PDB-4h9y: Structure of Geobacillus kaustophilus lactonase, mutant E101N wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h9y

タイトル

Structure of Geobacillus kaustophilus lactonase, mutant E101N with Zn2+

要素

Phosphotriesterase

キーワード

HYDROLASE / (beta/alpha)8 barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素 / catabolic process / hydrolase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus kaustophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.085 Å

データ登録者

Xue, B. / Chow, J.Y. / Yew, W.S. / Robinson, R.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural evidence of a productive active site architecture for an evolved quorum-quenching GKL lactonase.
著者: Xue, B. / Chow, J.Y. / Baldansuren, A. / Yap, L.L. / Gan, Y.H. / Dikanov, S.A. / Robinson, R.C. / Yew, W.S.

履歴

登録	2012年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月22日	Group: Database references
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h9y.cif.gz	272.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h9y.ent.gz	220.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h9y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4h9y_validation.pdf.gz	436.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4h9y_full_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示
XML形式データ	4h9y_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	4h9y_validation.cif.gz	39.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/4h9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/4h9y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4h9tC 4h9uC 4h9vC 4h9xC 4h9zC 4ha0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jsu-d 3ood-1 3ojg-1 4h9z-d 3f4d-d 3c86-2 3tn3-d 6jst-1 4wvx-d 3a3w-1 3tnb-d 4h9t-d 2r1k-2 4kez-1 4xay-d 2d2h-1 3wml-1 2r1n-2 4h9u-d 6gbk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase

B: Phosphotriesterase

ヘテロ分子

74 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.473, 128.507, 51.497
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.800, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain 'A' and (resseq 3:99 or resseq 108:144 or resseq...	A	0
2	1	1	chain 'B' and (resseq 3:99 or resseq 108:144 or resseq...	B	0

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.100895, -0.000352, -0.994897), (0.000144, -1, 0.000368), (-0.994897, -0.00018, -0.100895)
ベクター: -0.010659, 68.299599, -0.005513)

#1: タンパク質	Phosphotriesterase 分子量: 36864.914 Da / 分子数: 2 / 変異: E101N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 株: HTA426 / 遺伝子: GK1506 / プラスミド: pET-15b, modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q5KZU5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: sitting-drop vapor diffusion / pH: 7.5 詳細: 100 mM Tris, pH 7.5, 20% (w/v) PEG 4000, 10% (v/v) glycerol, 0.1 mM ZnCl2, sitting-drop vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月2日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.08→50 Å / Num. all: 38866 / Num. obs: 38866 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.021 / Χ²: 0.86 / Net I/σ(I): 32

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.08-2.12	3.2	0.166	1581	0.88	1	79.4
2.12-2.15	3.5	0.134	1873	0.9	1	93.1
2.15-2.2	3.6	0.119	1913	0.904	1	97.2
2.2-2.24	3.7	0.108	1936	0.959	1	96.8
2.24-2.29	3.7	0.091	1917	0.925	1	97.6
2.29-2.34	3.8	0.079	2002	0.887	1	98.8
2.34-2.4	3.8	0.066	1919	0.937	1	98.3
2.4-2.47	3.8	0.057	1991	0.935	1	98.7
2.47-2.54	3.8	0.049	1962	0.939	1	99.7
2.54-2.62	3.8	0.041	1970	0.919	1	99.2
2.62-2.71	3.8	0.036	2006	0.885	1	99.2
2.71-2.82	3.8	0.029	1958	0.846	1	99.2
2.82-2.95	3.8	0.026	1950	0.839	1	99.4
2.95-3.11	3.8	0.022	1989	0.788	1	99.5
3.11-3.3	3.8	0.021	1987	0.861	1	99.3
3.3-3.56	3.8	0.019	1988	0.785	1	99.6
3.56-3.91	3.7	0.019	1996	0.867	1	99.4
3.91-4.48	3.7	0.02	1990	1.077	1	99.6
4.48-5.64	3.6	0.016	2009	0.609	1	99.2
5.64-50	3.7	0.014	1929	0.469	1	94.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 38.64 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	28.51 Å
Translation	3.5 Å	28.51 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.085→19.761 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.92 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2273	1928	5.02 %	random
R_work	0.1895	-	-	-
all	0.1915	38376	-	-
obs	0.1915	38376	96.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.147 Å² / k_sol: 0.366 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.5 Å² / B_iso mean: 37.6615 Å² / B_iso min: 9.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.241 Å²	-0 Å²	0.6383 Å²
2-	-	-4.2759 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.2925 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.085→19.761 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5024	0	6	245	5275

