PDB-4hh3: Structure of the AppA-PpsR2 core complex from Rb. sphaeroides

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hh3

タイトル

Structure of the AppA-PpsR2 core complex from Rb. sphaeroides

要素

AppA protein
Transcriptional regulator, PpsR

キーワード

FLAVOPROTEIN/TRANSCRIPTION / helix bundle / SCHIC domain / PAS domain / AppA-PpsR complex / FLAVOPROTEIN-TRANSCRIPTION complex

機能・相同性

機能・相同性情報

blue light photoreceptor activity / FAD binding / sequence-specific DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Winkler, A. / Heintz, U. / Lindner, R. / Reinstein, J. / Shoeman, R. / Schlichting, I.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: A ternary AppA-PpsR-DNA complex mediates light regulation of photosynthesis-related gene expression.
著者: Winkler, A. / Heintz, U. / Lindner, R. / Reinstein, J. / Shoeman, R.L. / Schlichting, I.

履歴

登録	2012年10月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月10日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月17日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hh3.cif.gz	299.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hh3.ent.gz	243.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hh3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hh3_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hh3_full_validation.pdf.gz	442.9 KB	表示
XML形式データ	4hh3_validation.xml.gz	32.9 KB	表示
CIF形式データ	4hh3_validation.cif.gz	49.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/4hh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/4hh3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hh0C 4hh1C 4hh2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nha-d 5dnf-d 5e24-1 4hab-d 3vxo-d 7byy-d 3sjd-d 2x0s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, PpsR

B: Transcriptional regulator, PpsR

C: AppA protein

83.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.780, 188.300, 51.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, PpsR 分子量: 28835.143 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-257 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TEV cleavable N-term His tag 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 株: 2.4.1 / 遺伝子: ppsR, RHOS4_18870, RSP_0282 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q3J179
#2: タンパク質	AppA protein 分子量: 25480.275 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 168-399 / Mutation: C399S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 株: 2.4.1 / 遺伝子: appA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q53119
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES, 64 mM tri-sodium citrate, 10% PEG 5000 monomethyl ether, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99981 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月12日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99981 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 89653 / Num. obs: 89594 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.0053 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→44.907 Å / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 2 / 位相誤差: 19.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.198	4489	5.01 %
R_work	0.1699	-	-
obs	0.1713	89590	99.94 %
all	-	89653	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→44.907 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5447	0	0	683	6130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5632
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.022	7658
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13	2186
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	912
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7699	0.2661	161	0.2384	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7699-1.7907	0.2599	146	0.238	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7907-1.8126	0.2763	153	0.2239	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8126-1.8355	0.2781	159	0.2112	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8355-1.8597	0.2354	136	0.2067	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8597-1.8851	0.2351	149	0.1939	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8851-1.9121	0.2436	169	0.1953	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9121-1.9406	0.2188	141	0.1908	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9406-1.9709	0.2306	132	0.1968	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9709-2.0033	0.2604	167	0.1986	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0033-2.0378	0.2306	151	0.1816	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0378-2.0749	0.1986	128	0.1757	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0749-2.1148	0.2401	163	0.1716	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1148-2.1579	0.2044	144	0.1701	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1579-2.2048	0.226	121	0.1677	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2048-2.2561	0.205	149	0.167	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2561-2.3126	0.1872	149	0.1662	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3126-2.3751	0.244	162	0.1694	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3751-2.445	0.1898	153	0.1758	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.445-2.5239	0.223	144	0.1848	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5239-2.6141	0.2258	150	0.1763	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6141-2.7187	0.2204	147	0.1727	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7187-2.8424	0.1873	150	0.1724	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8424-2.9923	0.2091	154	0.1713	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9923-3.1797	0.1839	147	0.1672	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1797-3.4251	0.1801	152	0.1638	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4251-3.7696	0.1848	150	0.1559	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7696-4.3147	0.1648	154	0.1511	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3147-5.4346	0.1614	153	0.1466	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4346-44.9213	0.1904	155	0.1808	3095	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1724	-0.3951	-1.2127	2.8413	0.323	1.6603	0.2068	0.5818	0.1223	-0.6147	-0.2816	-0.9043	0.1612	0.2116	0.3165	0.2145	0.0639	0.2302	0.2766	0.1917	0.5052	48.9996	30.3299	17.4896
2	0.3003	-0.7727	0.0274	3.2435	-0.7549	0.4649	0.0327	-0.0856	-0.0718	-0.0871	-0.0142	0.3199	0.0578	-0.0219	-0.0166	0.1118	0.0048	-0.0109	0.1484	0.0049	0.1098	33.7056	74.6173	4.6997
3	2.2536	-0.5964	-1.3834	5.0457	0.4302	2.9739	-0.1086	-0.2054	-0.2166	0.1159	-0.0292	0.4609	-0.0138	-0.1649	0.0728	0.1786	0.0324	0.0211	0.1418	-0.0146	0.2302	23.7519	97.1137	7.6798
4	4.1389	-0.3914	-1.5812	1.1849	-0.6512	2.412	-0.0504	-0.1329	-0.1616	-0.0062	-0.0625	-0.2051	0.075	0.0637	0.0349	0.1381	-0.0279	0.0256	0.1386	0.0348	0.2014	31.9236	25.06	32.8015
5	0.5585	-1.0106	0.8695	2.0934	-1.2631	1.3956	-0.0805	-0.2405	-0.1544	0.1445	0.1391	0.204	0.0007	-0.1304	-0.091	0.1613	0.0109	0.0405	0.2289	0.0183	0.2267	29.9808	70.1241	3.6144
6	3.2045	-0.8552	1.3777	2.0352	-0.0927	4.054	-0.0846	0.4731	0.2289	-0.11	-0.0995	-0.1408	-0.0002	0.2868	0.1444	0.172	0.013	0.01	0.2204	0.0525	0.1978	30.4273	82.8832	-20.6247
7	2.6935	-0.0934	-0.2595	1.7759	-0.1253	1.3152	-0.1406	-0.468	-0.2277	0.2456	0.0719	0.0256	-0.0434	-0.1114	0.0537	0.1639	0.0222	0.0069	0.2505	0.0368	0.06	48.6134	63.6948	21.2417
8	2.7315	0.019	-0.8118	1.9043	-0.2924	2.9388	-0.0259	0.4227	-0.0294	-0.3709	-0.0912	-0.2251	0.3332	0.0501	0.0954	0.235	0.0153	0.0157	0.2193	0.0321	0.0288	53.6287	64.0033	-1.8353

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 120 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 121 through 176 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 177 through 257 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 5 through 120 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 121 through 176 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 177 through 257 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 184 through 263 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 264 through 400)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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