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万見
- PDB-2ymv: Structure of Reduced M Smegmatis 5246, a homologue of M.Tuberculo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ymv
タイトルStructure of Reduced M Smegmatis 5246, a homologue of M.Tuberculosis Acg
要素ACG NITROREDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DORMANCY / REDUCED FMN
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / Chem-FNR / IMIDAZOLE / TRIETHYLENE GLYCOL / NAD(P)H nitroreductase acg
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chauviac, F.-X. / Bommer, M. / Dobbek, H. / Keep, N.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Reduced Msacg, a Putative Nitroreductase from Mycobacterium Smegmatis and a Close Homologue of Mycobacterium Tuberculosis Acg.
著者: Chauviac, F.-X. / Bommer, M. / Yan, J. / Parkin, G. / Daviter, T. / Lowden, P. / Raven, E.L. / Thalassinos, K. / Keep, N.H.
履歴
登録2012年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACG NITROREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,67110
ポリマ－36,5871
非ポリマー1,0849
水9,332518
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.799, 167.799, 43.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2226-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ACG NITROREDUCTASE


分子量: 36587.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)
株: MC2-155 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: A0R2V4

-
非ポリマー , 6種, 527分子

#2: 化合物 ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド


分子量: 458.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細FMN IS THE ONLY BIOLOGICAL RELAVENT HETROGEN IN THIS ENTRY. ALL OTHER HETATOMS ARE COMPONENTS OF ...FMN IS THE ONLY BIOLOGICAL RELAVENT HETROGEN IN THIS ENTRY. ALL OTHER HETATOMS ARE COMPONENTS OF THE CRYSTALLISATION MIX AND IN THE AUTHORS' OPINION, NO BIOLOGICAL ROLE.
配列の詳細EXTRA SER ON THE N-TERMINUS FROM TEV CLEAVAGE SITE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.1 %
解説: STRUCTURE ORIGINALY SOLVED USING AUTO-RICKSHAW AND 2.4 A DATASET.
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1M IMIDAZOLE/MES PH 6.5, 30%(V/V)PEG550MME, 25 MM NA FORMATE, 25 MM AM ACETATE, 25 MM NA CITRATE, 25 MM NAK TARTRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9148
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月28日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9148 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→26.57 Å / Num. obs: 92796 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 15.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SAD MODEL AT 2.4 A FROM ANOTHER DATASET

解像度: 1.6→26.568 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.95 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 1-2 AND 330 DISORDERED LOOP 292-294 IN MULTIPLE CONFORMATIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.147 4626 5 %
Rwork0.1188 --
obs0.1202 92766 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.568 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2533 0 73 518 3124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0192759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7213772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0351051
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.107430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01497
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.61820.24861580.19492982X-RAY DIFFRACTION100
1.6182-1.63720.19021510.18282935X-RAY DIFFRACTION100
1.6372-1.65720.21841540.17192915X-RAY DIFFRACTION100
1.6572-1.67810.21151540.16862963X-RAY DIFFRACTION100
1.6781-1.70020.18221560.15512953X-RAY DIFFRACTION100
1.7002-1.72350.19021510.14892879X-RAY DIFFRACTION100
1.7235-1.74810.20071560.14132968X-RAY DIFFRACTION100
1.7481-1.77420.16981520.13832920X-RAY DIFFRACTION100
1.7742-1.80190.19421560.13672935X-RAY DIFFRACTION100
1.8019-1.83150.18411550.12282977X-RAY DIFFRACTION100
1.8315-1.8630.15241540.11632892X-RAY DIFFRACTION100
1.863-1.89690.15371550.10672947X-RAY DIFFRACTION100
1.8969-1.93340.14851540.1052952X-RAY DIFFRACTION100
1.9334-1.97280.12931560.10472942X-RAY DIFFRACTION100
1.9728-2.01570.14321550.10182943X-RAY DIFFRACTION100
2.0157-2.06260.12161510.10072912X-RAY DIFFRACTION100
2.0626-2.11420.13861540.09762974X-RAY DIFFRACTION99
2.1142-2.17130.13121520.09482898X-RAY DIFFRACTION99
2.1713-2.23520.1291540.08982927X-RAY DIFFRACTION100
2.2352-2.30730.11161540.08782971X-RAY DIFFRACTION100
2.3073-2.38970.12951530.08912908X-RAY DIFFRACTION99
2.3897-2.48530.13061550.09482950X-RAY DIFFRACTION99
2.4853-2.59830.12091530.09392960X-RAY DIFFRACTION99
2.5983-2.73520.13371530.1062925X-RAY DIFFRACTION99
2.7352-2.90630.13971580.11712943X-RAY DIFFRACTION99
2.9063-3.13040.14541540.12972963X-RAY DIFFRACTION99
3.1304-3.44480.15711550.13012942X-RAY DIFFRACTION99
3.4448-3.94190.13551550.12222955X-RAY DIFFRACTION98
3.9419-4.96110.12661570.11242945X-RAY DIFFRACTION98
4.9611-26.57160.17661510.16032864X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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