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万見
- PDB-4h6j: Identification of Cys 255 in HIF-1 as a novel site for developmen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h6j
タイトルIdentification of Cys 255 in HIF-1 as a novel site for development of covalent inhibitors of HIF-1 /ARNT PasB domain protein-protein interaction.
要素
  • ARYL HYDROCARBON NUCLEAR TRANSLOCATOR
  • HYPOXIA INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA
キーワードTRANSCRIPTION / PAS DOMAIN / HETERODIMER / HYPOXIA INDUCIBLE FACTOR / TRANSCRIPTION FACTOR / ARNT
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / elastin metabolic process / glandular epithelial cell maturation / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of transforming growth factor beta2 production / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing ...epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / elastin metabolic process / glandular epithelial cell maturation / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of transforming growth factor beta2 production / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / cardiac ventricle morphogenesis / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / hemoglobin biosynthetic process / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / mesenchymal cell apoptotic process / positive regulation of mitophagy / retina vasculature development in camera-type eye / Cellular response to hypoxia / intestinal epithelial cell maturation / aryl hydrocarbon receptor complex / negative regulation of growth / regulation of protein neddylation / collagen metabolic process / PTK6 Expression / intracellular oxygen homeostasis / negative regulation of bone mineralization / B-1 B cell homeostasis / positive regulation of protein sumoylation / vascular endothelial growth factor production / transcription regulator activator activity / dopaminergic neuron differentiation / Xenobiotics / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / lactate metabolic process / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Phase I - Functionalization of compounds / negative regulation of thymocyte apoptotic process / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / motile cilium / positive regulation of signaling receptor activity / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of TOR signaling / response to iron ion / response to muscle activity / neural crest cell migration / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / regulation of glycolytic process / embryonic hemopoiesis / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / PTK6 promotes HIF1A stabilization / regulation of aerobic respiration / digestive tract morphogenesis / muscle cell cellular homeostasis / positive regulation of neuroblast proliferation / axonal transport of mitochondrion / positive regulation of epithelial cell migration / bone mineralization / heart looping / outflow tract morphogenesis / E-box binding / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / neuroblast proliferation / TOR signaling / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / embryonic placenta development / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition / cellular response to interleukin-1 / Endogenous sterols / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chondrocyte differentiation / positive regulation of chemokine production / axon cytoplasm / positive regulation of endothelial cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / lactation / positive regulation of glycolytic process / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / response to reactive oxygen species / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Hsp90 protein binding / euchromatin / visual learning / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / PPARA activates gene expression / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / cerebral cortex development / cellular response to virus / transcription coactivator binding / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response
類似検索 - 分子機能
Hypoxia-inducible factor-1 alpha / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / PAS fold-3 / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif ...Hypoxia-inducible factor-1 alpha / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / PAS fold-3 / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Cardoso, R. / Love, R.A. / Nilsson, C. / Bergqvist, S. / Nowlin, D. / Yan, J. / Liu, K. / Zhu, J. / Chen, P. / Deng, Y.-L. ...Cardoso, R. / Love, R.A. / Nilsson, C. / Bergqvist, S. / Nowlin, D. / Yan, J. / Liu, K. / Zhu, J. / Chen, P. / Deng, Y.-L. / Dyson, H.J. / Greig, M.J. / Brooun, A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Identification of Cys255 in HIF-1 alpha as a novel site for development of covalent inhibitors of HIF-1 alpha /ARNT PasB domain protein-protein interaction.
著者: Cardoso, R. / Love, R. / Nilsson, C.L. / Bergqvist, S. / Nowlin, D. / Yan, J. / Liu, K.K. / Zhu, J. / Chen, P. / Deng, Y.L. / Dyson, H.J. / Greig, M.J. / Brooun, A.
履歴
登録2012年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOXIA INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA
B: ARYL HYDROCARBON NUCLEAR TRANSLOCATOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6922
ポリマ－26,6922
非ポリマー00
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.841, 44.940, 78.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-576-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HYPOXIA INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA


分子量: 13051.650 Da / 分子数: 1 / 断片: PAS-B DOMAIN, UNP residues 238-348 / 変異: R245E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF-1 alpha / プラスミド: pCECC-N1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (AI) / 参照: UniProt: Q16665
#2: タンパク質 ARYL HYDROCARBON NUCLEAR TRANSLOCATOR


分子量: 13640.396 Da / 分子数: 1 / 断片: PAS-B DOMAIN, UNP residues 357-470 / 変異: E362R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARNT / プラスミド: pCECC-N1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (AI) / 参照: UniProt: P27540
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月10日
放射モノクロメーター: CUSTOM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→38.8 Å / Num. all: 35783 / Num. obs: 35783 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 1.52→1.6 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 4270 / Rsym value: 0.43 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
CNX2005精密化
PROCESSデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.52→38.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1013880.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1776 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.216 35782 93.7 %-
all-35782 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.4093 Å2 / ksol: 0.395887 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.86 Å20 Å23.77 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----2.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→38.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1783 0 0 154 1937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.58
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.112.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 213 5.3 %
Rwork0.289 3806 -
obs--63.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paraprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paradna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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