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- PDB-4heh: Crystal structure of AppA SCHIC domain from Rb. sphaeroides -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4heh
タイトルCrystal structure of AppA SCHIC domain from Rb. sphaeroides
要素AppA protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / redox sensing / heme binding
機能・相同性
機能・相同性情報


blue light photoreceptor activity / FAD binding
類似検索 - 分子機能
: / : / AppA, four helix bundle / AppA, sensor containing heme instead of cobalamin / Methionine synthase domain / Sensors of blue-light using FAD / BLUF domain profile. / BLUF domain / Sensors of blue-light using FAD / Cobalamin-binding domain ...: / : / AppA, four helix bundle / AppA, sensor containing heme instead of cobalamin / Methionine synthase domain / Sensors of blue-light using FAD / BLUF domain profile. / BLUF domain / Sensors of blue-light using FAD / Cobalamin-binding domain / Methionine synthase domain / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Acylphosphatase-like domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Dragnea, V. / Yin, L. / Dann III, C.E. / Bauer, C.E.
引用ジャーナル: MBio / 年: 2013
タイトル: Redox and light control the heme-sensing activity of AppA.
著者: Yin, L. / Dragnea, V. / Feldman, G. / Hammad, L.A. / Karty, J.A. / Dann III, C.E. / Bauer, C.E.
履歴
登録2012年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22013年10月30日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AppA protein
B: AppA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5272
ポリマ－45,5272
非ポリマー00
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.044, 64.489, 56.772
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 AppA protein


分子量: 22763.350 Da / 分子数: 2 / 断片: SCHIC domain, UNP residues 186-398 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: HR / 遺伝子: appA / プラスミド: pTYB12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53119
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M NaCl, 10% glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月2日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 24575 / Num. obs: 24533 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 36.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→42.47 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.807 / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1916 8.08 %random
Rwork0.1825 ---
all0.1869 24621 --
obs0.1869 23719 95.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.321 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 142 Å2 / Biso mean: 54.7601 Å2 / Biso min: 21.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4595 Å2-0 Å2-7.0873 Å2
2--0.8084 Å20 Å2
3---3.6511 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→42.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3158 0 0 183 3341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073221
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9444381
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054538
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005566
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5481197
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0432-2.09430.35551170.26341353147083
2.0943-2.15090.28171250.21291473159892
2.1509-2.21420.25971320.18731509164194
2.2142-2.28570.26021380.2041522166095
2.2857-2.36730.32211300.21551536166695
2.3673-2.46210.30421410.23051556169795
2.4621-2.57420.27351340.21531563169797
2.5742-2.70980.27641390.21711568170797
2.7098-2.87960.27311390.2021578171798
2.8796-3.10190.29551400.20571598173898
3.1019-3.41390.2371450.19791612175799
3.4139-3.90760.20631420.167116281770100
3.9076-4.9220.19691490.145516381787100
4.922-42.47920.19741450.162816691814100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2356-2.69490.48056.0018-1.9257.1370.385-0.3167-0.1423-0.012-0.09931.2328-0.2068-1.0998-0.18380.226-0.03120.05380.3464-0.00920.6619-30.7382-16.9146-2.8567
28.9223-3.11821.68073.70191.42534.5383-0.05540.6983-0.931-0.6654-0.12611.8081-0.2385-0.10220.18930.23170.0303-0.11110.353-0.00660.4606-28.1187-14.5745-12.1347
