PDB-4h8f: Crystal structure of a parallel 4-helix coiled coil CC-Hex-II- 22

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h8f

タイトル

Crystal structure of a parallel 4-helix coiled coil CC-Hex-II- 22

要素

CC-Hex-II-Phi22

キーワード

DE NOVO PROTEIN / CC-Hex related / synthetic coiled coil peptide / N-terminal acetylation / C-terminal amidation

機能・相同性

TERTIARY-BUTYL ALCOHOL

機能・相同性情報

生物種

Synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Chi, B. / Zaccai, N.R. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc.
タイトル: TBA
著者: Chi, B. / Zaccai, N.R. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2012年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_struct_special_symmetry / software / struct_conn Item: _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h8f.cif.gz	24.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h8f.ent.gz	16.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/4h8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/4h8f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3r46S 3r3k 3r4a 3r4h 4h7r 4h8g 4h8l 4h8m 4h8o S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6x8n-2 6w6x-2 1w5h-1 1yo7-2 1w5i-1 6w70-1 1rb4-d 1w5g-1 1ij3-d 2a26-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CC-Hex-II-Phi22

B: CC-Hex-II-Phi22

ヘテロ分子

7.28 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CC-Hex-II-Phi22

B: CC-Hex-II-Phi22

ヘテロ分子

A: CC-Hex-II-Phi22

B: CC-Hex-II-Phi22

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.670, 46.670, 94.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-101- TBU
2	1	B-202- HOH
3	1	B-228- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Hex-II-Phi22 分子量: 3484.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Standard F-moc peptide synthesis / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL 分子量: 74.122 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25 % tert-butanol and 100 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Diamond	I24	1	0.97
シンクロトロン	Diamond	I24	2	1.7

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
PSI PILATUS 6M	1	PIXEL	2011年8月22日
PSI PILATUS 6M	2	PIXEL	2011年8月22日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97	1
2	1.7	1

反射

解像度: 1.88→46.7 Å / Num. all: 9046 / Num. obs: 8847

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3R46

3r46

解像度: 1.88→46.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 2.713 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24324	422	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2072	-	-	-
obs	0.20878	8372	97.57 %	-
all	-	8847	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.497 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.59 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→46.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	478	0	21	72	571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	497
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.241	2.056	663
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.061	5	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.322	28.571	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.552	15	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.767	1.5	324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.811	2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.127	3	173
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.72	4.5	164
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	25	-
R_work	0.396	449	-
obs	-	-	74.88 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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