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- PDB-4has: Crystal structure of PX domain of human sorting nexin SNX27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4has
タイトルCrystal structure of PX domain of human sorting nexin SNX27
要素Sorting nexin-27
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / PX Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of natural killer cell polarity / postsynaptic early endosome / postsynaptic recycling endosome / regulation of synapse maturation / endocytic recycling / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / endosomal transport / endosome to lysosome transport / immunological synapse / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels ...establishment of natural killer cell polarity / postsynaptic early endosome / postsynaptic recycling endosome / regulation of synapse maturation / endocytic recycling / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / endosomal transport / endosome to lysosome transport / immunological synapse / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / Schaffer collateral - CA1 synapse / early endosome membrane / early endosome / endosome / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / signal transduction / cytosol
類似検索 - 分子機能
SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / Phox-like domain / PX Domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. ...SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / Phox-like domain / PX Domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Sorting nexin-27
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Froese, D.S. / Krojer, T. / Strain-Damerell, C. / Allerston, C. / Kiyani, W. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Bountra, C. / Edwards, A. ...Froese, D.S. / Krojer, T. / Strain-Damerell, C. / Allerston, C. / Kiyani, W. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Bountra, C. / Edwards, A. / Yue, W.W. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of PX domain of human sorting nexin SNX27
著者: Froese, D.S. / Krojer, T. / Strain-Damerell, C. / Allerston, C. / Kiyani, W. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Bountra, C. / Edwards, A. / Yue, W.W. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2012年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-27
B: Sorting nexin-27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8044
ポリマ－31,5502
非ポリマー2542
水4,882271
1
A: Sorting nexin-27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0293
ポリマ－15,7751
非ポリマー2542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sorting nexin-27


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7751
ポリマ－15,7751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.580, 47.820, 96.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-27


分子量: 15774.845 Da / 分子数: 2 / 断片: PX domain (UNP residues 156-265) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX27, KIAA0488, My014 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96L92
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 18% PEG 3.3k, 0.1M citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→33.97 Å / Num. all: 23145 / Num. obs: 23145 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.74→1.77 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.816 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1065)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.74→33.974 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2035 1175 5.12 %random THROUGHOUT
Rwork0.1633 ---
obs0.1653 22956 98.5 %-
all-22956 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→33.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1689 0 17 271 1977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071772
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0132398
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.217669
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005317
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.74-1.81920.30181410.2312626X-RAY DIFFRACTION97
1.8192-1.91510.23371440.18422642X-RAY DIFFRACTION97
1.9151-2.03510.22331570.1792652X-RAY DIFFRACTION98
2.0351-2.19220.22261450.15662682X-RAY DIFFRACTION98
2.1922-2.41270.19461630.15852692X-RAY DIFFRACTION99
2.4127-2.76170.24291330.16922762X-RAY DIFFRACTION99
2.7617-3.47890.19211510.15282776X-RAY DIFFRACTION100
3.4789-33.980.16381410.15492949X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7813-0.06470.5033.00210.26082.80460.0741-0.1842-0.168-0.03120.10170.30620.1573-0.39640.00880.083-0.0292-0.01580.09460.02590.0691-2.7567-19.4164-17.954
21.170.65650.73282.10370.6741.9665-0.0266-0.04540.1077-0.00950.00250.0242-0.0851-0.111-0.04050.08140.0080.01380.06140.01960.07420.9511-8.9319-8.6844
32.7015-0.89872.29031.8108-1.08483.87450.04610.18690.1972-0.1938-0.0183-0.07490.01040.0393-0.00570.0912-0.01170.02620.07230.01460.07530.2183-9.5858-21.735
43.83592.0029-1.21062.24932.01556.1796-0.0341-0.0286-0.93770.2186-0.1711-0.63540.49510.041-0.25810.12640.0362-0.05250.09470.00760.16611.6362-13.2777-2.4496
57.6212.092-0.62115.304-0.33562.8926-0.1724-0.2215-0.32720.20440.44660.1608-0.0675-0.4362-0.05550.1316-0.0148-0.00640.06270.02490.06490.6146-17.9075-4.5041
67.43050.89661.76743.4051-0.2583.2602-0.22370.0053-0.17720.28020.325-0.0070.2640.4605-0.1790.12730.0457-0.00470.1368-0.00690.0661-5.908-38.703511.5736
73.3848-0.10942.44813.20041.83816.2066-0.3429-0.17740.0197-0.14760.4332-0.3474-0.40550.3801-0.10790.06370.01570.03060.1088-0.02880.0909-3.6319-36.79511.5875
82.03660.7617-1.02812.6787-1.43753.6909-0.08570.18290.0236-0.24570.0473-0.14590.0348-0.22680.0280.07720.01230.03650.1132-0.00670.1034-3.7249-35.6134-2.1914
97.01623.52522.49962.56431.14591.7248-0.01760.7588-0.4603-0.4620.1368-0.2174-0.07810.3474-0.03050.14330.04380.01880.2306-0.03250.1333-11.4551-28.8784-5.3698
101.4773-0.3346-0.53523.18242.43994.4517-0.018-0.1325-0.04290.1172-0.04220.14640.0431-0.18440.11570.04760.01130.01860.06310.02510.0975-12.0645-30.09926.8257
115.5566-1.23341.32453.8491-0.4494.3643-0.10930.3438-0.3489-0.15370.0565-0.09360.02660.02520.03960.1518-0.01710.06250.1234-0.04720.1518-4.5891-42.6564-6.0232
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 171 through 198 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 199 through 229 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 230 through 257 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 258 through 264 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 265 through 274 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 172 through 186 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 187 through 196 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 197 through 224 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 225 through 229 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 230 through 256 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 257 through 274 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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