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- PDB-4h9z: Structure of Geobacillus kaustophilus lactonase, mutant E101N wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h9z
タイトルStructure of Geobacillus kaustophilus lactonase, mutant E101N with Mn2+
要素Phosphotriesterase
キーワードHYDROLASE / (beta/alpha)8 barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素 / catabolic process / hydrolase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Phosphotriesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Xue, B. / Chow, J.Y. / Yew, W.S. / Robinson, R.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2013
タイトル: Structural evidence of a productive active site architecture for an evolved quorum-quenching GKL lactonase.
著者: Xue, B. / Chow, J.Y. / Baldansuren, A. / Yap, L.L. / Gan, Y.H. / Dikanov, S.A. / Robinson, R.C. / Yew, W.S.
履歴
登録2012年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphotriesterase
B: Phosphotriesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9516
ポリマ-73,7302
非ポリマー2224
34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area23240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.226, 127.817, 51.515
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.320, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'A' and (resseq 3:99 or resseq 108:144 or resseq...A0
211chain 'B' and (resseq 3:99 or resseq 108:144 or resseq...B0

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.094171, -3.45656), (-4.96797, -1.7219), (-0.995556, 4.66318)
ベクター: 46.515301, -66.782402, 51.036598)

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要素

#1: タンパク質 Phosphotriesterase


分子量: 36864.914 Da / 分子数: 2 / 変異: E101N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
: HTA426 / 遺伝子: GK1506 / プラスミド: pET-15b, modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5KZU5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Fe
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: sitting-drop vapor diffusion / pH: 7.5
詳細: 100 mM Tris, pH 7.5, 20% (w/v) PEG 4000, 10% (v/v) glycerol, 0.1 mM MnCl2, sitting-drop vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1.311 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.311 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 22514 / Num. obs: 22514 / % possible obs: 76.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.341.30.3161881.035112.6
2.34-2.381.50.2512541.008117.5
2.38-2.431.70.3073620.783124.5
2.43-2.4820.2485260.782135.5
2.48-2.532.10.2396600.916145.6
2.53-2.592.30.2348550.902157.5
2.59-2.652.40.2159950.934167.6
2.65-2.732.60.22411990.973180.4
2.73-2.812.80.20612810.972189
2.81-2.92.90.19214260.969195.4
2.9-33.10.15414790.965199.3
3-3.123.30.1514431.021199.2
3.12-3.263.30.12214801.02199.7
3.26-3.433.40.11714921.058199.3
3.43-3.653.40.1114761.068199.5
3.65-3.933.40.10114631.07199.7
3.93-4.333.40.10214781.027199.5
4.33-4.953.40.10514691.059199.5
4.95-6.233.30.09614790.87199.3
6.23-303.50.11115091.17199.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 33.27 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å27.14 Å
Translation3.5 Å27.14 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→19.933 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2462 929 5.15 %random
Rwork0.1833 ---
all0.1866 18030 --
obs0.1866 18030 89.03 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 17.525 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 109.47 Å2 / Biso mean: 37.5968 Å2 / Biso min: 2.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6444 Å20 Å2-3.3332 Å2
2---0.7115 Å20 Å2
3----2.3168 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.933 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5084 0 4 19 5107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095202
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1627040
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076758
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005930
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5391928
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2333X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.022
