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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4har | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Rubella virus capsid protein (residues 127-277) | ||||||
要素 | Capsid protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / partial beta barrel / capsid protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rubella virus (風疹ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.663 Å | ||||||
データ登録者 | Mangala Prasad, V. / Fokine, A. / Rossmann, M.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Rubella virus capsid protein structure and its role in virus assembly and infection. 著者: Mangala Prasad, V. / Willows, S.D. / Fokine, A. / Battisti, A.J. / Sun, S. / Plevka, P. / Hobman, T.C. / Rossmann, M.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4har.cif.gz | 260.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4har.ent.gz | 220.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4har.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4har_validation.pdf.gz | 491.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4har_full_validation.pdf.gz | 508.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4har_validation.xml.gz | 26.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4har_validation.cif.gz | 35.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/4har ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/4har | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological unit is a dimer. There are 3 biological units in the asymmetric unit (chain A & B, chains C & D and chain E & F) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17051.033 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rubella virus (風疹ウイルス) / 株: M33 / 遺伝子: Capsid / プラスミド: pGEX-KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8QL55, UniProt: P08563*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-LDA / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.18 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Sodium chloride, 1% Lauryldimethylamine-oxide, 0.05M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月31日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.66→50 Å / Num. all: 29218 / Num. obs: 29218 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Χ2: 5.254 / Net I/σ(I): 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単一同系置換・異常分散 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 3.67 Å / D res low: 1000 Å / FOM : 0.31 / 反射: 11016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.663→47.623 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8142 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.24 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.727 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 163.28 Å2 / Biso mean: 53.0884 Å2 / Biso min: 14.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.663→47.623 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 33.2559 Å / Origin y: 15.0622 Å / Origin z: 70.6643 Å
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精密化 TLSグループ |
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