PDB-4hhv: Crystal structure of ceramide transfer protein pleckstrin homolog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hhv

タイトル

Crystal structure of ceramide transfer protein pleckstrin homology domain

要素

Collagen type IV alpha-3-binding protein

キーワード

LIPID TRANSPORT / Pleckstrin homology domain fold / Binds to phosphatidylinositol 4-phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

intermembrane sphingolipid transfer / ceramide transfer activity / ER to Golgi ceramide transport / ceramide 1-phosphate transfer activity / ceramide 1-phosphate binding / ceramide transport / ceramide metabolic process / ceramide binding / intermembrane lipid transfer / Sphingolipid de novo biosynthesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Prashek, J. / Truong, T. / Yao, X.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of the Pleckstrin Homology Domain from the Ceramide Transfer Protein: Implications for Conformational Change upon Ligand Binding.
著者: Prashek, J. / Truong, T. / Yao, X.

履歴

登録	2012年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hhv.cif.gz	106.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hhv.ent.gz	85.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hhv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hhv_validation.pdf.gz	463.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hhv_full_validation.pdf.gz	464.1 KB	表示
XML形式データ	4hhv_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	4hhv_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/4hhv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/4hhv	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5zgc-1 2etm-1 2voz-3 4bi0-d 5xyf-d 4ebw-d 7a2a-2 4gk4-d 6yxv-3 6gcr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Collagen type IV alpha-3-binding protein

B: Collagen type IV alpha-3-binding protein

ヘテロ分子

25.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.131, 54.979, 98.988
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 20 - 119 / Label seq-ID: 4 - 103

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Collagen type IV alpha-3-binding protein / Ceramide transfer protein / hCERT / Goodpasture antigen-binding protein / GPBP / START domain- ...Ceramide transfer protein / hCERT / Goodpasture antigen-binding protein / GPBP / START domain-containing protein 11 / StARD11 / StAR-related lipid transfer protein 11 分子量: 12288.498 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-121 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CERT, COL4A3BP, STARD11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5P4

#1: タンパク質

Collagen type IV alpha-3-binding protein / Ceramide transfer protein / hCERT / Goodpasture antigen-binding protein / GPBP / START domain- ...

分子量: 12288.498 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-121 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CERT, COL4A3BP, STARD11 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5P4

-
非ポリマー , 5種, 170分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 6.0, 1.0 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月23日 / 詳細: mirror

放射

モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 27162 / Num. obs: 27044 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.9 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Χ²: 0.998 / Net I/σ(I): 13.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.75-1.81	10.5	0.378	2563	0.932	1	96.1
1.81-1.89	13.3	0.31	2665	0.963	1	100
1.89-1.97	14.4	0.215	2687	1.092	1	100
1.97-2.07	14.6	0.163	2656	1.104	1	100
2.07-2.2	14.6	0.124	2691	1.052	1	100
2.2-2.38	14.6	0.098	2681	1.007	1	100
2.38-2.61	14.6	0.08	2725	0.972	1	100
2.61-2.99	14.6	0.069	2722	0.84	1	100
2.99-3.77	14.4	0.055	2744	1.071	1	100
3.77-50	13.7	0.054	2910	0.922	1	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→49.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.865 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2036	1349	5 %	RANDOM
R_work	0.1786	-	-	-
obs	0.1799	26986	99.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.51 Å² / B_iso mean: 30.6165 Å² / B_iso min: 15.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→49.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1683	0	35	161	1879

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.02	1817
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.672	1.92	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.307	3	2952
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.11	5	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.493	23.98	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.799	15	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.634	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2053
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	403