12B2333X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.022
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.73680.2954830.2361520160356
2.7368-2.90770.36941060.23962089219576
2.9077-3.13150.29181410.20992543268493
3.1315-3.44510.27341460.19342747289399
3.4451-3.94030.21051430.15927322875100
3.9403-4.95180.19031640.14592705286999
4.9518-19.93340.24811460.19052765291199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0860.01120.09930.0738-0.00580.120.02330.13610.0361-0.0424-0.01920.0191-0.0243-0.08360.00430.05290.2091-0.08440.49260.04720.0642.7096-23.90087.2787
20.12790.0823-0.05850.19190.08630.14310.06940.02010.1158-0.03960.01980.1252-0.1834-0.12310.07630.03650.2635-0.042-0.21890.01710.073324.5248-23.092719.613
30.043-0.0688-0.05640.10940.09020.074-0.0045-0.02740.01730.03840.00060.0226-0.0336-0.0360.00550.140.04320.0850.1249-0.12410.185917.994-20.214729.5596
40.0225-0.0063-0.00810.0250.0030.00280.0174-0.02770.08590.00760.0051-0.008-0.0598-0.0250.00790.39170.27570.0650.1892-0.14620.435711.6445-11.315419.3752
50.81670.2124-0.09370.32030.47820.9621-0.03380.15750.1745-0.0164-0.07040.0294-0.1853-0.2677-0.17580.00370.114-0.10180.14680.06150.106715.5582-24.219614.6923
60.03010.01060.02810.0271-0.01980.0646-0.0077-0.03820.00740.02790.01170.0111-0.0238-0.0222-0.07260.20290.09040.15020.3286-0.04290.14186.7052-22.112222.398
70.26760.03070.26260.09120.16280.5812-0.0762-0.05250.0971-0.0661-0.10220.045-0.1012-0.1594-0.54550.12220.1690.06990.136-0.10750.058622.3709-29.778312.1043
80.0606-0.01650.01670.0042-0.00490.0045-0.06410.09390.0233-0.0022-0.0339-0.0289-0.01130.0197-0.03070.06970.09260.01070.4207-0.03730.314931.6037-45.800310.6873
90.0125-0.0289-0.00610.06120.01180.0267-0.00920.0293-0.05-0.02030.0029-0.02120.0429-0.03280.09250.0557-0.03920.21670.0161-0.1364-0.072618.7432-42.47317.8355
100.2331-0.03280.25240.20870.06070.3196-0.0026-0.1527-0.0220.0734-0.01690.0450.0272-0.15340.1141-0.1615-0.01190.11860.0620.0498-0.128615.4808-32.72310.9733
110.01520.010.0260.00560.01580.0441-0.01850.0144-0.0108-0.0312-0.0047-0.04470.01210.0466-0.05130.0314-0.00720.05160.16510.09430.045335.1461-32.0428-0.0624
120.153-0.0712-0.28870.35510.26790.9390.00780.0842-0.0142-0.0527-0.08330.07740.0619-0.2486-0.20440.11050.06370.00180.0806-0.1024-0.08420.1709-36.8730.8944
131.00510.10520.56650.26880.51921.1266-0.09180.35450.2297-0.1027-0.0074-0.0332-0.35190.0631-0.35280.05570.0349-0.13980.14650.344-0.418625.2959-24.4721-4.5647
140.24550.0525-0.13070.23120.16060.24450.0243-0.01050.04780.15670.0207-0.0613-0.0620.06050.66670.27310.1038-0.18890.31030.18010.050525.6862-17.0409-0.591
150.0351-0.0233-0.01780.01580.01190.0091-0.02660.00890.0306-0.01660.0074-0.0314-0.01510.0230.00830.7410.0250.02370.26980.24410.557128.8938-6.7627-0.9593
160.01120.00820.00310.01770.03440.09530.01140.07610.0478-0.06330.01650.0378-0.0798-0.01660.19840.45250.1363-0.28180.40430.27960.271618.3529-12.0298-9.042
170.3633-0.4683-0.13360.7961-0.0610.3248-0.04680.00290.2048-0.06970.0237-0.2156-0.30030.03120.18510.34740.0976-0.0866-0.0574-0.02160.116528.3191-14.678918.1206
180.0425-0.07050.0020.1109-0.00860.03150.02360.01620.0982-0.00390.04190.0949-0.084-0.01850.11590.64080.1547-0.00960.04290.03870.549622.4775-5.39089.3845
190.002-0.0024-0.0010.0046-0.00230.00590.0049-0.01490.0093-0.0392-0.0170.0188-0.0168-0.0754-0.00010.8240.17810.04670.52180.29020.630213.4787-1.2278-5.4286
200.8958-0.15630.58520.1462-0.12680.5144-0.10130.1240.2585-0.0062-0.0495-0.0679-0.1315-0.0254-0.1570.16770.2542-0.05530.49090.15740.18899.3665-15.9269-1.8728
210.05810.0543-0.00710.0772-0.00940.00160.0132-0.0937-0.03680.0275-0.0001-0.01390.03170.0670.35340.0737-0.0142-0.06250.55920.25390.082439.4368-42.88547.7403
220.21510.3064-0.08250.57620.06240.2555-0.076-0.1208-0.23520.1881-0.1205-0.14060.17110.0548-0.65630.12180.05880.0303-0.2210.2557-0.024629.2183-43.689924.8445
230.03130.0507-0.01580.093-0.03420.0143-0.01240.0009-0.03410.00860.01010.04190.0222-0.01780.02220.35-0.18540.00040.27250.09790.281918.6995-46.565730.4187
