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万見
- PDB-4hd5: Crystal Structure of BC0361, a polysaccharide deacetylase from Ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hd5
タイトルCrystal Structure of BC0361, a polysaccharide deacetylase from Bacillus cereus
要素Polysaccharide deacetylase
キーワードHYDROLASE / Tim Barrel / polysaccharide deacetylase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3760 / : / Glycoside hydrolase/deacetylase / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Immunoglobulin-like - #3760 / : / Glycoside hydrolase/deacetylase / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Polysaccharide deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Fadouloglou, V.E. / Kokkinidis, M. / Glykos, N.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure determination through homology modelling and torsion-angle simulated annealing: application to a polysaccharide deacetylase from Bacillus cereus.
著者: Fadouloglou, V.E. / Kapanidou, M. / Agiomirgianaki, A. / Arnaouteli, S. / Bouriotis, V. / Glykos, N.M. / Kokkinidis, M.
履歴
登録2012年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22013年3月27日Group: Database references
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polysaccharide deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9963
ポリマ－40,8711
非ポリマー1242
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.455, 52.760, 93.638
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Polysaccharide deacetylase


分子量: 40871.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 14579 / DSM 31 / 遺伝子: BC0361, BC_0361 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81IM3
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25-30% (w/v) PEG3350, 100mM Tris/HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
PH範囲: 7.5-8.0

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RUH3R11.5418
回転陽極RIGAKU RUH3R21.5418
検出器
タイプID検出器詳細
MAR scanner 300 mm plate1IMAGE PLATEmirrors
MAR scanner 300 mm plate2IMAGE PLATEmirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1YALE MIRRORSSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2YALE MIRRORSSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.47 Å / Num. all: 21606 / Num. obs: 21606 / % possible obs: 81.34 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 59.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SAM-T08- PHASER - CNSモデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SAM-T08- PHASER - CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HOMOLOGY MODELING

解像度: 1.9→46.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 5.527 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20252 1142 5 %RANDOM
Rwork0.17836 ---
obs0.17959 21606 81.34 %-
all-21606 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.301 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å2-0 Å2-0.38 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati sigma a0.149 Å0.186 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2540 0 5 162 2707
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0192600
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0971.9593505
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.735790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8815317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.62425.424118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.94315495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.698157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022883
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02560
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.952 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 69 -
Rwork0.211 1159 -
obs--59.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.197 Å / Origin y: -10.567 Å / Origin z: 212.429 Å
111213212223313233
T0.0426 Å20.0083 Å20.005 Å2-0.0075 Å20.0084 Å2--0.0112 Å2
L0.1424 °2-0.0146 °2-0.0541 °2-1.0222 °20.2813 °2--0.6415 °2
S-0.0069 Å °0.018 Å °0.0232 Å °-0.1204 Å °0.0081 Å °0.0091 Å °0.0797 Å °0.0247 Å °-0.0012 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A45 - 87
2X-RAY DIFFRACTION1A88 - 140
3X-RAY DIFFRACTION1A141 - 227
4X-RAY DIFFRACTION1A228 - 360
5X-RAY DIFFRACTION1A401
6X-RAY DIFFRACTION1A402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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