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- PDB-5e24: Structure of the Su(H)-Hairless-DNA Repressor Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+24
タイトルStructure of the Su(H)-Hairless-DNA Repressor Complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3')
  • Maltose-binding periplasmic protein
  • Protein hairless
  • Suppressor of hairless protein
キーワードTRANSPORT/DNA Binding/DNA / Notch Signaling / Suppressor of Hairless / Hairless / CSL / TRANSPORT-DNA Binding-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of compound eye cone cell fate specification / Notch-HLH transcription pathway / crystal cell differentiation / sensory organ boundary specification / CSL-Notch-Mastermind transcription factor complex / imaginal disc-derived wing margin morphogenesis / sensory organ precursor cell fate determination / wing disc dorsal/ventral pattern formation / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / imaginal disc-derived leg morphogenesis ...negative regulation of compound eye cone cell fate specification / Notch-HLH transcription pathway / crystal cell differentiation / sensory organ boundary specification / CSL-Notch-Mastermind transcription factor complex / imaginal disc-derived wing margin morphogenesis / sensory organ precursor cell fate determination / wing disc dorsal/ventral pattern formation / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / imaginal disc-derived leg morphogenesis / asymmetric cell division / RNA polymerase II transcription repressor complex / intestinal stem cell homeostasis / polytene chromosome / cell fate determination / histone acetyltransferase binding / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / hemopoiesis / carbohydrate transport / somatic stem cell population maintenance / negative regulation of Notch signaling pathway / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / long-term memory / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / Notch signaling pathway / transcription repressor complex / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cell chemotaxis / transcription corepressor activity / outer membrane-bounded periplasmic space / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / periplasmic space / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LAG1, DNA binding domain / Beta-trefoil DNA-binding domain / RBP-J/Cbf11/Cbf12, DNA binding / Beta-trefoil domain superfamily / RBP-J/Cbf11, DNA binding domain superfamily / RBP-Jkappa, IPT domain / Suppressor of hairless-like / Beta-trefoil DNA-binding domain / LAG1, DNA binding / TIG domain ...LAG1, DNA binding domain / Beta-trefoil DNA-binding domain / RBP-J/Cbf11/Cbf12, DNA binding / Beta-trefoil domain superfamily / RBP-J/Cbf11, DNA binding domain superfamily / RBP-Jkappa, IPT domain / Suppressor of hairless-like / Beta-trefoil DNA-binding domain / LAG1, DNA binding / TIG domain / LAG1, DNA binding / Beta-trefoil DNA-binding domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotetraose / DNA / DNA (> 10) / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Suppressor of hairless protein / Protein hairless
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Kovall, R.A. / Yuan, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA178974 米国
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure and Function of the Su(H)-Hairless Repressor Complex, the Major Antagonist of Notch Signaling in Drosophila melanogaster.
著者: Yuan, Z. / Praxenthaler, H. / Tabaja, N. / Torella, R. / Preiss, A. / Maier, D. / Kovall, R.A.
履歴
登録2015年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein
B: Protein hairless
C: Maltose-binding periplasmic protein
D: Protein hairless
E: Suppressor of hairless protein
F: Suppressor of hairless protein
G: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,173123
ポリマ－194,8268
非ポリマー8,347115
水12,052669
1
A: Maltose-binding periplasmic protein
B: Protein hairless
F: Suppressor of hairless protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,02277
ポリマ－92,8253
非ポリマー5,19874
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Maltose-binding periplasmic protein
D: Protein hairless
E: Suppressor of hairless protein
G: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,15146
ポリマ－102,0025
非ポリマー3,14941
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36600 Å2
ΔGint265 kcal/mol
Surface area75760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.710, 93.890, 154.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACEF

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein


分子量: 40448.789 Da / 分子数: 2 / 変異: D82A, K83A, E172A, N173A, K239A, N367R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: malE, Z5632, ECs5017 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: P0AEX9*PLUS
#3: タンパク質 Suppressor of hairless protein / J kappa-recombination signal-binding protein / RBP-J kappa