240.0030.0087-0.0010.02830.010.02350.0032-0.0378-0.06750.0138-0.0118-0.02490.093-0.0180.03180.305-0.12230.09790.14950.26480.317428.235-55.465637.7021
250.86140.3537-0.28560.26950.08620.42020.0411-0.2263-0.19760.0361-0.0585-0.04520.15230.1262-0.21630.07350.0996-0.10120.09630.11050.002933.2698-42.562834.2458
260.3162-0.0308-0.14260.01750.07290.2975-0.0374-0.0237-0.05680.00530.00180.01120.062-0.0312-0.02980.0426-0.03240.07650.34520.09740.061324.7622-44.666542.3379
270.16220.0299-0.08960.3146-0.02140.11450.0772-0.1092-0.0713-0.0875-0.0341-0.03870.03420.00920.3570.0769-0.09450.19420.12220.13060.050736.4871-37.033827.7192
280.0081-0.0108-0.02060.0541-0.02840.12560.00280.0009-0.0031-0.03360.00640.00740.04570.08440.05320.2911-0.11380.03180.42520.1050.1438.7673-20.982418.6433
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380.039-0.05080.03060.0812-0.05430.0357-0.0478-0.0088-0.08780.11380.03410.07240.14770.0081-0.03960.49910.062-0.03530.11870.19590.711139.1545-61.400927.8719
390.08050.0873-0.02720.1014-0.01860.0291-0.0229-0.03890.01450.0340.02190.00570.0002-0.0115-0.00580.57360.2662-0.01930.44570.18720.841553.1026-65.552638.2125
400.0623-0.01580.11920.1064-0.04180.36220.1281-0.0428-0.10090.0099-0.0043-0.00380.28470.06470.04010.18370.0935-0.06090.41030.25230.161149.1709-50.854941.9692
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:19)A3 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 20:41)A20 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 42:47)A42 - 47
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 48:61)A48 - 61
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 62:81)A62 - 81
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 82:87)A82 - 87
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 88:109)A88 - 109
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 110:114)A110 - 114
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 115:131)A115 - 131
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 132:149)A132 - 149
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 150:155)A150 - 155
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 156:175)A156 - 175
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 176:217)A176 - 217
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 218:240)A218 - 240
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 241:248)A241 - 248
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 249:262)A249 - 262
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 263:282)A263 - 282
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 283:302)A283 - 302
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 303:310)A303 - 310
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 311:325)A311 - 325
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 3:19)B3 - 19
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 20:41)B20 - 41
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 42:47)B42 - 47
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 48:61)B48 - 61
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 62:81)B62 - 81
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 82:87)B82 - 87
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 88:109)B88 - 109
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 110:114)B110 - 114
29X-RAY DIFFRACTION29(chain B and resid 115:131)B115 - 131
30X-RAY DIFFRACTION30(chain B and resid 132:149)B132 - 149
31X-RAY DIFFRACTION31(chain B and resid 150:155)B150 - 155
32X-RAY DIFFRACTION32(chain B and resid 156:175)B156 - 175
33X-RAY DIFFRACTION33(chain B and resid 176:217)B176 - 217
34X-RAY DIFFRACTION34(chain B and resid 218:240)B218 - 240
35X-RAY DIFFRACTION35(chain B and resid 241:248)B241 - 248
36X-RAY DIFFRACTION36(chain B and resid 249:262)B249 - 262
37X-RAY DIFFRACTION37(chain B and resid 263:282)B263 - 282
38X-RAY DIFFRACTION38(chain B and resid 283:302)B283 - 302
39X-RAY DIFFRACTION39(chain B and resid 303:310)B303 - 310
40X-RAY DIFFRACTION40(chain B and resid 311:325)B311 - 325

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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