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5140
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.162	6952
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	752
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	912
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.93	1906

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2333	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.014
1	2	B	2333	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.014

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0847-2.1368	0.2577	111	0.2163	2177	2288	80
2.1368-2.1945	0.2412	128	0.2019	2423	2551	92
2.1945-2.2589	0.2552	149	0.2026	2626	2775	97
2.2589-2.3318	0.2973	121	0.2007	2608	2729	98
2.3318-2.415	0.2529	124	0.1823	2648	2772	99
2.415-2.5115	0.2167	147	0.1806	2642	2789	99
2.5115-2.6255	0.2141	137	0.1836	2679	2816	99
2.6255-2.7636	0.2605	121	0.2	2679	2800	99
2.7636-2.9362	0.2833	144	0.2185	2674	2818	100
2.9362-3.1621	0.2304	162	0.2002	2645	2807	99
3.1621-3.4787	0.2259	147	0.1916	2670	2817	100
3.4787-3.9785	0.2012	143	0.1788	2685	2828	100
3.9785-4.9991	0.1733	149	0.1613	2671	2820	100
4.9991-19.7615	0.2422	145	0.1964	2621	2766	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5164	-0.2514	-0.1008	3.273	0.6124	2.0766	-0.0746	-0.2169	-0.0505	0.4935	0.0172	-0.2358	0.039	0.291	0.0446	0.2217	0.0242	-0.0058	0.5264	0.1631	0.1791	16.6222	25.2384	22.2459
2	0.7956	-0.4039	0.6706	0.8189	-0.5757	1.4136	-0.0532	-0.1397	-0.1946	0.0914	-0.005	-0.0392	0.0461	0.0263	-0.2572	0.2245	0.0356	0.0288	0.0814	0.1118	0.1982	6.3382	23.8499	-0.6499
3	7.8354	0.1566	-1.4892	6.1204	-4.9329	4.9128	0.0371	0.0601	-0.1768	-0.0509	0.0468	0.4007	0.3236	-0.3849	-0.0892	0.2773	-0.1491	0.1038	0.3452	0.0742	0.4255	-4.2987	20.8298	4.5799
4	1.0255	-1.1516	0.6336	1.8629	-1.0575	1.2616	0.0255	-0.1302	-0.201	-0.0088	0.0489	0.1308	0.135	-0.0809	-0.1401	0.4297	-0.0855	0.0759	0.264	0.1961	0.4324	5.4847	12.0961	12.4102
5	0.6244	0.2938	-0.3313	0.711	-0.1908	0.5457	-0.0762	-0.2049	-0.2096	-0.0013	-0.0036	-0.0556	0.1	0.0934	-0.1003	0.1713	0.0454	0.0256	0.162	0.1075	0.1263	10.1585	25.0381	8.7553
6	2.4195	-1.147	-1.606	7.4685	-0.9561	5.3185	-0.1095	0.0492	-0.1705	0.0936	0.1441	0.3815	0.2266	-0.5434	-0.0106	0.2159	-0.0006	0.1307	0.4167	0.105	0.2583	1.7933	22.8601	16.8654
7	1.0972	-0.1527	0.2032	1.3705	0.001	0.6753	0.015	-0.0285	-0.0798	-0.1215	-0.0636	-0.1195	0.2733	0.0622	0.0933	0.1425	0.0284	0.0478	0.2093	0.0858	0.1662	12.9056	30.5264	4.2217
8	2.6179	-2.0996	-1.6587	2.6826	0.1894	2.3543	0.0582	0.4122	0.0377	-0.3981	-0.0953	-0.2068	0.007	0.282	0.0198	0.5112	-0.1369	0.0433	0.413	0.0252	0.464	15.5742	46.743	-7.4214
9	2.2052	0.6195	-0.7972	1.9614	-0.4189	2.4351	-0.0322	-0.102	0.2471	0.0745	0.027	-0.0576	-0.2639	0.1064	0.0105	0.1223	-0.0473	0.0299	0.1978	-0.0666	0.1842	17.3217	43.2676	5.7902
