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万見
- PDB-4hgk: Shark IgNAR variable domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hgk
タイトルShark IgNAR variable domain
要素
  • Serum albumin
  • shark V-NAR antibody
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig-fold / human albumin
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / small molecule binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Squalus acanthias (アブラツノザメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Olland, A.O. / Kovalenko, O.V. / Svenson, K. / King, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Atypical Antigen Recognition Mode of a Shark Immunoglobulin New Antigen Receptor (IgNAR) Variable Domain Characterized by Humanization and Structural Analysis.
著者: Kovalenko, O.V. / Olland, A. / Piche-Nicholas, N. / Godbole, A. / King, D. / Svenson, K. / Calabro, V. / Muller, M.R. / Barelle, C.J. / Somers, W. / Gill, D.S. / Mosyak, L. / Tchistiakova, L.
履歴
登録2012年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22013年7月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
C: shark V-NAR antibody
D: shark V-NAR antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,4504
ポリマ－161,4504
非ポリマー00
水70339
1
A: Serum albumin
D: shark V-NAR antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7252
ポリマ－80,7252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serum albumin
C: shark V-NAR antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7252
ポリマ－80,7252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.980, 127.980, 151.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02768
#2: タンパク質 shark V-NAR antibody


分子量: 14153.843 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Squalus acanthias (アブラツノザメ)
細胞株 (発現宿主): COS-1 / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 16% PEG 2000 MME, 100 mM sodium acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.04→52.055 Å / Num. all: 25935 / Num. obs: 25935 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 74.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.9.3精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HA2

1ha2


解像度: 3.04→52.055 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8831 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8542 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2663 1318 5.08 %RANDOM
Rwork0.2373 ---
all0.2373 25935 --
obs0.2387 25935 92.08 %-
原子変位パラメータBiso mean: 85.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.7207 Å20 Å20 Å2
2--14.7207 Å20 Å2
3----29.4415 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.68 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.04→52.055 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9296 0 0 39 9335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0089506HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.112862HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3375SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes255HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1353HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9506HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.05
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1232SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10962SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.04→3.16 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2653 146 5.04 %
Rwork0.262 2752 -
all0.2622 2898 -
obs--92.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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