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- PDB-4hcc: The zinc ion bound form of crystal structure of E.coli ExoI-ssDNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hcc
タイトルThe zinc ion bound form of crystal structure of E.coli ExoI-ssDNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • Exodeoxyribonuclease I
キーワードHYDROLASE/DNA / DnaQ family / Exonuclease C-terminal family / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease I / DNA replication termination / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / single-stranded DNA binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / DNA repair / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1240 / Exonuclease ExoI, domain 3 / Exonuclease ExoI, domain 2 / Exodeoxyribonuclease I, C-terminal / Exodeoxyribonuclease I / Exonuclease I, SH3-like domain / Exonuclease I, C-terminal alpha-helical domain / Exonuclease I, SH3-like domain superfamily / Exonuclease C-terminal / Exonuclease I (ExoI) SH3-like domain profile. ...Helix Hairpins - #1240 / Exonuclease ExoI, domain 3 / Exonuclease ExoI, domain 2 / Exodeoxyribonuclease I, C-terminal / Exodeoxyribonuclease I / Exonuclease I, SH3-like domain / Exonuclease I, C-terminal alpha-helical domain / Exonuclease I, SH3-like domain superfamily / Exonuclease C-terminal / Exonuclease I (ExoI) SH3-like domain profile. / Exonuclease I (ExoI) C-terminal domain profile. / Oligoribonuclease / PX Domain / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Monooxygenase / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Exodeoxyribonuclease I
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Qiu, R. / Wei, J. / Lou, T. / Liu, M. / Ji, C. / Gong, W.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: The structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with the single strand DNA
著者: Qiu, R. / Lou, T. / Wei, J. / Liu, M. / Gu, S. / Tang, R. / Ji, C. / Gong, W.
履歴
登録2012年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exodeoxyribonuclease I
B: Exodeoxyribonuclease I
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,36318
ポリマ－118,1904
非ポリマー1,17314
水36020
1
A: Exodeoxyribonuclease I
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6048
ポリマ－59,0952
非ポリマー5096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area22750 Å2
手法PISA
2
B: Exodeoxyribonuclease I
D: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,76010
ポリマ－59,0952
非ポリマー6658
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area22330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.037, 108.692, 158.403
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Exodeoxyribonuclease I / Exonuclease I / DNA deoxyribophosphodiesterase / dRPase


分子量: 55381.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5alpha / 遺伝子: b2011, cpeA, JW1993, sbcB, xonA / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04995, exodeoxyribonuclease I
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 3713.524 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The ssDNA samples were synthesized with 3'-phosphoryl modification (PAGE purified)

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非ポリマー , 5種, 34分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THIS RESIDUE IS ASP FOR E.COLI STRAIN DH5ALPHA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: The crystals grew in 1.65-1.68 M ammonium sulfate, 6.5-6.8% v/v 2-propanol, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.0, 5 mM phenol, then soaked in the solution consisted of precipitant ...詳細: The crystals grew in 1.65-1.68 M ammonium sulfate, 6.5-6.8% v/v 2-propanol, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.0, 5 mM phenol, then soaked in the solution consisted of precipitant solution and 20 mM zinc chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月2日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→30 Å / Num. all: 23347 / Num. obs: 23141 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.189 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.95-37.10.43611451.252199.6
3-3.067.20.36311381.268199.6
3.06-3.117.10.33211501.261199.5
3.11-3.187.20.2711361.268199.4
3.18-3.257.10.23311251.297199.5
3.25-3.327.10.21411321.351199.5
3.32-3.47.20.17611561.257199.6
3.4-3.570.15611421.28199.7
3.5-3.67.10.1311411.169199.2
3.6-3.727.10.11911451.192199.4
3.72-3.8570.111391.046199.7
3.85-470.08911511.062199.4
4-4.186.90.08211601.239199.1
4.18-4.46.80.07611491.158199.1
4.4-4.686.70.06711541.083199.6
4.68-5.046.70.06711661.067199.5
5.04-5.546.70.06611641.121199.5
5.54-6.346.60.06412041.181199.6
6.34-7.966.40.05311971.088198.8
7.96-305.60.04412471.1196.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4HCB

4hcb


解像度: 2.96→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 16.616 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.448 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2448 1188 5.1 %RANDOM
Rwork0.1849 ---
obs0.188 23099 98.49 %-
all-23347 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131.34 Å2 / Biso mean: 62.8263 Å2 / Biso min: 27.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.55 Å20 Å20 Å2
2---1.35 Å20 Å2
3----1.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.96→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7538 414 57 20 8029
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0198221
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0461.90811264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2985924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.55723.734399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.186151240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7841560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216244
LS精密化 シェル解像度: 2.96→3.035 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 75 -
Rwork0.254 1315 -
all-1390 -
obs--89.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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