10	2.1989	-0.1919	-1.1944	0.3588	-0.1456	0.8301	0.0455	-0.1878	-0.0198	0.0413	-0.0338	-0.02	-0.0577	-0.0517	0.0179	0.0707	0.0282	0.0101	0.305	0.0234	0.0971	13.833	33.5746	8.9778
11	3.8139	-2.7345	-0.5709	2.9253	1.9033	3.3434	0.0742	0.3402	0.1387	-0.8033	0.0732	-0.3815	-0.2579	0.1664	-0.0973	0.2801	0.0981	0.0233	0.3458	0.0285	0.2239	26.7901	32.5681	-9.645
12	2.5147	0.3534	-0.2081	1.0166	-0.5269	1.3206	0.0032	-0.2553	0.1513	0.0954	-0.0712	-0.0195	-0.1097	0.1209	0.0554	0.0496	-0.0285	-0.0182	0.2691	-0.0405	0.1535	24.3532	37.7571	5.0701
13	1.1713	0.4155	0.1981	0.6633	0.1997	1.0515	0.0293	-0.0502	-0.3338	0.0063	-0.0348	-0.076	0.1569	0.2355	-0.1474	0.0831	0.1039	-0.0215	0.3171	0.0685	0.2674	30.2857	25.2705	0.6901
14	0.9425	0.1204	0.0241	1.164	0.5641	0.368	-0.0157	0.1246	-0.0205	-0.1003	-0.1439	0.1766	0.0375	0.1445	-0.1016	0.1772	0.122	0.0215	0.2973	0.1507	0.3724	26.3396	17.6909	0.255
15	2.0318	0.2637	1.9386	2.1456	-0.0933	1.9061	0.0834	0.1162	-0.2819	-0.0516	0.014	-0.1285	0.2739	0.2262	-0.0941	0.4671	0.1674	0.1767	0.2924	0.0419	0.6754	27.2618	7.3157	-2.4439
16	0.5641	-0.3053	0.076	0.6819	0.235	0.1578	0.0914	0.0102	-0.1239	0.0719	0.0252	-0.0967	0.1789	0.0942	-0.0563	0.3323	0.1898	-0.0216	0.4314	0.2024	0.5009	34.1529	12.9004	8.3573
17	1.9765	-0.4666	0.5491	0.3559	-0.4506	0.5722	-0.0658	0.117	-0.4598	-0.2257	-0.0272	-0.088	0.2824	0.1421	-0.0405	0.3844	-0.0028	0.075	0.1148	0.0258	0.4507	8.2129	15.1552	-4.0986
18	0.3997	-0.3676	0.2437	1.3492	-0.4291	0.4649	0.0809	-0.0228	-0.1803	-0.066	-0.0394	0.0238	0.2794	0.0382	-0.0855	0.4916	0.0241	0.0578	0.15	0.0808	0.6076	16.4246	6.0114	2.8968
19	0.9792	-0.9515	-0.7168	4.6791	2.4961	1.4862	0.0027	-0.1016	-0.1329	0.1378	0.0356	0.0659	0.1324	-0.0061	-0.0687	0.605	0.226	-0.1213	0.4654	0.2119	0.6922	30.169	2.3379	13.3328
20	0.6473	-0.3919	0.3468	1.0203	-0.1724	0.9413	0.0149	-0.0727	-0.1008	0.2094	0.0304	-0.1042	0.2154	0.0848	-0.0649	0.2586	0.108	0.0074	0.5079	0.2579	0.3517	26.2156	17.1586	16.6177
21	2.1916	0.7029	0.0093	3.5167	-0.1626	0.6157	0.0474	0.3103	0.0226	-0.3086	0.0285	0.5087	-0.0428	-0.2066	-0.0683	0.1896	0.1585	-0.0189	0.506	0.0419	0.2424	-20.4671	43.0504	-18.8078
22	1.3459	-0.635	0.882	0.7368	-0.5047	1.124	0.0199	-0.0341	0.0392	-0.0373	0.0733	0.1006	-0.1798	-0.1767	0.1257	0.1812	0.1004	0.0226	0.0812	0.0555	0.2165	1.2732	44.4473	-6.2682
23	5.1301	-5.0813	-1.8705	6.2642	-0.2962	7.3437	-0.1126	-0.3994	0.2989	0.4174	0.0557	-0.0238	-0.1886	0.0078	0.0483	0.385	0.0778	0.1165	0.3342	-0.1314	0.277	-5.0034	47.4707	3.7833
24	1.1778	-0.9704	0.6537	1.8979	-1.2988	1.193	-0.083	-0.0855	0.1237	0.1395	0.0523	0.0119	-0.2157	-0.1385	0.0037	0.4154	0.1969	0.0634	0.254	-0.0691	0.4084	-11.8048	56.1974	-6.74
25	0.5726	-0.2312	-0.2266	1.1095	0.2397	0.4556	0.0383	0.0611	0.128	-0.0257	0.0503	0.0138	-0.2141	-0.2216	-0.0033	0.1375	0.1025	0.0259	0.1686	0.0514	0.1964	-7.6973	43.2557	-11.0167
