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- PDB-4heb: The Crystal structure of Maf protein of Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4heb
タイトルThe Crystal structure of Maf protein of Bacillus subtilis
要素Septum formation protein Maf
キーワードCELL CYCLE / Bacillus subtilis / Maf proteins / nucleoside triphosphate pyrophosphatase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


dTTP diphosphatase activity / UTP diphosphatase activity / 8-oxo-(d)RTP hydrolase activity / nucleotide diphosphatase / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside triphosphate pyrophosphatase Maf-like protein / Maf-like protein / Maf protein - #10 / Inosine triphosphate pyrophosphatase-like / Maf protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
dTTP/UTP pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Dong, A. / Dombrovski, L. / Brown, G. / Flick, R. / Tchigvintsev, D. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Iakounine, A. / Min, J. ...Dong, A. / Dombrovski, L. / Brown, G. / Flick, R. / Tchigvintsev, D. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Iakounine, A. / Min, J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Biochemical and structural studies of conserved maf proteins revealed nucleotide pyrophosphatases with a preference for modified nucleotides.
著者: Tchigvintsev, A. / Tchigvintsev, D. / Flick, R. / Popovic, A. / Dong, A. / Xu, X. / Brown, G. / Lu, W. / Wu, H. / Cui, H. / Dombrowski, L. / Joo, J.C. / Beloglazova, N. / Min, J. / Savchenko, ...著者: Tchigvintsev, A. / Tchigvintsev, D. / Flick, R. / Popovic, A. / Dong, A. / Xu, X. / Brown, G. / Lu, W. / Wu, H. / Cui, H. / Dombrowski, L. / Joo, J.C. / Beloglazova, N. / Min, J. / Savchenko, A. / Caudy, A.A. / Rabinowitz, J.D. / Murzin, A.G. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2012年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22013年12月11日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Septum formation protein Maf
B: Septum formation protein Maf


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,51033
ポリマ－47,5102
非ポリマー031
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area15780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.550, 85.950, 95.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Septum formation protein Maf


分子量: 23754.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: maf, BSU28050 / プラスミド: p15-TVL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02169
#2: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 31 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% PEG 3500, 0.1 M succinate acid pH7.0, vapor diffusion hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 24272 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.26→2.3 Å / 冗長度: 0.884 % / Num. unique all: 1172 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データスケーリング
MOLREP10.2..35位相決定
BUSTER2.10.0精密化
Coot0.6.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EX2

1ex2


解像度: 2.26→25.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9187 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8867 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 638 2.64 %RANDOM
Rwork0.2146 ---
obs0.2155 24200 99.85 %-
原子変位パラメータBiso max: 134.6 Å2 / Biso mean: 50.6288 Å2 / Biso min: 22.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.8173 Å20 Å20 Å2
2--12.8853 Å20 Å2
3---0.9319 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.329 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→25.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2731 0 31 79 2841
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.36 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2627 61 2.13 %
Rwork0.2153 2808 -
all0.2162 2869 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

S22: -0.0467 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9202-0.2447-0.85951.50680.41992.9191-0.0784-0.2383-0.175-0.0926-0.05330.09070.35660.1251-0.031-0.0071-0.0256-0.09660.0483-0.107726.0884-8.5391-6.872
21.41150.2164-1.52781.6915-0.40483.9160.04970.2713-0.09760.11370.2231-0.0841-0.4829-0.003-0.04510.039-0.0355-0.1288-0.021-0.12142.938-4.39966.9385
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A3 - 185
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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