登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h7u |
---|
タイトル | Crystal structure of pyranose dehydrogenase from Agaricus meleagris, wildtype |
---|
要素 | Pyranose dehydrogenase |
---|
キーワード | OXIDOREDUCTASE / pyranose dehydrogenase / flavin adduct / GMC-oxidoreductase family / glycoprotein / Rossmann fold/FAD-linked reductases/Alpha and beta proteins (a+b) / FAD binding / Flavin C(4a) oxygen adduct / Secreted |
---|
機能・相同性 | 機能・相同性情報
pyranose dehydrogenase (acceptor) / pyranose dehydrogenase (acceptor) activity / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region類似検索 - 分子機能 Glucose Oxidase; domain 3 / Glucose Oxidase, domain 3 / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich ...Glucose Oxidase; domain 3 / Glucose Oxidase, domain 3 / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 Chem-FED / PHOSPHATE ION / Pyranose dehydrogenase 1類似検索 - 構成要素 |
---|
生物種 | Leucoagaricus meleagris (菌類) |
---|
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å |
---|
データ登録者 | Tan, T.C. / Spadiut, O. / Divne, C. |
---|
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: The 1.6 A crystal structure of pyranose dehydrogenase from Agaricus meleagris rationalizes substrate specificity and reveals a flavin intermediate. 著者: Tan, T.C. / Spadiut, O. / Wongnate, T. / Sucharitakul, J. / Krondorfer, I. / Sygmund, C. / Haltrich, D. / Chaiyen, P. / Peterbauer, C.K. / Divne, C. |
---|
履歴 | 登録 | 2012年9月20日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
---|
改定 1.0 | 2013年8月7日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
---|
改定 1.1 | 2017年11月15日 | Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name |
---|
改定 2.0 | 2020年7月29日 | Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation |
---|
改定 2.1 | 2023年9月20日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession |
---|
|
---|