26	5.2417	-0.4085	-1.268	7.1909	-1.8269	2.1194	-0.0457	-0.5629	0.2774	0.3776	0.1451	0.0896	-0.1727	-0.0005	-0.1153	0.2152	0.1047	0.1112	0.4168	-0.0225	0.2509	-16.6138	45.4345	-3.5153
27	0.7185	0.025	0.2063	1.534	-0.0443	1.0215	0.0444	0.0865	0.2601	-0.0895	-0.0852	-0.0899	-0.0664	-0.0568	0.0134	0.1434	0.0805	0.0539	0.2157	0.042	0.1394	-2.9123	37.7796	-13.2946
28	2.4061	0.1811	-2.9454	2.6364	-2.7237	9.7176	-0.0042	0.2341	-0.0116	-0.1816	-0.0841	-0.421	0.0346	0.4397	0.0833	0.4677	0.0328	0.065	0.4267	-0.0913	0.5306	8.9464	21.5529	-14.7635
29	2.5532	-0.4009	-0.7387	1.9625	0.6261	2.1853	0.0226	0.1058	-0.2417	-0.0922	0.0612	0.0607	0.27	-0.0844	-0.0559	0.1774	-0.0608	0.0309	0.2022	-0.0456	0.1344	-4.0194	25.0259	-17.8395
30	1.0287	-0.1609	-1.2816	0.3229	-0.0671	1.8344	-0.0226	-0.032	-0.0763	-0.0026	-0.0732	0.0405	-0.0023	-0.1631	0.0005	0.0889	0.0191	0.0106	0.3186	0.016	0.0736	-7.5431	34.7175	-14.6885
31	3.196	1.8142	-0.6647	9.058	-3.2147	3.3446	-0.1171	0.1493	-0.2925	-0.2883	0.046	-0.8604	0.112	0.3746	0.0109	0.1953	0.0116	0.0361	0.3326	0.0851	0.2597	12.2875	35.7251	-25.7072
32	2.8625	-0.8547	-0.2679	1.8873	0.2845	2.7776	0.0362	0.1758	-0.2025	-0.0521	-0.0808	0.1097	0.1521	-0.2306	-0.0208	0.1797	-0.0304	-0.0014	0.2702	-0.0359	0.0502	-2.5948	30.5344	-24.7603
33	1.0491	0.0508	0.1638	1.1312	0.1234	1.5796	0.0371	0.2611	0.1705	-0.0654	-0.0392	-0.0284	-0.3659	-0.0235	0.0729	0.2538	0.0668	0.01	0.3175	0.1138	0.0826	2.3566	43.0178	-30.2289
34	0.2482	0.5568	0.0271	1.5561	0.514	1.2329	0.0786	0.0997	0.0653	0.2341	-0.012	-0.0104	-0.0134	0.1307	0.1344	0.3645	0.1326	0.0356	0.2794	0.1294	0.1815	2.3927	50.5878	-26.2614
35	1.4781	-0.1731	1.7776	1.9868	0.1843	2.216	-0.0842	0.2123	0.2527	-0.1186	0.0158	-0.0539	-0.2991	0.1304	0.0871	0.5645	0.0022	0.1393	0.266	0.1686	0.4259	5.1702	60.9743	-26.9095
36	0.1449	0.2649	0.0283	0.7346	-0.3338	0.5993	-0.0916	0.0952	0.1372	-0.1089	0.0027	0.0375	-0.148	0.0246	0.0442	0.4473	0.1779	0.0073	0.4049	0.2129	0.3048	-4.8806	55.385	-34.8536
37	0.5088	-0.493	0.3838	0.4777	-0.3634	1.7014	0.0085	0.0885	0.251	-0.0215	0.0335	-0.2924	-0.4392	0.0791	0.0172	0.3936	0.0292	0.0608	0.0891	0.0063	0.3613	4.9005	53.1467	-7.7878
38	0.3775	-0.3934	0.2492	1.4114	-0.4027	0.4396	-0.0898	0.0276	0.2894	0.0388	-0.0462	-0.0539	-0.1745	-0.0157	0.1051	0.5479	0.0752	0.0548	0.1373	0.0349	0.4698	-1.213	62.2596	-16.6497
39	1.0403	2.0108	-0.6437	4.6113	-0.7553	0.7282	-0.0679	-0.0084	0.1366	0.0057	0.0508	0.1417	-0.1342	-0.0953	0.0344	0.6645	0.1627	-0.0837	0.4175	0.2327	0.5261	-10.2341	65.948	-31.3942
40	0.8566	-0.104	0.3665	1.0016	-0.3139	0.6275	-0.0743	0.0886	0.2282	-0.0976	0.0188	0.1631	-0.1232	-0.0607	0.0615	0.3197	0.2421	0.0059	0.5115	0.1232	0.2425	-13.8985	51.127	-27.7873