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3486 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms: 0.18 / タイプ: LOCAL / Weight: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.752→1.798 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	84	-
R_work	0.25	1630	-
all	-	1714	-
obs	-	-	93.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6485	14.4793	2.7248	27.6629	2.5806	30.6171	-0.263	0.1901	-0.2428	-0.4267	0.2872	-0.4744	-1.783	0.9569	-0.0242	0.3055	-0.0654	0.0549	0.2092	-0.0274	0.1966	30.209	32.591	58.112
2	2.9306	2.5308	1.3394	2.6338	2.0266	3.2301	0.1248	-0.0555	0.2134	0.1133	-0.0963	0.1639	0.0368	-0.046	-0.0285	0.1355	0.0082	0.003	0.1747	0.0051	0.134	19.707	17.211	55.064
3	3.5279	5.4638	1.5892	8.8406	3.9193	6.7175	-0.3583	0.1627	-0.1172	-0.5112	0.1943	-0.1681	0.1658	0.0319	0.1641	0.2513	0.0231	0.0308	0.2225	-0.0051	0.1532	14.824	4.329	40.889
4	2.755	2.5834	-0.4331	5.6568	-2.5811	1.5384	0.0595	0.043	-0.229	-0.1688	-0.0868	-0.197	0.1532	0.1149	0.0273	0.1521	0.0183	-0.0053	0.1876	-0.007	0.1592	13.739	4.25	46.101
5	1.8575	1.7977	1.5954	3.1972	4.4724	7.7245	0.146	-0.0334	-0.098	0.1934	-0.105	-0.0106	0.2211	-0.1535	-0.041	0.1638	-0.0098	-0.0099	0.1822	0.0073	0.1578	19.196	11.195	55.534
6	8.9196	1.4691	-1.0983	0.2473	-0.1796	0.1402	0.0299	-0.1889	-0.0196	0.0172	-0.0125	-0.0252	0.0122	0.0051	-0.0174	0.1705	-0.012	-0.0071	0.1902	-0.0085	0.1899	29.65	20.569	55.042
7	0.1333	0.3748	0.4703	1.6083	0.7206	2.7876	0.0419	0.0076	-0.0159	0.0264	-0.0902	0.0699	0.1625	0.133	0.0483	0.1618	-0.0048	0.0015	0.1902	0.0025	0.1802	25.042	10.308	54.092
8	12.7628	8.0192	1.1407	5.25	3.0594	26.1884	0.072	-0.0988	-0.4008	0.1644	-0.0981	-0.2391	1.1501	-0.3569	0.0261	0.3067	-0.0346	0.0721	0.0871	0.0259	0.1595	21.271	0.652	61.942
9	0.3494	-0.68	0.3611	2.1056	0.5872	5.3739	-0.0641	0.0488	-0.0555	0.1779	-0.1511	0.0102	0.2505	-0.0129	0.2152	0.1788	0.0032	0.0305	0.1874	0.0218	0.2313	26.971	7.39	55.415
10	9.4798	4.7712	1.4713	6.1298	-0.6809	3.707	-0.1071	0.5371	-0.0387	-0.051	0.1674	-0.3298	0.1698	0.0195	-0.0602	0.1752	-0.0201	0.0211	0.2452	0.0091	0.165	31.411	20.031	45.519
11	30.0028	3.8315	5.3096	0.9479	1.6427	3.1026	0.1156	0.5142	0.8176	-0.0899	-0.0773	0.0309	-0.1763	-0.0154	-0.0383	0.2007	0.0073	0.0034	0.3194	0.0433	0.173	15.791	21.839	39.264
12	5.05	-1.6535	2.2183	2.9752	-1.4289	1.6466	-0.0425	0.0386	0.076	-0.0494	-0.0127	0.0578	-0.092	0.0363	0.0553	0.1694	-0.0101	0.0035	0.2005	-0.0006	0.1484	12.435	19.24	43.605
13	27.1283	6.8603	-0.5995	5.7677	-1.2367	0.3139	-0.119	0.8863	-0.4411	-0.4672	0.0775	-0.295	0.0904	0.0042	0.0415	0.2179	-0.0522	0.0688	0.2715	-0.015	0.1605	25.601	17.729	41.036
14	3.4873	5.7383	0.8024	9.494	1.4992	1.0799	-0.2384	0.0999	-0.4367	-0.3864	0.177	-0.6711	0.2589	0.1308	0.0614	0.2896	0.0548	0.0522	0.3571	-0.0068	0.1936	24.637	12.939	42.051
15	6.0514	-1.5586	0.2022	2.9473	0.05	1.2116	-0.0356	-0.3415	0.0369	0.122	0.1067	0.135	0.1287	-0.058	-0.0712	0.15	-0.0115	-0.0057	0.2149	0.0184	0.1383	11.09	17.089	50.153
16	3.9201	-2.373	2.5655	2.8692	-1.7902	2.1376	-0.1991	-0.2162	0.2449	-0.1144	0.1608	0.0081	-0.0914	-0.132	0.0383	0.167	-0.0011	-0.0067	0.213	-0.0192	0.1748	11.633	24.57	49.875
17	6.1526	2.5197	0.5777	2.5882	1.3084	2.5591	0.0241	0.0652	0.2727	-0.0255	-0.0483	-0.0049	-0.0823	-0.1188	0.0242	0.1446	-0.0067	0.0041	0.1468	0.0008	0.1459	20.745	26.267	50.819
18	6.8209	-1.9754	-0.7395	0.7584	-0.3932	2.1314	-0.0413	-0.0539	0.424	0.0165	0.0118	-0.1355	-0.0947	0.1276	0.0295	0.2128	-0.0604	0.0062	0.1921	0.0198	0.1816	32.66	29.231	50.065
19	7.032	2.8098	-6.6745	4.9997	-2.4954	9.1279	0.262	-0.2885	0.0463	0.0621	-0.1167	-0.087	-0.1527	0.3619	-0.1454	0.1677	-0.0088	0.0112	0.1845	-0.0092	0.1068	36.475	17.207	62.521
20	2.4466	-0.1206	-2.3798	2.7769	-0.8203	6.1335	-0.1702	-0.1158	-0.0788	0.1249	0.1294	0.0403	0.1365	0.0415	0.0407	0.1866	0.0216	0.0421	0.1506	0.0176	0.1478	23.569	7.506	68.34
21	6.3556	-1.2167	5.7705	0.2755	-0.5793	12.0495	-0.2932	-0.8717	0.1599	0.0786	0.1732	-0.0148	-0.1653	-0.9873	0.12	0.2673	0.1431	0.1318	0.4006	0.083	0.2342	14.086	6.37	82.797
22	2.3865	0.6826	-0.3742	7.3866	1.4211	13.9108	-0.225	0.038	-0.1223	0.1606	0.4846	0.7713	0.5704	-1.7986	-0.2596	0.3495	0.018	0.2026	0.6306	0.2049	0.4264	12.369	4.122	78.435
