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- PDB-4hc7: Crystal structure of the full DNA binding domain of GATA3-complex 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hc7
タイトルCrystal structure of the full DNA binding domain of GATA3-complex 2
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
  • Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3
キーワードTranscription/DNA / GATA transcription factor / zinc finger / Transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nephric duct formation / negative regulation of cell proliferation involved in mesonephros development / regulation of cellular response to X-ray / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in ureteric bud formation / negative regulation of glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway involved in ureteric bud formation / ureter morphogenesis / thymic T cell selection / ureteric bud formation / positive regulation of ureteric bud formation / : ...nephric duct formation / negative regulation of cell proliferation involved in mesonephros development / regulation of cellular response to X-ray / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in ureteric bud formation / negative regulation of glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway involved in ureteric bud formation / ureter morphogenesis / thymic T cell selection / ureteric bud formation / positive regulation of ureteric bud formation / : / HMG box domain binding / positive regulation of thyroid hormone generation / otic vesicle development / anatomical structure formation involved in morphogenesis / pro-T cell differentiation / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / nephric duct morphogenesis / interleukin-2 receptor binding / norepinephrine biosynthetic process / cardiac right ventricle morphogenesis / cellular response to interferon-alpha / immune system development / parathyroid gland development / ureter maturation / mesenchymal to epithelial transition / mast cell differentiation / parathyroid hormone secretion / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of signal transduction / lymphocyte migration / mesonephros development / Formation of the nephric duct / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / regulation of T-helper cell differentiation / ear development / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / pharyngeal system development / sympathetic nervous system development / negative regulation of cell motility / cellular response to BMP stimulus / cell fate determination / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / T-helper 2 cell differentiation / aortic valve morphogenesis / cartilage development / regulation of establishment of cell polarity / lens development in camera-type eye / positive regulation of T cell differentiation / embryonic hemopoiesis / ventricular septum development / negative regulation of interleukin-2 production / regulation of neuron projection development / inner ear morphogenesis / positive regulation of interleukin-4 production / E-box binding / uterus development / humoral immune response / macrophage differentiation / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of cell cycle / T cell differentiation / developmental growth / TOR signaling / anatomical structure morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway / cell fate commitment / embryonic organ development / cellular response to interleukin-4 / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of neuron apoptotic process / cell maturation / regulation of cytokine production / positive regulation of endothelial cell migration / erythrocyte differentiation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / post-embryonic development / thymus development / kidney development / axon guidance / neuron migration / response to virus / defense response / transcription coactivator binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / male gonad development / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to tumor necrosis factor / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / T cell receptor signaling pathway / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Estrogen-dependent gene expression
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, GATA-2/3 / Transcription factor GATA / GATA-type zinc finger domain. / GATA-type zinc finger domain profile. / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Zinc finger, NHR/GATA-type ...Transcription factor, GATA-2/3 / Transcription factor GATA / GATA-type zinc finger domain. / GATA-type zinc finger domain profile. / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Chen, Y. / Bates, D.L. / Dey, R. / Chen, L.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2012
タイトル: DNA Binding by GATA Transcription Factor Suggests Mechanisms of DNA Looping and Long-Range Gene Regulation.
著者: Chen, Y. / Bates, D.L. / Dey, R. / Chen, P.H. / Machado, A.C. / Laird-Offringa, I.A. / Rohs, R. / Chen, L.
履歴
登録2012年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Data collection
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3
W: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
X: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*G)-3')
B: Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3
Y: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
Z: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,57910
ポリマ－50,3186
非ポリマー2624
水3,837213
1
A: Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3
W: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
X: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2905
ポリマ－25,1593
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area14370 Å2
手法PISA
2
B: Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3
Y: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
Z: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2905
ポリマ－25,1593
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area12120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.765, 65.373, 72.922
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.750, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3 / GATA-binding factor 3


分子量: 12893.872 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 260 -365 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GATA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23771
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*C)-3')


分子量: 6085.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*GP*GP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*G)-3')


分子量: 6179.013 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.74 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 15755

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 1608
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2635 1548 8.6 %
Rwork0.2264 --
obs-15755 87.4 %
溶媒の処理Bsol: 43.8628 Å2
原子変位パラメータBiso max: 142.47 Å2 / Biso mean: 60.6446 Å2 / Biso min: 19.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.52 Å20 Å2-12.669 Å2
2--4.943 Å20 Å2
3----14.462 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1597 1628 4 213 3442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.761.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.3182
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.2032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.9062.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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