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万見
- PDB-4hac: Crystal Structure of the Mevalonate Kinase from an Archaeon Metha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hac
タイトルCrystal Structure of the Mevalonate Kinase from an Archaeon Methanosarcina mazei
要素(Mevalonate kinase) x 2
キーワードTRANSFERASE / GHMP / ATP binding / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


mevalonate kinase / mevalonate kinase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mevalonate kinase, archaeal / Mevalonate kinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily ...Mevalonate kinase, archaeal / Mevalonate kinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Zhuang, N. / Lee, K.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of mevalonate kinase from Methanosarcina mazei.
著者: Zhuang, N. / Seo, K.H. / Chen, C. / Zhou, J. / Kim, S.W. / Lee, K.H.
履歴
登録2012年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mevalonate kinase
B: Mevalonate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6984
ポリマ－67,6492
非ポリマー492
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area25730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.295, 135.359, 45.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Mevalonate kinase


分子量: 33801.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌)
株: ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88
遺伝子: MM_1762, MVK / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8PW39, mevalonate kinase
#2: タンパク質 Mevalonate kinase


分子量: 33847.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌)
株: ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88
遺伝子: MM_1762, MVK / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8PW39, mevalonate kinase
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 3350, MgCl2, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / タイプ: OTHER / 波長: 0.97947,0.97954,0.97179
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979471
20.979541
30.971791
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 47072 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.111 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.91-1.945.90.70916881.207172.2
1.94-1.986.70.55123221.189198.4
1.98-2.026.80.48923451.205198.7
2.02-2.066.80.41223631.183199.6
2.06-2.16.80.32723731.183199.6
2.1-2.156.80.26223471.1591100
2.15-2.26.90.2323781.138199.8
2.2-2.266.90.20523851.134199.9
2.26-2.336.90.16923791.1331100
2.33-2.4170.14524001.1161100
2.41-2.4970.12923641.1581100
2.49-2.5970.11323871.112199.9
2.59-2.7170.10324251.1671100
2.71-2.857.10.0923931.1381100
2.85-3.037.10.08324091.0351100
3.03-3.277.20.08124450.964199.8
3.27-3.597.10.08424000.988199.6
3.59-4.1170.08824170.958198.6
4.11-5.186.60.07523770.968195.6
5.18-506.50.07424751.156194.1

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.92→40.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 9.964 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2628 2370 5 %RANDOM
Rwork0.2111 ---
obs0.2137 47017 98.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.41 Å2 / Biso mean: 41.5819 Å2 / Biso min: 21.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→40.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4537 0 2 166 4705
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0224604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.951.9846235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5975620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.94424.383162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.06115791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.411526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.21.53052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.05224898
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.38531552
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4324.51336
LS精密化 シェル解像度: 1.915→1.965 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 165 -
Rwork0.337 3123 -
all-3288 -
obs--96.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8448-0.07340.64140.03470.00110.15560.1031-0.1588-0.0841-0.0334-0.0535-0.0290.0056-0.0509-0.04960.07780.0002-0.0070.14670.04240.085-1.0392-15.858820.5236
21.15670.14890.20720.122-0.12180.260.09110.0594-0.1744-0.0031-0.03070.00520.01790.0428-0.06040.13150.0336-0.04920.0818-0.03190.0898-48.1263-17.527412.4104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2B-6 - 301
3X-RAY DIFFRACTION2B601
4X-RAY DIFFRACTION2B701 - 811

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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