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- PDB-4h63: Structure of the Schizosaccharomyces pombe Mediator head module -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h63
タイトルStructure of the Schizosaccharomyces pombe Mediator head module
要素(Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ...) x 6
キーワードTRANSCRIPTION / MEDIATOR COMPLEX / NUCLEUS
機能・相同性
機能・相同性情報


core mediator complex / mediator complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1710 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #120 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2600 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2610 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2620 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2630 / Helix Hairpins - #3490 / Single helix bin / Mediator complex, subunit Med6, fungi / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1710 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #120 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2600 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2610 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2620 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2630 / Helix Hairpins - #3490 / Single helix bin / Mediator complex, subunit Med6, fungi / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Mediator complex, subunit Med6 / Mediator complex, subunit Med17 / Mediator complex, subunit Med6 superfamily / MED6 mediator sub complex component / Subunit 17 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex, subunit Med8, fungi/metazoa / Mediator complex, subunit Med11 / Surfeit locus protein 5 subunit 22 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription complex subunit 8 / Mediator complex protein / Mediator complex, subunit Med18 / Med18 protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Special / Helix Hairpins / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lariviere, L. / Plaschka, C. / Seizl, M. / Wenzeck, L. / Kurth, F. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure of the Mediator head module.
著者: Lariviere, L. / Plaschka, C. / Seizl, M. / Wenzeck, L. / Kurth, F. / Cramer, P.
履歴
登録2012年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references
改定 1.22013年1月2日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
H: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
K: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
Q: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
R: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
V: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,5266
ポリマ－150,5266
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33130 Å2
ΔGint-253 kcal/mol
Surface area53260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.600, 145.600, 241.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

-
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ... , 6種, 6分子 FHKQRV

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 / Mediator complex subunit 6 / RNA polymerase II mediator complex protein pmc5


分子量: 21163.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972h / 遺伝子: med6, pmc5, SPAC1002.15c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9US45
#2: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Cell separation protein sep15 / Mediator complex subunit 8


分子量: 23360.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972h / 遺伝子: med8, sep15, SPBC21.04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: O94646
#3: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 / Mediator complex subunit 11


分子量: 12644.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972h / 遺伝子: med11, SPAC644.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9P6Q0
#4: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator complex subunit 17 / Suppressor of RNA polymerase B 4 homolog


分子量: 53877.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972h / 遺伝子: med17, SPBC31F10.04c, srb4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P87306
#5: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Cell separation protein sep11 / Mediator complex subunit 18 / RNA polymerase II mediator complex protein pmc6


分子量: 24214.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972h / 遺伝子: med18, pmc6, sep11, SPAC5D6.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: O14198
#6: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex subunit 22 / Suppressor of RNA polymerase B 6 homolog


分子量: 15264.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972h / 遺伝子: med22, SPAC29A4.07, srb6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: O14010

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50 mM MES, 1 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99977 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→126.093 Å / Num. all: 41454 / Num. obs: 41454 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 82.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 15.16
反射 シェル解像度: 3.4→3.49 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.04124 / Mean I/σ(I) obs: 0.64 / Num. unique all: 3007 / Rsym value: 0.04124 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
SHARP位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.4→126.093 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9154 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9116 / SU R Cruickshank DPI: 1.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2579 2100 5.07 %RANDOM
Rwork0.2319 ---
all0.2332 41453 --
obs0.2332 41453 99.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 165.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.3829 Å20 Å20 Å2
2--7.3829 Å20 Å2
3----14.7659 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.139 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→126.093 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9254 0 0 0 9254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0099445HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1312785HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.5
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3219 152 5.06 %
Rwork0.2719 2849 -
all0.2746 3001 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3415-0.62380.42343.3348-2.57233.2465-0.0911-0.0560.12570.14090.09030.10790.15230.10110.00090.09930.35730.06850.0495-0.0305-0.117451.549432.18292.005
20.3242-0.2492-0.96151.313-1.88572.34470.0013-0.11080.23520.04250.0697-0.0575-0.01640.2234-0.071-0.04090.26080.11120.0627-0.08390.043855.13751.698166.1434
30.578-0.41470.75121.23-0.91861.7849-0.0330.12810.0041-0.08960.0924-0.05590.07580.1898-0.05950.11570.1833-0.0199-0.1220.1556-0.000143.639562.939336.52
40.7627-1.04350.85041.5807-1.40821.0704-0.08280.07810.1087-0.18380.031-0.00020.08620.25520.05180.30390.0834-0.0908-0.10260.12220.099521.872287.622839.5767
5-0.90840.5245-2.63760.9084-1.928900.0150.01120.0545-0.0408-0.0041-0.0472-0.01680.0362-0.0109-0.11880.0050.0258-0.17940.0885-0.036255.6492105.964831.5041
60.6044-1.40980.62383.2169-1.0140.9043-0.19740.1581-0.1124-0.03430.1914-0.09770.15060.28290.00610.00520.18570.0289-0.07610.1839-0.01440.138469.30740.7575
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ F|10 - F|158 }F10 - 158
2X-RAY DIFFRACTION2{ H|3 - H|200 }H3 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3{ K|15 - K|112 }K15 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4{ Q|99 - Q|537 }Q99 - 537
5X-RAY DIFFRACTION5{ R|1 - R|207 }R1 - 207
6X-RAY DIFFRACTION6{ V|5 - V|121 }V5 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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