S-0.1027 Å °-0.4188 Å °-0.0375 Å °0.3313 Å °0.1081 Å °-0.0718 Å °0.1102 Å °-0.0464 Å °-0.0054 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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