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- PDB-4hg6: Structure of a cellulose synthase - cellulose translocation inter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hg6
タイトルStructure of a cellulose synthase - cellulose translocation intermediate
要素
  • Cellulose Synthase Subunit A
  • Cellulose Synthase Subunit B
キーワードTRANSFERASE / Membrane translocation / cellulose synthesis / UDP-Glc binding / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose synthase (UDP-forming) / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / cyclic-di-GMP binding / endomembrane system / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4520 / Chitobiase; domain 2 - #20 / Chitobiase; domain 2 - #30 / : / Cellulose Synthase Subunit B, alpha-beta domain / Cellulose synthase, subunit A / : / Cellulose synthase BcsB, bacterial / Bacterial cellulose synthase subunit / Cellulose synthase ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4520 / Chitobiase; domain 2 - #20 / Chitobiase; domain 2 - #30 / : / Cellulose Synthase Subunit B, alpha-beta domain / Cellulose synthase, subunit A / : / Cellulose synthase BcsB, bacterial / Bacterial cellulose synthase subunit / Cellulose synthase / predicted glycosyltransferase like domains / Glycosyltransferase like family 2 / PilZ domain / PilZ domain / Chitobiase; domain 2 / Glycosyl transferase family 2 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Galactose-binding domain-like / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Thrombin, subunit H / Jelly Rolls / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Beta Barrel / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Cellulose synthase catalytic subunit [UDP-forming] / Cyclic di-GMP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Zimmer, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Crystallographic snapshot of cellulose synthesis and membrane translocation.
著者: Morgan, J.L. / Strumillo, J. / Zimmer, J.
履歴
登録2012年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_sheet
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulose Synthase Subunit A
B: Cellulose Synthase Subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,5596
ポリマ－164,7592
非ポリマー3,8004
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13220 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area60890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.120, 103.120, 468.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Cellulose Synthase Subunit A


分子量: 89957.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: RHOS4_19410, RSP_0333 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3J125
#2: タンパク質 Cellulose Synthase Subunit B


分子量: 74801.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: RHOS4_19400, RSP_0332 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3J126
#3: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2936.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,18,17/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1_h4-i1_i4-j1_j4-k1_k4-l1_l4-m1_m4-n1_n4-o1_o4-p1_p4-q1_q4-r1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}}}}}}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#5: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG200, 50mM NaCl, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月4日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 47357 / Num. obs: 41133 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.25→3.42 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.25→34.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 54.781 / SU ML: 0.419 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / ESU R Free: 0.496 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28172 2055 5 %RANDOM
Rwork0.21284 ---
all0.2186 41133 --
obs0.21622 39037 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 140.717 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.5 Å2-0 Å2-0 Å2
