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万見
- PDB-4hdj: Crystal Structure of BamB from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hdj
タイトルCrystal Structure of BamB from Pseudomonas aeruginosa
要素Outer membrane protein assembly factor BamB
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / beta-propeller (Βプロペラドメイン) / beta-barrel assembly (Βバレル)
機能・相同性
機能・相同性情報


Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
PQQ enzyme repeat / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H ...PQQ enzyme repeat / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Jansen, K.B. / Baker, S.L. / Sousa, M.C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of BamB from Pseudomonas aeruginosa and functional evaluation of its conserved structural features.
著者: Jansen, K.B. / Baker, S.L. / Sousa, M.C.
履歴
登録2012年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein assembly factor BamB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9431
ポリマ－38,9431
非ポリマー00
水7,242402
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.984, 82.984, 83.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

HOH

21A-513-

HOH

31A-540-

HOH

41A-694-

HOH

51A-764-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamB


分子量: 38942.758 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 20-380 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: bamB, PA3800 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HXJ7
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% Tacsimate, 10% PEG , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.15K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→36 Å / Num. all: 28674 / Num. obs: 28674

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→36 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2053 1463 5.1 %5.1% random selection
Rwork0.1604 ---
all0.1627 28674 --
obs0.1627 28674 99.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2643 0 0 402 3045
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5653653
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.239961
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099417
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008478
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8478-1.91390.25791400.18632649X-RAY DIFFRACTION99
1.9139-1.99050.24781490.1832705X-RAY DIFFRACTION100
1.9905-2.08110.23261380.16732708X-RAY DIFFRACTION100
2.0811-2.19080.23621480.16312711X-RAY DIFFRACTION100
2.1908-2.3280.2211590.16792684X-RAY DIFFRACTION100
2.328-2.50770.2141650.16152717X-RAY DIFFRACTION100
2.5077-2.760.21731470.17942720X-RAY DIFFRACTION100
2.76-3.15920.21251400.17252722X-RAY DIFFRACTION99
3.1592-3.97940.20051400.14722775X-RAY DIFFRACTION99
3.9794-36.06840.14981370.14132820X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3883-0.11630.05190.3547-0.14850.0525-0.05510.1138-0.172-0.06590.0648-0.09920.001-0.05690.02520.0619-0.01780.0320.1007-0.04670.126320.79340.467713.9217
20.1742-0.0803-0.05290.06420.04440.0328-0.02760.0515-0.12270.12020.02140.1091-0.04830.03870.00170.1184-0.00170.01560.12190.02110.07926.756141.850526.0627
30.19030.0505-0.07850.18080.07280.08240.0469-0.0870.07450.1023-0.0660.0422-0.04190.0703-0.01580.1503-0.0314-00.1455-0.00330.041215.120754.055231.5705
40.21480.0994-0.18560.1489-0.01160.1960.00650.0177-0.06050.0169-0.0699-0.0382-0.07540.0073-0.010.0839-0.0093-0.00010.0941-0.03320.112733.133955.906118.0465
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 28:157 )A28 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 158:192 )A158 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 193:281 )A193 - 281
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 282:382 )A282 - 382

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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