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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h6c | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Allene Oxide Cyclase 1 from Physcomitrella patens | ||||||
![]() | Allene oxide cyclase | ||||||
![]() | ISOMERASE / B-barrel / Oxylipins / fatty acid / metabolites / allene-oxide cyclase activity | ||||||
機能・相同性 | ![]() allene-oxide cyclase / allene-oxide cyclase activity / jasmonic acid biosynthetic process / chloroplast 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Neumann, P. / Ficner, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Physcomitrella patens AOC1 and AOC2: Insights into the Enzyme Mechanism and Differences in Substrate Specificity. 著者: Neumann, P. / Brodhun, F. / Sauer, K. / Herrfurth, C. / Hamberg, M. / Brinkmann, J. / Scholz, J. / Dickmanns, A. / Feussner, I. / Ficner, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 946.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 792.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 565.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 590.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 105.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 155.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21094.898 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GST N-terminal fusion / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-HEZ / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: Hampton Magic Screen condition no. 49 containing 20 % (w/v) PEG 8000, 0.1 M Na3PO4, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月22日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE, / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.35→19.8 Å / Num. all: 446841 / Num. obs: 446841 / % possible obs: 82.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 22.825 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.023 / Net I/σ(I): 15.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2DIO 解像度: 1.35→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / WRfactor Rfree: 0.1748 / WRfactor Rwork: 0.1372 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.05 / FOM work R set: 0.8749 / SU R Cruickshank DPI: 0.0567 / SU Rfree: 0.0548 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: MEDIUM NCS RESTRAINS HAVE BEEN USED AT THE EARLY STAGES OF REFINEMENT AND HAVE BEEN RELEASED FOR VARIABLE PARTS OF THE AOCS MONOMERS WHERE APPROPRIATE. THE FINAL REFINEMENT STEPS HAVE BEEN ...詳細: MEDIUM NCS RESTRAINS HAVE BEEN USED AT THE EARLY STAGES OF REFINEMENT AND HAVE BEEN RELEASED FOR VARIABLE PARTS OF THE AOCS MONOMERS WHERE APPROPRIATE. THE FINAL REFINEMENT STEPS HAVE BEEN APPLIED WITHOUT ANY NCS RESTRAINTS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.65 Å2 / Biso mean: 27.2248 Å2 / Biso min: 8.04 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→19.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
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