2--4.5 Å20 Å2
3----8.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→34.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10780 0 249 0 11029
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02211325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3692.01215489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.48351401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.31922.352455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.369151739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.86315112
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21814
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0228495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.8321.57039
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it13.262211361
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it17.93434286
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it24.4264.54127
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.107111325
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 157 -
Rwork0.261 2808 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0496-0.0134-0.0920.04370.05170.2162-0.04070.04370.01370.0286-0.02040.0230.0761-0.08030.06110.2258-0.03610.00820.2541-0.00010.1992-14.336755.565591.201
26.31672.77132.44411.57450.92531.0190.8612-0.5384-0.71340.3299-0.4642-0.21350.4571-0.1625-0.3970.5137-0.0813-0.11350.1850.07510.1594-3.525529.900562.487
30.5025-0.35170.35040.3267-0.47820.92920.00710.2376-0.0972-0.063-0.07660.02520.1257-0.09270.06960.2633-0.01160.00570.3186-0.02630.14771.7845.865746.7918
42.0174-0.9639-0.53520.82460.0180.32510.21690.33510.2572-0.2539-0.1126-0.05860.009-0.0368-0.10430.2848-0.02770.01410.31660.0670.13161.759560.807137.0325
50.09430.7991-0.43186.8644-3.70942.0064-0.03770.01050.0214-0.14920.09480.08010.0796-0.0835-0.05710.14770.0104-0.03190.3497-0.00140.1422-9.96752.775744.0763
60.0064-0.00140.00970.002-0.00770.4193-0.0150.0140.0274-0.00580.0128-0.01390.0809-0.00830.00210.2435-0.02240.00580.25290.00340.1758-0.763446.886463.4763
70.63771.1991.93022.36593.73645.9619-0.1393-0.065-0.0289-0.67760.2267-0.0819-0.98150.0169-0.08730.5594-0.30480.11640.6028-0.05830.5222-18.575149.285951.0612
80.021-0.0276-0.05910.04310.09260.27390.04110.05-0.0054-0.03-0.0554-0.02490.008-0.10410.01430.2527-0.0154-0.01080.289-0.00380.2051-8.665348.462160.44
93.54720.3380.24170.33880.29280.3250.2083-0.0579-0.2186-0.0903-0.19-0.0286-0.004-0.1145-0.01830.22140.0151-0.02360.28190.0130.1778-9.00562.476764.0166
100.17850.0118-0.13410.0026-0.00530.1126-0.01340.04280.03590.0164-0.0040.01040.0301-0.04550.01740.2392-0.0124-0.00210.24520.01790.211-9.230164.229984.4178
110.5286-0.30680.09320.5416-0.04360.05170.00350.1056-0.0677-0.0509-0.03480.0280.03780.05480.03130.2194-0.012-0.01750.24340.02130.1796-4.027265.835772.2407
122.51892.9561-2.46193.4709-2.88962.4095-0.16380.22150.3121-0.30570.36910.34870.2409-0.185-0.20530.2752-0.1301-0.07760.8162-0.20860.38352.058971.114455.9841
130.1231-0.0345-0.37510.16590.20421.2644-0.0196-0.01280.0342-0.0160.061-0.0496-0.00580.0624-0.04140.2075-0.02570.00760.24940.02140.22486.2176.476881.9554
140.39180.08770.5321.2848-0.45120.98140.010.0997-0.013-0.1267-0.0338-0.13030.07430.15340.02380.23490.02390.05240.280.03120.154330.636342.990952.9611
150.2531-0.06620.01720.0472-0.02320.0444-0.06140.06630.00160.0339-0.0039-0.06540.0706-0.03040.06530.283-0.01870.03530.25540.00790.165613.473244.59661.5416
160.2721-0.0528-0.08970.08780.18070.38940.0275-0.02210.0243-0.0110.029-0.0322-0.06130.1089-0.05640.2051-0.02440.01350.24470.01740.216917.097172.871173.6017
171.83721.46140.26891.1690.20830.0548-0.09440.18970.0984-0.06150.08470.03440.03110.11280.00980.41160.16650.03010.50930.19780.330321.116961.181649.618
182.8727-0.1454-1.57980.0214-0.11785.15260.13150.24940.08030.0004-0.01140.01090.4921-0.2656-0.12010.3266-0.00990.01260.1493-0.01860.1849-20.193983.441148.132