36.9032-4.79894.57596.1961-5.40134.7225-0.0173-0.7546-0.24130.68980.28450.4543-0.1159-0.8732-0.33140.3835-0.07120.04750.3107-0.02540.2954-23.1912-12.63570.9886
48.43791.8293-3.44617.4653-3.94645.16440.08230.0461-0.5611-0.0015-0.7842-0.43620.41670.30830.67280.3105-0.0211-0.04860.2282-0.07950.2434-18.5491-18.7269-6.1574
56.73982.2776-0.1576.68561.90153.96190.03250.91781.3642-0.6097-0.0473-0.1143-1.4423-0.01820.37250.99740.2277-0.20450.43680.18380.6723-15.73115.8076-15.8294
64.83521.84831.63512.21540.02943.3509-0.17310.69720.3579-0.3983-0.0573-0.5571-0.0520.44510.18950.2408-0.00850.03960.23080.09320.3786-7.1474-1.3985-6.6633
77.71651.08762.89062.32692.85943.81430.2637-0.0884-0.293-0.0425-0.0454-0.45660.2695-0.0008-0.17820.2010.0019-0.0240.21850.02230.3992-4.6748-4.02083.0471
87.29281.45332.89996.31571.96297.7361-0.0114-0.1640.6430.0992-0.0709-0.37840.05760.30480.20220.20040.0189-0.0120.1696-0.01320.4317-6.78792.32147.6272
95.34245.39386.78115.66936.52859.0396-0.66940.30021.45960.81190.04630.6124-0.6289-0.13590.59380.31240.0835-0.03550.29870.05260.5842-16.78576.08971.0387
103.14130.30990.41933.88611.61233.8092-0.50971.19910.2888-1.25270.5016-0.1731-0.29610.10210.09690.83020.04080.47550.72820.53750.469-0.8582-10.9133-26.8664
111.2786-0.09661.66820.52440.72343.5689-0.1390.78180.3132-1.1523-0.28990.0444-0.45410.39280.28940.79030.30340.04430.57890.32980.3408-9.4232-7.7809-23.914
125.0118-0.51324.4062.4887-1.43934.2812-0.11461.3420.2284-1.0433-0.2858-0.5165-0.16340.54580.42640.65890.21040.16260.62540.12880.2533-2.7614-19.8494-24.7034
130.3503-0.532-0.26253.2358-0.50452.70580.22940.4170.0514-0.8699-0.26240.5479-0.1376-0.45290.03390.39260.1296-0.14930.37820.00980.3023-14.4319-21.3577-19.9337
148.78740.32930.68083.5807-3.68296.5177-0.0705-0.0537-0.3207-0.7828-0.09891.19850.4838-1.37820.1630.4012-0.0842-0.14980.4131-0.18330.6859-23.7635-33.9467-15.4771
156.45454.2951.44373.7909-0.26391.98580.64340.2556-0.3638-0.4246-0.6860.35750.4035-0.4456-0.00330.38850.0674-0.11210.4658-0.19940.4189-12.2902-36.7793-17.2846
169.63523.4693.07946.9657-1.79496.4487-0.06340.4201-0.5358-0.5906-0.24751.14461.118-0.9808-0.04420.5046-0.0577-0.04970.4214-0.32270.4898-15.5664-40.9784-21.1614
174.979-0.3662-4.67482.5964-1.26055.3977-0.01440.8893-1.6047-0.14090.1109-1.06271.4943-0.15570.02220.98120.1599-0.26040.5881-0.33870.785-8.86-41.8719-27.0568
181.28280.92531.22970.68150.9711.73620.14880.3394-0.2233-0.18540.01990.12760.331-0.7245-0.27590.87890.2009-0.56520.7333-0.22650.3458-16.1837-33.1041-31.9972
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 186:201)A186 - 201
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 202:220)A202 - 220
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 221:240)A221 - 240
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 241:263)A241 - 263
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 264:274)A264 - 274
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 275:321)A275 - 321
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 322:351)A322 - 351
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 352:386)A352 - 386
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 387:398)A387 - 398
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 186:201)B186 - 201
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 202:220)B202 - 220
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 221:240)B221 - 240
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 241:300)B241 - 300
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 301:322)B301 - 322
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 323:352)B323 - 352
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 353:369)B353 - 369
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resseq 370:386)B370 - 386
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resseq 387:398)B387 - 398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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