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- PDB-4hap: Crystal Structure of a GH7 family cellobiohydrolase from Limnoria... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hap
タイトルCrystal Structure of a GH7 family cellobiohydrolase from Limnoria quadripunctata in complex with cellobiose
要素GH7 family protein
キーワードHYDROLASE / cellobiohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / Distorted Sandwich / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellobiose / Exoglucanase GH7B
類似検索 - 構成要素
生物種Limnoria quadripunctata (甲殻類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Martin, R.N.A. / McGeehan, J.E. / Streeter, S.D. / Cragg, S.M. / Guille, M.J. / Schnorr, K.M. / Kern, M. / Bruce, N.C. / McQueen-Mason, S.J.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural characterization of a unique marine animal family 7 cellobiohydrolase suggests a mechanism of cellulase salt tolerance
著者: Kern, M. / McGeehan, J.E. / Streeter, S.D. / Martin, R.N. / Besser, K. / Elias, L. / Eborall, W. / Malyon, G.P. / Payne, C.M. / Himmel, M.E. / Schnorr, K. / Beckham, G.T. / Cragg, S.M. / ...著者: Kern, M. / McGeehan, J.E. / Streeter, S.D. / Martin, R.N. / Besser, K. / Elias, L. / Eborall, W. / Malyon, G.P. / Payne, C.M. / Himmel, M.E. / Schnorr, K. / Beckham, G.T. / Cragg, S.M. / Bruce, N.C. / McQueen-Mason, S.J.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Molecular insight into lignocellulose digestion by a marine isopod in the absence of gut microbes.
著者: King, A.J. / Cragg, S.M. / Li, Y. / Dymond, J. / Guille, M.J. / Bowles, D.J. / Bruce, N.C. / Graham, I.A. / McQueen-Mason, S.J.
履歴
登録2012年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH7 family protein
B: GH7 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,07910
ポリマ－93,0722
非ポリマー1,0078
水22,7171261
1
A: GH7 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1617
ポリマ－46,5361
非ポリマー6256
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GH7 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9183
ポリマ－46,5361
非ポリマー3822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.260, 54.190, 72.450
Angle α, β, γ (deg.)94.260, 96.020, 94.990
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 GH7 family protein


分子量: 46535.949 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 19-448 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Limnoria quadripunctata (甲殻類) / 遺伝子: GH7B / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌)
参照: UniProt: D4HRL0, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellobiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.48 % / Mosaicity: 1.15 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Sodium Acetate, 15% w/v PEG 6000, 0.5M CaCl2, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月6日
放射モノクロメーター: Si(111)Dual Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→71.795 Å / Num. all: 96748 / Num. obs: 96748 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.693.10.7210.5951.242611138910.40.7210.5952.291.9
1.69-1.793.30.4870.4081.743321131970.2630.4870.4083.292.4
1.79-1.913.40.3320.2792.442682125580.1770.3320.2794.592.9
1.91-2.073.20.2170.182.837489116770.1190.2170.186.293.2
2.07-2.263.20.1530.1275.234300107870.0850.1530.127893.8
2.26-2.533.50.1210.1026.83415098060.0640.1210.1029.894.3
2.53-2.923.20.1020.08482777886650.0560.1020.08411.294.3
2.92-3.583.20.0790.0669.42364973210.0430.0790.06614.294.5
3.58-5.063.40.070.05910.41947656550.0370.070.05917.194.5
5.06-39.9053.40.0740.0629.31069831910.040.0740.06215.597

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å39.9 Å
Translation2.5 Å39.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GWA

4gwa


解像度: 1.6→39.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.1896 / WRfactor Rwork: 0.1436 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9038 / SU B: 1.611 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.0872 / SU Rfree: 0.0932 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1906 4846 5 %RANDOM
Rwork0.1444 ---
obs0.1467 96745 93.43 %-
all-98248 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 112.59 Å2 / Biso mean: 14.5747 Å2 / Biso min: 3.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6514 0 59 1261 7834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.026844
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0091.9429361
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9453.00513499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.635898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.34825.833336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.388151001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0121518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.21003
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.028092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021546
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 333 -
Rwork0.246 6693 -
all-7026 -
obs--91.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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