PDB-4hef: Structure of avibactam bound to Pseudomonas aeruginosa AmpC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hef

タイトル

Structure of avibactam bound to Pseudomonas aeruginosa AmpC

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / b-lactamase / hydrolase / periplasmic protein / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Lahiri, S.D.

引用

ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2013
タイトル: Structural Insight into Potent Broad-Spectrum Inhibition with Reversible Recyclization Mechanism: Avibactam in Complex with CTX-M-15 and Pseudomonas aeruginosa AmpC beta-Lactamases
著者: Lahiri, S.D. / Mangani, S. / Durand-Reville, T. / Benvenuti, M. / De Luca, F. / Sanyal, G. / Docquier, J.D.

履歴

登録	2012年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月3日	Group: Non-polymer description
改定 1.2	2018年2月7日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.3	2020年9月16日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / struct ...chem_comp / struct / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct.title ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _struct.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hef.cif.gz	159.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hef.ent.gz	123.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hef.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/4hef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/4hef	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gzbC 4hbtC 4hbuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ur3-d 4nk3-d 4u0t-2 1y54-d 6uqu-d 6tzg-3 4xae-1 2ymv-d 5cgx-d 6uqs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

40 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.880, 71.200, 106.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Cephalosporinase 分子量: 39541.641 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-388 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: ampC, PA4110 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24735, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form 分子量: 267.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₃N₃O₆S / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M Tris (pH 8.0), 20% PEG 8000, 0.1M K2HSO4 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.86→44.88 Å / Num. all: 28887 / Num. obs: 28777 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 17.77 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrystalClear		データ収集
d*TREK		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定
BUSTER	2.11.2	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.86→23.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9316 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9134 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU R Cruickshank DPI: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2015	1461	5.08 %	RANDOM
R_work	0.1744	-	-	-
obs	0.1758	28777	98.11 %	-
all	-	28887	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.89 Å² / B_iso mean: 18.6529 Å² / B_iso min: 3.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.1377 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2122 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.9255 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.195 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→23.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2793	0	29	341	3163

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2930	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.01	3992	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1009	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		68	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		439	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2930	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.99
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	14.89
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		362	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3813	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.86→1.93 Å / Total num. of bins used: 14

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	134	4.93 %
R_work	0.2294	2584	-
all	0.2311	2718	-
obs	-	-	98.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -6.206 Å / Origin y: -2.987 Å / Origin z: 17.7378 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0065 Å²	-0.0035 Å²	0.0093 Å²	-	-0.0664 Å²	-0.0079 Å²	-	-	-0.0599 Å²
L	0.4091 °²	-0.0536 °²	0.0328 °²	-	0.4118 °²	-0.0885 °²	-	-	0.634 °²
S	-0.0044 Å °	-0.0552 Å °	-0.0105 Å °	0.0255 Å °	0.0127 Å °	0.0067 Å °	-0.0145 Å °	-0.0135 Å °	-0.0082 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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