23	7.5438	2.7974	-2.1725	4.1322	-1.0104	2.0133	-0.0074	-0.063	0.0578	0.0661	0.1034	0.1186	-0.289	-0.0724	-0.0961	0.2281	0.027	0.0244	0.2032	-0.0006	0.1458	21.362	12.889	68.198
24	3.5533	0.2342	-0.3641	2.9946	0.7801	2.1806	0.1247	-0.2747	0.0431	0.1274	0.0171	-0.0632	-0.4782	0.0705	-0.1419	0.3079	0.0399	0.0363	0.2379	-0.0129	0.1646	23.868	18.117	71.746
25	1.1738	-2.1839	-3.228	10.5874	0.1771	14.4088	0.0568	0.3405	-0.1914	-0.3641	-0.2187	0.552	-0.1835	-1.4034	0.1619	0.2091	0.0345	0.0356	0.3291	-0.0115	0.2134	14.061	11.899	65.56
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29	3.7177	1.6114	12.9224	0.712	5.6209	44.9461	-0.2249	0.6906	0.2686	0.0762	-0.2549	0.1039	0.7127	2.2269	0.4797	0.8082	0.5362	0.3511	1.3269	0.3092	0.1639	30.183	1.317	84.413
30	8.7538	-1.3051	0.474	0.3057	-0.7456	6.9822	-0.2875	-0.4643	-0.0751	0.1162	0.131	0.0188	0.469	0.4283	0.1564	0.4166	0.2886	0.1279	0.4116	0.1489	0.1506	26.897	1.146	79.528
31	3.4847	4.8472	-0.0201	6.7618	-0.0376	0.0176	0.9517	-0.8134	0.1727	1.3688	-1.0469	0.211	-0.0642	0.0426	0.0952	1.1042	-0.1173	-0.0305	0.5505	0.0046	0.1888	26.3	14.535	82.691
32	13.1004	0.9209	-3.9666	0.4256	1.52	10.1775	0.3363	-0.6487	1.1594	-0.1268	-0.0495	0.1019	-0.8687	0.2152	-0.2868	0.3136	0.0391	0.0981	0.1827	-0.0214	0.2344	21.449	13.743	82.546
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34	10.5509	-3.4785	-2.0481	4.6826	-3.7792	6.011	-0.2771	-0.5199	-0.7138	0.0171	-0.0131	0.1133	0.1375	0.3439	0.2902	0.183	0.0645	0.0457	0.2204	0.0467	0.1925	31.953	1.822	71.332
35	3.502	0.9254	-1.2382	2.515	-1.2824	6.9628	0.0089	-0.3114	-0.3183	0.4079	-0.0118	-0.0053	-0.3447	0.4741	0.0029	0.1925	0.0179	-0.0067	0.1843	0.0176	0.115	32.566	9.864	72.52
36	16.8097	0.9848	4.2748	6.7095	0.5376	1.1012	-0.102	-0.089	0.4277	-0.0508	0.0013	-0.4599	-0.0464	-0.0342	0.1007	0.4198	-0.0888	0.0231	0.3105	-0.0192	0.1033	36.613	18.952	70.928

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	19 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	33 - 36
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	37 - 41
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	42 - 45
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	46 - 51
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	52 - 57
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	58 - 62
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	63 - 68
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	69 - 73
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	74 - 81
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	82 - 86
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	87 - 91
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	92 - 96
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	97 - 101
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	102 - 106
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	107 - 114
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	115 - 121
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	20 - 25
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	26 - 31
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	32 - 36
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	37 - 42
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	43 - 48
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	49 - 54
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	55 - 59
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	60 - 64
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	65 - 70
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	71 - 76
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	77 - 81
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	82 - 86
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33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	97 - 102
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	103 - 107
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	108 - 113
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	114 - 120

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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