分子量: 48040.816 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 99-522 / 変異: R155T, N281G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Su(H), dRBP-JK, CG3497 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28159

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 GH

#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3')


分子量: 4503.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量: 4673.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 4分子 BD

#2: タンパク質・ペプチド Protein hairless


分子量: 4335.000 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 214-251 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: H, CG5460 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02308
#6: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 782分子

#7: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 669 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8 / 詳細: Tris, PEG3350, (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月8日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→31.3 Å / Num. obs: 131128 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 41.51 Å2 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.14→2.2 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 94.82

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BRG

3brg


解像度: 2.14→31.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9524 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9416 / SU R Cruickshank DPI: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.168 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.139
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1926 6595 5.03 %RANDOM
Rwork0.1728 ---
obs0.1738 131100 99.61 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4956 Å20 Å24.8637 Å2
2--1.0303 Å20 Å2
3----2.5258 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.236 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→31.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13148 609 542 669 14968
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0114593HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0319707HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4917SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes344HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2063HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14593HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.04
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1873SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16566SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 470 5.14 %
Rwork0.1878 8674 -
all0.1894 9144 -
obs--94.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9004-0.307-0.24231.76630.20372.68770.24730.1366-0.40850.026-0.01370.26840.1099-0.3037-0.2336-0.07970.0041-0.0078-0.04440.02070.046-15.991193.0561-34.6576
21.5177-0.20070.40220.80420.10241.14810.05360.0227-0.06530.0140.0221-0.0355-0.05250.129-0.0758-0.0979-0.00980.0158-0.08730.0026-0.07474.600499.2353-27.0081
31.642-0.46310.57041.015-0.02041.13960.05390.1126-0.1534-0.01980.0298-0.0979-0.00760.2685-0.0838-0.0554-0.00170.0229-0.0061-0.0192-0.006712.710296.5504-28.3013
46.53361.9382-1.80960-1.63347.47730.05020.66120.26810.22450.1252-0.27970.06780.859-0.1754-0.1150.1711-0.06620.0672-0.1078-0.091118.743473.354-48.8297
53.9147-0.06811.18973.98670.22183.983-0.3572-0.160.26960.9150.4431-0.76140.24090.7396-0.08590.03360.2698-0.245-0.012-0.0792-0.1259-41.025619.74846.8297
62.6747-1.5359-0.28973.12460.78221.8354-0.4738-0.3515-0.35631.08160.39420.40850.5072-0.00790.07960.08880.16720.1098-0.24960.122-0.3082-62.499119.987910.6115
70.3461-0.7368-0.33121.209-0.50771.3498-0.06870.2538-0.2734-0.0015-0.17130.2170.3491-0.2750.24-0.1222-0.06930.0006-0.0711-0.06680.1631-73.364213.943-8.9511
