PDB-4h6a: Crystal Structure of the Allene Oxide Cyclase 2 from Physcomitrel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h6a

タイトル

Crystal Structure of the Allene Oxide Cyclase 2 from Physcomitrella patens

要素

Allene oxide cyclase

キーワード

ISOMERASE / B-barrel / Oxylipins / fatty acid / metabolites / allene-oxide cyclase activity

機能・相同性

機能・相同性情報

allene-oxide cyclase / allene-oxide cyclase activity / jasmonic acid biosynthetic process / chloroplast
類似検索 - 分子機能

生物種

Physcomitrella patens subsp. patens (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Neumann, P. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Physcomitrella patens AOC1 and AOC2: Insights into the Enzyme Mechanism and Differences in Substrate Specificity.
著者: Neumann, P. / Brodhun, F. / Sauer, K. / Herrfurth, C. / Hamberg, M. / Brinkmann, J. / Scholz, J. / Dickmanns, A. / Feussner, I. / Ficner, R.

履歴

登録	2012年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月12日	Group: Database references
改定 1.2	2019年9月4日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h6a.cif.gz	440.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h6a.ent.gz	365.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h6a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4h6a_validation.pdf.gz	522.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4h6a_full_validation.pdf.gz	542.5 KB	表示
XML形式データ	4h6a_validation.xml.gz	48.3 KB	表示
CIF形式データ	4h6a_validation.cif.gz	67.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/4h6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/4h6a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4h69C 4h6bC 4h6cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h69-1 4h69-2 4jx1-2 4jx1-3 1zj8-1 5gxg-d 4jx1-4 4w6v-d 4jwu-1 2zpn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Allene oxide cyclase

B: Allene oxide cyclase

C: Allene oxide cyclase

D: Allene oxide cyclase

E: Allene oxide cyclase

F: Allene oxide cyclase

ヘテロ分子

127 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Allene oxide cyclase

B: Allene oxide cyclase

D: Allene oxide cyclase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Allene oxide cyclase

E: Allene oxide cyclase

F: Allene oxide cyclase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.589, 115.396, 87.027
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.580, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Allene oxide cyclase 分子量: 20964.643 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GST-N-terminal fusion 由来: (組換発現) Physcomitrella patens subsp. patens (植物) 遺伝子: aoc2, PHYPADRAFT_158446 / プラスミド: pGEX-6-P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9RB27, allene-oxide cyclase

#1: タンパク質

Allene oxide cyclase

分子量: 20964.643 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GST-N-terminal fusion
由来: (組換発現)

Physcomitrella patens subsp. patens (植物)
遺伝子: aoc2, PHYPADRAFT_158446 / プラスミド: pGEX-6-P-1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9RB27, allene-oxide cyclase

-
非ポリマー , 5種, 647分子

#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12 % to 14 % (w/v) PEG 4000, 0.25 M (NH4)2SO4, 10 % (w/v) isopropanol and 0.1 M HEPES-KOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月22日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: GRAPHITE, / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→19.5 Å / Num. all: 92382 / Num. obs: 92382 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 36.63 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 21.11

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.98-2.09		0.502	3.24	53267	13246	99.9
2.09-2.2		0.367	4.41	47232	11738	99.8
2.2-2.3		0.261	6.04	33793	8391	99.8
2.3-2.79		0.142	10.63	104752	25923	99.8
2.79-3.23		0.053	25.16	47635	11771	99.9
3.23-3.67		0.03	40.63	27280	6777	99.9
3.67-4.11		0.022	54.51	16814	4222	99.8
4.11-4.55		0.016	68.54	10884	2744	100
4.55-10		0.015	70.81	27485	6990	99.8
10-20		0.013	77.71	2033	580	88.5
20-30
	30

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AOC1 from Physcomytrella patens

解像度: 1.95→19.449 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.46 / FOM work R set: 0.8293 / SU ML: 0.57 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / σ(I): -3 / 位相誤差: 24.45 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: MEDIUM NCS RESTRAINS HAVE BEEN USED AT THE EARLY STAGES OF REFINEMENT AND HAVE BEEN RELEASED FOR VARIABLE PARTS OF THE AOCS MONOMERS WHERE APPROPRIATE. THE FINAL REFINEMENT STEPS HAVE BEEN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2308	4838	5 %	thin shells (NCS)
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.2015	-	99.77 %	-
all	-	96747	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 57.876 Å² / k_sol: 0.371 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 136.35 Å² / B_iso mean: 39.2908 Å² / B_iso min: 15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.763 Å²	-0 Å²	-7.3053 Å²
2-	-	-3.3121 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.4509 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.449 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8457	0	65	635	9157