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:19)	A	3 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 20:41)	A	20 - 41
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 42:47)	A	42 - 47
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 48:61)	A	48 - 61
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 62:81)	A	62 - 81
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 82:87)	A	82 - 87
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 88:109)	A	88 - 109
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 110:114)	A	110 - 114
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 115:131)	A	115 - 131
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 132:149)	A	132 - 149
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 150:155)	A	150 - 155
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 156:175)	A	156 - 175
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 176:217)	A	176 - 217
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 218:240)	A	218 - 240
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 241:248)	A	241 - 248
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 249:262)	A	249 - 262
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 263:282)	A	263 - 282
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 283:302)	A	283 - 302
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 303:310)	A	303 - 310
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 311:325)	A	311 - 325
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 3:19)	B	3 - 19
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 20:41)	B	20 - 41
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 42:47)	B	42 - 47
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 48:61)	B	48 - 61
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 62:81)	B	62 - 81
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 82:87)	B	82 - 87
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 88:109)	B	88 - 109
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 110:114)	B	110 - 114
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 115:131)	B	115 - 131
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 132:149)	B	132 - 149
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 150:155)	B	150 - 155
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 156:175)	B	156 - 175
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 176:217)	B	176 - 217
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 218:240)	B	218 - 240
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 241:248)	B	241 - 248
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 249:262)	B	249 - 262
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 263:282)	B	263 - 282
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 283:302)	B	283 - 302
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 303:310)	B	303 - 310
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 311:325)	B	311 - 325

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)