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- PDB-4h9q: Complex structure 4 of DAXX(E225A)/H3.3(sub5)/H4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h9q
タイトルComplex structure 4 of DAXX(E225A)/H3.3(sub5)/H4
要素
  • Death domain-associated protein 6
  • Histone H3.3
  • Histone H4
キーワードDNA BINDING PROTEIN/APOPTOSIS / histone chaperone / DNA BINDING PROTEIN-APOPTOSIS complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to diamide / Defective Inhibition of DNA Recombination at Telomere Due to DAXX Mutations / Defective Inhibition of DNA Recombination at Telomere Due to ATRX Mutations / SUMO-modified protein reader activity / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / cellular response to sodium arsenite / negative regulation of chromosome condensation / Barr body / regulation of centromere complex assembly / muscle cell differentiation ...cellular response to diamide / Defective Inhibition of DNA Recombination at Telomere Due to DAXX Mutations / Defective Inhibition of DNA Recombination at Telomere Due to ATRX Mutations / SUMO-modified protein reader activity / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / cellular response to sodium arsenite / negative regulation of chromosome condensation / Barr body / regulation of centromere complex assembly / muscle cell differentiation / pericentric heterochromatin formation / inner kinetochore / transcription regulator inhibitor activity / oocyte maturation / nuclear androgen receptor binding / nucleus organization / protein kinase activator activity / androgen receptor signaling pathway / regulation of protein ubiquitination / chromosome, centromeric region / spermatid development / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / subtelomeric heterochromatin formation / single fertilization / negative regulation of megakaryocyte differentiation / positive regulation of protein kinase activity / cellular response to unfolded protein / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / JNK cascade / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / nucleosomal DNA binding / cellular response to copper ion / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / heat shock protein binding / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / cellular response to cadmium ion / telomere organization / embryo implantation / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of transcription cofactors / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / molecular condensate scaffold activity / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / multicellular organism growth / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / PKMTs methylate histone lysines / PML body / Meiotic recombination / RMTs methylate histone arginines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / osteoblast differentiation / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / transcription corepressor activity / male gonad development / nucleosome / Regulation of TP53 Degradation / nucleosome assembly / p53 binding / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / cellular response to heat / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Processing of DNA double-strand break ends / histone binding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / positive regulation of cell growth / regulation of gene expression / regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #2170 / Daxx, N-terminal Rassf1C-interacting domain / Daxx, N-terminal domain superfamily / Daxx, histone-binding domain / Daxx, histone-binding domain superfamily / Daxx N-terminal Rassf1C-interacting domain / Death domain-associated protein 6, histone binding domain / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #2170 / Daxx, N-terminal Rassf1C-interacting domain / Daxx, N-terminal domain superfamily / Daxx, histone-binding domain / Daxx, histone-binding domain superfamily / Daxx N-terminal Rassf1C-interacting domain / Death domain-associated protein 6, histone binding domain / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Histone H4 / Histone H3.3 / Death domain-associated protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Elsasser, S.J. / Huang, H. / Lewis, P.W. / Chin, J.W. / Allis, D.C. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: DAXX chaperone envelops an H3.3/H4 dimer dictating H3.3-specific read out
著者: Elsasser, S.J. / Huang, H. / Lewis, P.W. / Chin, J.W. / Allis, D.C. / Patel, D.J.
履歴
登録2012年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3.3
B: Histone H4
C: Death domain-associated protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,04312
ポリマ－51,1883
非ポリマー8559
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14960 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area18930 Å2
手法PISA
2
A: Histone H3.3
B: Histone H4
C: Death domain-associated protein 6
ヘテロ分子

A: Histone H3.3
B: Histone H4
C: Death domain-associated protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,08624
ポリマ－102,3776
非ポリマー1,70918
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area31400 Å2
ΔGint-262 kcal/mol
Surface area36380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.522, 107.522, 90.463
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Histone H3.3


分子量: 15257.816 Da / 分子数: 1 / 変異: S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H3F3A, H3.3A, H3F3, PP781, H3F3B, H3.3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84243
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 11263.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, ...遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62805
#3: タンパク質 Death domain-associated protein 6 / Daxx / hDaxx / ETS1-associated protein 1 / EAP1 / Fas death domain-associated protein