190.88380.8402-0.73441.0504-0.85530.7440.3093-0.00460.51590.2840.01530.3555-0.22370.1065-0.32450.2797-0.00980.14550.35560.02650.3798-17.119795.3627143.5911
201.41541.1908-1.34191.0034-1.12211.67050.2277-0.04740.07850.1828-0.0490.0649-0.21550.1958-0.17870.2101-0.00430.05450.24940.00050.1458-10.809192.3777141.0855
210.01590.0226-0.01020.0331-0.01210.01130.03150.00920.06060.05420.01260.0810.0103-0.019-0.0440.23970.01130.03640.2644-0.00250.2623-30.56182.7773156.2263
220.45280.0279-0.40950.3687-0.09160.391-0.05070.0075-0.02370.01750.0498-0.00760.05110.01870.00080.24050.00230.03470.26080.01720.176-31.586270.1956156.905
234.27331.8369-0.53350.87270.23022.61210.05460.23940.01510.01710.0754-0.0145-0.0334-0.223-0.130.22590.00560.05840.21230.02290.1336-41.717171.9783162.9991
240.19110.21740.21630.25540.25520.2892-0.02850.00470.0356-0.0112-0.01230.0638-0.0589-0.11160.04080.15910.07040.07170.3360.06090.1584-37.284878.7993138.245
250.28240.21220.05680.28370.19540.2269-0.00750.0068-0.0254-0.00070.0108-0.0127-0.0576-0.0426-0.00340.23070.0016-0.00540.2320.02240.205-15.613486.2068117.036
260.28670.1209-0.18750.07010.06011.1478-0.00070.02630.00860.03270.01020.0080.1989-0.0331-0.00940.2501-0.00970.01890.25350.010.171-29.263861.4014138.1026
270.02-0.5712-0.279417.97458.68054.20390.0630.0501-0.02460.1897-0.50320.83760.097-0.35980.44020.83540.0741-0.02110.80430.0460.0472-16.704446.6443133.6319
2822.2408-10.51043.57396.437-6.074613.6583-0.07120.0150.8539-0.3675-0.3115-0.4751.23021.00750.38270.4350.07450.0790.2905-0.05560.0707-7.920655.8576142.7786
291.7960.5452-1.49520.2162-0.72042.8577-0.2605-0.0696-0.0035-0.1169-0.0087-0.06670.36410.17560.26920.25730.04080.03330.22630.0030.1922-7.184367.7545117.2285
300.48670.6992-0.41722.32940.28460.95870.1055-0.0996-0.02990.4182-0.1303-0.11880.09220.09060.02470.27610.0027-0.02620.23940.03850.1973-2.065557.8548114.3845
314.6285-2.0081-1.47731.7123-1.45475.77670.43230.30550.2152-0.279-0.2681-0.0939-0.03690.1094-0.16420.23690.10.07560.30230.05520.127-7.734356.81132.4613
321.0622-0.70360.41820.69540.24091.5713-0.01450.05240.05420.0014-0.047-0.07540.1658-0.020.06150.22760.00060.02880.2409-0.00080.1565-19.9964.0514136.5169
331.38960.939-0.31222.21230.86290.8021-0.10040.00260.02430.2139-0.10960.32430.2321-0.08740.210.2431-0.0770.0840.29020.0270.136-29.407156.8181112.9216
341.2661-1.5251.8862.7002-0.94644.8551-0.0548-0.06720.01530.1005-0.0351-0.0063-0.0133-0.27940.08990.2032-0.05490.03830.27070.02530.1936-24.410458.7553107.4341
350.11130.1395-0.30730.2528-0.55051.2149-0.0897-0.0439-0.0483-0.05960.0245-0.02310.1866-0.10660.06520.2916-0.05480.05060.2376-0.00590.1843-16.019242.350693.4981
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2A126 - 136
3X-RAY DIFFRACTION3A137 - 181
4X-RAY DIFFRACTION4A182 - 221
5X-RAY DIFFRACTION5A222 - 239
6X-RAY DIFFRACTION6A240 - 325
7X-RAY DIFFRACTION7A326 - 339
8X-RAY DIFFRACTION8A340 - 370
9X-RAY DIFFRACTION9A371 - 399
10X-RAY DIFFRACTION10A400 - 468
11X-RAY DIFFRACTION11A469 - 499
12X-RAY DIFFRACTION12A500 - 513
13X-RAY DIFFRACTION13A514 - 579
14X-RAY DIFFRACTION14A580 - 678
15X-RAY DIFFRACTION15A679 - 707
16X-RAY DIFFRACTION16A708 - 746
17X-RAY DIFFRACTION17A747 - 759
18X-RAY DIFFRACTION18B54 - 70
19X-RAY DIFFRACTION19B71 - 148
20X-RAY DIFFRACTION20B149 - 187
21X-RAY DIFFRACTION21B188 - 208
22X-RAY DIFFRACTION22B209 - 255
23X-RAY DIFFRACTION23B256 - 292
24X-RAY DIFFRACTION24B293 - 315
25X-RAY DIFFRACTION25B316 - 449
26X-RAY DIFFRACTION26B450 - 511
27X-RAY DIFFRACTION27B512 - 520
28X-RAY DIFFRACTION28B521 - 531
29X-RAY DIFFRACTION29B544 - 569
30X-RAY DIFFRACTION30B570 - 595
31X-RAY DIFFRACTION31B596 - 610
32X-RAY DIFFRACTION32B611 - 666
33X-RAY DIFFRACTION33B667 - 679
34X-RAY DIFFRACTION34B680 - 693
35X-RAY DIFFRACTION35B694 - 720

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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