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8727
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.794	11824
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1280
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1546
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.934	3182

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.95-1.9722	0.3402	163	0.3115	3077	3240	100
1.9722-1.9953	0.3212	161	0.2799	3070	3231	100
1.9953-2.0196	0.2871	161	0.2597	3050	3211	100
2.0196-2.0452	0.3066	161	0.2618	3064	3225	100
2.0452-2.0721	0.3047	161	0.259	3053	3214	100
2.0721-2.1004	0.2578	161	0.2355	3063	3224	100
2.1004-2.1304	0.2433	161	0.2323	3057	3218	100
2.1304-2.1621	0.2727	161	0.2464	3049	3210	100
2.1621-2.1959	0.31	160	0.2371	3057	3217	100
2.1959-2.2318	0.2796	162	0.2186	3076	3238	100
2.2318-2.2703	0.2365	161	0.2201	3045	3206	100
2.2703-2.3115	0.2855	160	0.2174	3038	3198	100
2.3115-2.3559	0.2359	161	0.2185	3058	3219	100
2.3559-2.4039	0.2677	162	0.2088	3076	3238	100
2.4039-2.456	0.2735	159	0.2228	3028	3187	100
2.456-2.5131	0.2702	162	0.232	3079	3241	100
2.5131-2.5758	0.2641	161	0.2315	3047	3208	100
2.5758-2.6453	0.2669	161	0.2233	3061	3222	100
2.6453-2.7229	0.2854	162	0.2212	3094	3256	100
2.7229-2.8105	0.2403	161	0.1999	3051	3212	100
2.8105-2.9107	0.251	160	0.1987	3039	3199	100
2.9107-3.0268	0.2539	163	0.2001	3085	3248	100
3.0268-3.164	0.2111	160	0.1947	3049	3209	100
3.164-3.33	0.2283	161	0.1982	3066	3227	100
3.33-3.5375	0.2306	164	0.1964	3101	3265	100
3.5375-3.8087	0.2233	161	0.1895	3055	3216	100
3.8087-4.1886	0.1978	163	0.1624	3097	3260	100
4.1886-4.7868	0.1624	161	0.1441	3076	3237	100
4.7868-6.0013	0.1796	162	0.1754	3092	3254	100
6.0013-19.4496	0.2111	161	0.2027	3056	3217	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5316	-0.6276	0.3188	1.6953	-0.1619	2.4885	0.0248	-0.013	-0.0036	0.0098	0.0474	-0.0066	-0.1891	-0.1612	-0.0309	0.0942	0.0397	0.0234	0.1018	-0.0058	0.1077	28.2734	-0.0175	31.942
2	1.1992	-0.3886	0.0417	2.3086	-0.3992	1.8579	0.0657	-0.0565	-0.0281	-0.2247	0.0021	0.0437	0.1474	0.0153	-0.0583	0.1287	0.0134	0.0086	0.1713	-0.0053	0.1728	36.7594	-24.0052	39.3778
3	1.678	0.0074	-0.9433	2.1294	0.0218	1.8066	0.0378	-0.0081	-0.0151	0.1762	-0.0194	0.056	-0.1364	0.0835	0.0605	0.0894	0.0828	-0.0192	0.0118	-0.0503	0.078	53.8715	-41.0726	13.0809
4	2.0443	-0.5455	-0.006	2.4136	-0.7681	1.9487	-0.104	-0.3615	-0.186	0.2815	0.3231	0.3135	-0.1422	-0.4939	0.0031	0.118	0.074	0.101	0.3903	0.1234	0.2003	16.8806	-11.5672	52.0804
5	2.1213	0.8585	-0.2092	1.1434	0.8985	2.1686	-0.0389	0.1231	-0.1513	-0.0004	0.1741	-0.1263	0.3229	0.228	-0.0136	0.1849	0.1022	-0.0527	0.0102	-0.0643	0.0704	59.7788	-59.5656	-5.4772
6	1.7138	0.0934	-0.3792	2.1017	-0.0753	2.3277	0.0051	0.0649	0.261	-0.1759	0.0925	-0.1789	-0.3635	0.467	0.0182	0.2189	-0.1084	-0.0042	0.2158	-0.0555	0.1983	73.6369	-37.372	-4.8546

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	-5 - 188
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	-5 - 188
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	-5 - 188
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	-5 - 188
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E	E	-4 - 188
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F	F	-4 - 188

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-
非ポリマー , 5種, 647分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-非ポリマー , 5種, 647分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-
非ポリマー , 5種, 647分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)