分子量: 24667.293 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 178-389 / 変異: E48C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DAXX, BING2, DAP6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UER7
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.8 M Na/K-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 39075 / Num. obs: 39075 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→38.873 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / σ(I): 8.7 / 位相誤差: 23.07 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2209 1947 4.99 %RANDOM
Rwork0.1909 ---
all0.2209 39075 --
obs0.1924 38989 99.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.687 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.5676 Å20 Å20 Å2
2---6.5676 Å20 Å2
3---13.1351 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→38.873 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3095 0 45 215 3355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073174
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9654277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8631227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067476
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004552
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.00010.34351320.25662590X-RAY DIFFRACTION100
2.0001-2.05420.25061300.21712623X-RAY DIFFRACTION100
2.0542-2.11460.27151620.19352565X-RAY DIFFRACTION100
2.1146-2.18290.2021220.19942649X-RAY DIFFRACTION100
2.1829-2.26090.2851360.19852601X-RAY DIFFRACTION100
2.2609-2.35140.20611320.20442627X-RAY DIFFRACTION100
2.3514-2.45840.21071350.19162642X-RAY DIFFRACTION100
2.4584-2.5880.23291450.19942629X-RAY DIFFRACTION100
2.588-2.75010.20931400.20552635X-RAY DIFFRACTION100
2.7501-2.96230.25921470.20712639X-RAY DIFFRACTION100
2.9623-3.26030.27181330.2042673X-RAY DIFFRACTION100
3.2603-3.73170.19371540.18052669X-RAY DIFFRACTION100
3.7317-4.70030.19041280.15572730X-RAY DIFFRACTION100
4.7003-38.8730.20721510.19852770X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.90932.5754-3.16694.5954-2.50167.4431-0.09410.35510.5646-0.17640.0085-0.1379-0.44140.06220.14030.2040.0177-0.04820.31130.03350.378423.6442-28.36493.6185
24.34391.3367-1.08128.6273-1.81734.87870.1728-0.4518-0.46950.4771-0.1783-0.26470.3465-0.26620.02410.2498-0.0242-0.05360.39030.09910.273522.2725-50.252519.3123
37.89365.5331-4.97524.4637-4.4214.3211-0.053-1.0605-1.4852-0.805-0.7282-1.09961.73970.40560.67050.45070.04750.03040.54090.13460.713924.6898-57.262410.7334
46.9499-5.1086-2.29725.60262.31142.2159-0.0428-0.02260.20860.0063-0.1081-0.1626-0.2122-0.09730.09110.23460.0196-0.05120.32080.00070.230211.332-38.258414.88
52.878-1.69781.29693.8256-0.47540.4995-0.3877-0.8480.11720.82690.27440.70670.20640.23430.12080.43970.19340.04380.6301-0.14030.3863-1.1371-28.118928.3117
69.4322-2.20850.90525.6948-0.48637.3245-0.1841-0.2743-0.47970.10830.15970.6979-0.111-0.50780.07790.24320.0836-0.01410.445-0.02590.3979-2.8449-39.797221.008
74.21342.3656-4.19773.7158-2.6634.0418-0.3260.112-0.9130.0292-0.54780.03660.19610.37480.82350.4277-0.0098-0.15790.59150.01470.615817.2721-42.006435.4184
85.3150.17261.58785.4322-2.06662.2278-0.03-1.01580.78970.9866-0.022-0.3648-0.55760.22580.08140.370.0665-0.09160.5309-0.1380.319411.6523-31.107325.6647
93.3809-1.5261-0.51484.59973.3876.8239-0.1554-0.4991-0.27490.37370.0941-0.01270.27140.05890.00460.15820.0022-0.01420.27810.08080.211312.1017-49.691216.9953
107.2589-2.0294-0.00496.86351.10733.1120.12270.164-0.1674-0.2395-0.1887-0.3370.05740.16750.06910.18330.01140.01450.23270.01680.148213.0456-48.62553.523
112.77633.4282-1.16257.037-2.71512.9261-0.2130.086-0.2236-0.3124-0.0135-0.54860.02980.35810.26890.1439-0.00020.00890.42180.01550.348234.8632-36.82444.3926
124.26540.63490.20763.4218-4.15484.3668-0.3432-0.08490.3070.82690.2303-0.6353-0.5698-0.02810.19620.2447-0.0256-0.04620.34680.02240.422831.9498-29.68758.3325
133.7644-1.1105-0.99150.04240.34961.35810.0550.11851.412-0.1025-0.0688-0.488-0.4192-0.15930.00050.34170.0414-0.05330.35350.05660.670110.1362-17.61645.3408
146.0258-2.4296-1.43921.58670.98541.6016-0.0046-0.381.6138-0.1752-0.0826-0.9234-0.2580.20280.13620.2920.0585-0.05160.3772-0.11560.80175.5426-16.470313.8039
151.1281-1.9386-1.03556.6267-0.09721.9528-0.1531-1.04591.08390.4599-0.5667-1.1505-0.55190.49570.21350.31640.0486-0.24370.3945-0.44080.8719-2.1973-10.098521.5604
169.0031-7.2917-5.03437.76975.07413.2907-0.0241-0.12360.4545-0.0138-0.14440.2236-0.114-0.21920.24640.25730.0264-0.08680.3706-0.08560.4208-1.1447-23.568413.2272
173.01711.58560.82573.33640.86361.8049-0.09570.1805-0.0088-0.4647-0.1143-0.13340.09850.25360.19220.32330.03910.00830.32890.04030.270214.5121-46.1233-3.0554
181.7168-2.6546-2.28456.28724.06632.5734-0.2337-0.4733-0.39040.606-0.36450.67890.6194-0.59410.58950.202-0.02980.01380.39730.04090.24652.749-52.99318.4727
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 37:63)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 64:78)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 79:85)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 86:109)
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7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 20:30)
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10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 76:102)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resseq 182:220)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resseq 221:242)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resseq 243:264)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resseq 265:285)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resseq 286:305)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resseq 306:333)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resseq 334:354)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resseq 355:386)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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