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- PDB-4hcf: Crystal Structure of Uncharacterized Cupredoxin-like Domain Prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hcf
タイトルCrystal Structure of Uncharacterized Cupredoxin-like Domain Protein Cupredoxin_1 with Copper Bound from Bacillus anthracis
要素Cupredoxin 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / beta-fold / beta sandwich / greek-key beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


EfeO-type cupredoxin-like domain / Cupredoxin-like domain / : / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / EfeO-type cupredoxin-like domain-containing protein / EfeO-type cupredoxin-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.703 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Uncharacterized Cupredoxin-like Domain Protein Cupredoxin_1 with Copper Bound from Bacillus anthracis
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2012年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cupredoxin 1
B: Cupredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4015
ポリマ－22,1772
非ポリマー2233
水2,162120
1
A: Cupredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2483
ポリマ－11,0891
非ポリマー1602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cupredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1522
ポリマ－11,0891
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Cupredoxin 1
ヘテロ分子

B: Cupredoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4015
ポリマ－22,1772
非ポリマー2233
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
Buried area1110 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.275, 73.594, 40.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cupredoxin 1


分子量: 11088.687 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-129 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BA_1561, GBAA_1561 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q81ST4, UniProt: A0A6L7H6L8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 120 mM magnessium sulfate, 150 mM formate pH 4.0, 38.6 % w/v PEG1000, 10 mM copper chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 21670 / Num. obs: 21670 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 17.68 Å2 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / Num. unique all: 1093 / Rsym value: 0.518 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1161)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Structure of the same protein (cupredoxin_1) without copper bound

解像度: 1.703→30.43 Å / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1108 5.12 %random
Rwork0.177 ---
all0.179 21620 --
obs0.179 21620 98.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.703→30.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1440 0 7 120 1567
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081475
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1991990
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.165570
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088241
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004246
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.703-1.78050.2241140.1982433254793
1.7805-1.87430.23051280.179225882716100
1.8743-1.99170.23331520.17625672719100
1.9917-2.14550.22031530.163525812734100
2.1455-2.36130.19541360.168126092745100
2.3613-2.70280.21811540.184825632717100
2.7028-3.40460.20631350.1852593272899
3.4046-30.43490.19911360.1742578271498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.0598-5.05714.44035.1726-0.99684.1106-0.11910.1462-0.2176-0.01520.0761-0.495-0.05150.21020.1710.13390.00310.02120.2164-0.01920.21620.31640.565149.2498
24.4185-2.72552.86632.3362-1.44912.0317-0.14710.3459-0.08130.14620.0046-0.0014-0.66840.28750.06180.1461-0.04590.02240.19140.0210.16814.99926.658940.7215
30.8521.5999-1.93798.092-6.87586.5184-0.0411-0.04150.1086-0.2211-0.692-0.4837-0.19060.40250.6940.17430.0155-0.05620.16570.0150.173618.0649-5.54443.6391
40.09160.54170.66454.6025.65546.94230.0059-0.0184-0.40280.82360.1843-0.03591.00720.1638-0.36930.2341-0.012-0.00660.21040.00220.267117.5878-15.022154.5372
51.7415-3.05311.73625.3848-3.03961.7296-0.02320.1335-0.0868-0.0396-0.0982-0.11290.20680.07990.06340.1566-0.0094-0.00950.2003-0.0240.191417.68171.631652.6744
69.25122.4183-2.87332.6502-0.92015.3421-0.34310.04470.8478-0.40150.0569-0.1025-0.36710.21410.07460.2939-0.02210.01450.1525-0.00060.218512.656613.629246.2351
72.22720.1039-1.27832.1696-0.82790.98980.0810.1114-0.1975-0.2035-0.20880.4660.2228-0.0020.13550.18120.0036-0.01330.1766-0.01640.19677.0168-0.520549.3877
81.19770.01030.62219.7597-1.36912.8995-0.2128-0.2220.19110.75170.16930.4427-0.4464-0.21120.06170.12270.0040.02940.1842-0.02190.199514.03055.439855.1722
91.2804-1.92320.1995.78640.22941.21680.2192-0.1167-0.3572-0.4966-0.0230.46940.6140.1563-0.20210.1867-0.0184-0.00570.17030.03730.23299.9698-10.761747.3154
105.7445-1.33840.54425.44471.19856.85440.0855-0.11340.01770.2120.10770.39690.0092-0.679-0.31090.1257-0.0037-0.00540.16040.00830.12455.5425.888440.7265
111.9193-3.90110.32359.2034-1.17830.28150.01960.154-0.24480.30640.21340.2520.0930.0211-0.09470.20630-0.02940.1472-0.03770.174314.0958-9.097342.6493
121.6648-1.23160.329.2414-6.32275.03220.0339-0.3898-0.56560.88050.13440.24270.2133-0.1172-0.11880.28590.0004-0.02870.254-0.01040.2149-1.01342.652127.995
134.517-2.1408-1.04242.18780.26621.8164-0.21740.2894-0.3691-0.06420.0370.38350.1321-0.11460.05280.148-0.0035-0.00490.166-0.01360.179114.4774-1.647720.5206
142.2355-1.8314-0.63981.51930.52040.17430.22610.09290.1577-0.0052-0.2858-0.0416-0.1497-0.0176-0.05730.19570.04310.00790.1757-0.02830.225713.5989.617919.7741
152.930.0448-0.28348.4762-1.06340.990.0010.06150.3617-0.1680.11740.814-0.301-0.0896-0.04550.18060.0071-0.00970.16190.00380.20417.02077.223325.5375
167.9779-1.25331.92199.0391-1.09133.92560.22710.458-0.9382-0.1781-0.2184-0.23670.20230.28240.02070.2546-0.0075-0.00440.1667-0.03380.245116.2248-10.576925.2669
171.7375-0.4054-0.33269.08690.63731.2277-0.0268-0.05040.17310.33220.022-0.2144-0.08610.1648-0.04680.1408-0.0225-0.0060.1780.00670.151416.72033.686231.7117
184.6499-3.3378-1.01372.44310.62690.6443-0.19-0.0551-0.3052-0.00430.13390.1536-0.0918-0.0191-0.03140.2801-0.0299-0.02030.21760.02230.18427.852-2.357729.309
193.83042.5905-1.10682.0635-1.66713.00130.4162-0.68441.65160.4832-0.17360.522-0.0131-0.2836-0.41760.2746-0.05040.0880.2127-0.08920.42310.266718.485329.8438
205.8059-6.31162.13097.9578-1.61861.23360.04690.34380.636-0.9216-0.1312-0.9194-0.2346-0.01030.02520.165-0.01620.04530.1359-0.00150.133620.439210.634226.2312
218.09781.5033-1.26364.4616-2.58687.3733-0.2082-0.3434-0.02130.16570.0896-0.1180.39050.4495-0.07810.10150.0197-0.00410.1659-0.00190.15124.6212-2.382628.283
220.6591-2.35121.25159.976-4.56122.50.26240.05840.73010.0124-0.0051-0.7328-0.06480.02570.12770.2512-0.00390.04520.17750.01050.289417.765512.07621.874
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 41 through 49 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 54 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 55 through 60 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 61 through 65 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 66 through 72 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 73 through 77 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 78 through 91 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 92 through 101 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 102 through 112 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 113 through 121 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 122 through 128 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 33 through 42 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 43 through 54 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 55 through 61 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 62 through 72 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 73 through 77 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 78 through 91 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 92 through 101 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 102 through 106 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 107 through 112 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 113 through 121 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 122 through 128 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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