83.06382.32120.31455.83051.0499-0.1716-0.0783-0.0172-0.47650.39070.1360.14790.519-0.3299-0.0577-0.0748-0.0649-0.0279-0.1034-0.0601-0.0249-55.95440.0549-21.4673
92.8624-0.3777-0.02982.0909-3.16957.19930.358-0.40930.23280.5056-0.06650.2686-0.76950.062-0.29140.0959-0.0360.0663-0.0632-0.1542-0.1334-40.225324.0281-16.8001
101.71310.1313-0.60461.59550.31673.07430.118-0.16250.41970.05530.06380.0338-0.4088-0.1136-0.1817-0.14760.0559-0.0158-0.1368-0.0392-0.032-30.901527.1416-41.2949
112.2320.2266-0.17981.33890.27232.8169-0.00020.00630.1744-0.1173-0.067-0.0579-0.08850.03720.0671-0.12090.0218-0.035-0.11050.0025-0.0533-26.740919.643-45.8792
125.5730.06961.5022.42170.34984.1544-0.19760.37940.2277-0.16760.0890.08240.0305-0.68160.1086-0.2593-0.0383-0.00850.05570.0378-0.2146-47.764217.9022-61.7263
134.17630.1446-1.92550.593-0.79693.3516-0.0353-0.1768-0.28920.033-0.07940.00970.19390.2630.1147-0.07180.0165-0.056-0.0722-0.0561-0.1149-43.071711.4642-20.0527
142.0513-0.0022-0.21785.5783-1.87071.4220.086-0.02320.01740.7936-0.44170.3644-0.4349-0.14220.35570.0477-0.1555-0.1422-0.13780.0498-0.0859-0.889252.8462-39.9628
152.4940.5201-0.08273.51830.06452.2021-0.2002-0.08070.17890.0982-0.40330.1909-0.16370.07420.6036-0.0836-0.1362-0.1043-0.26050.0335-0.0485-5.454439.9427-40.7922
165.10850.71761.60442.52-0.6880.6599-0.04670.78920.8662-0.2207-0.2958-0.0081-0.13870.56540.3424-0.1789-0.11870.0886-0.12840.188-0.166815.403732.5208-44.1058
175.39420.24112.94921.1171-0.06934.7893-0.02081.17450.4222-0.1071-0.2327-0.56260.25041.55610.2535-0.2777-0.08020.12670.19940.2341-0.176327.510332.5005-41.9596
184.22260.73391.56553.38271.31682.13910.28940.2971-0.1985-0.171-0.1110.25380.53990.1165-0.17840.00620.0864-0.0936-0.2401-0.0604-0.143.18967.6702-44.4235
196.06182.75540.49734.6928-0.98243.20310.1693-0.0033-0.31470.00220.01460.33120.1859-0.6232-0.1839-0.02280.20880.0779-0.1862-0.18810.3176-24.793-4.0489-73.7456
204.1749-4.90652.65714.83733.03145.5358-0.04370.0808-0.1328-0.06120.02950.06890.0740.52520.01420.08080.04350.2084-0.2267-0.0582-0.1877-20.657310.372-67.4969
217.1911-1.539-0.23287.5215-3.59477.3315-0.06390.44760.569-0.416-0.1590.3298-0.2654-0.32870.22290.1717-0.0930.0232-0.0850.1654-0.0762-24.515329.041-71.9102
226.6686-1.179-2.19092.52351.14571.60020.08040.0753-0.2218-0.17230.0985-0.1550.03940.5895-0.17890.2518-0.16940.3232-0.19880.16010.0913-14.528534.887-72.7514
233.7894-1.6649-0.51233.2172-3.154611.07490.06720.17650.074-0.4552-0.2506-0.0704-0.2359-0.28980.1834-0.1119-0.02480.0132-0.15410.0735-0.1297-25.937122.8513-66.841
248.33172.3031-2.68819.28144.89476.0415-0.06450.6202-0.2174-0.23110.0462-0.15230.11490.52630.01830.12440.04670.1955-0.0046-0.1635-0.0938-21.19686.1056-72.2798
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 38}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|39 - 308}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|309 - 370}
4X-RAY DIFFRACTION4{B|232 - 269}
5X-RAY DIFFRACTION5{C|1 - 55}
6X-RAY DIFFRACTION6{C|56 - 353}
7X-RAY DIFFRACTION7{C|354 - 370}
8X-RAY DIFFRACTION8{D|232 - 269}
9X-RAY DIFFRACTION9{E|101 - 120}
10X-RAY DIFFRACTION10{E|121 - 171}
11X-RAY DIFFRACTION11{E|172 - 247}
12X-RAY DIFFRACTION12{E|248 - 410}
13X-RAY DIFFRACTION13{E|411 - 522}
14X-RAY DIFFRACTION14{F|101 - 137}
15X-RAY DIFFRACTION15{F|138 - 231}
16X-RAY DIFFRACTION16{F|232 - 295}
17X-RAY DIFFRACTION17{F|296 - 412}
18X-RAY DIFFRACTION18{F|413 - 522}
19X-RAY DIFFRACTION19{G|1 - 5}
20X-RAY DIFFRACTION20{G|6 - 9}
21X-RAY DIFFRACTION21{G|10 - 15}
22X-RAY DIFFRACTION22{H|1 - 4}
23X-RAY DIFFRACTION23{H|5 - 9}
24X-RAY DIFFRACTION24{H|10 - 15}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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