PDB-4h5g: Crystal structure of an amino acid ABC transporter substrate-bind...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h5g

タイトル

Crystal structure of an amino acid ABC transporter substrate-binding protein from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A bound to L-arginine, form 2

要素

Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES (CSGID) / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / ALPHA AND BETA PROTEIN / PERIPLASMIC BINDING PROTEIN TYPE II FOLD / putative amino acid ABC transporter system substrate binding protein / amino acids / L-arginine / putative membrane-anchored lipoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

ligand-gated monoatomic ion channel activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Minasov, G. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of an amino acid ABC transporter substrate-binding protein from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A bound to L-arginine, form 2
著者: Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Minasov, G. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2012年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Other
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h5g.cif.gz	202.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h5g.ent.gz	163.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h5g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4h5g_validation.pdf.gz	501 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4h5g_full_validation.pdf.gz	505.3 KB	表示
XML形式データ	4h5g_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	4h5g_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/4h5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/4h5g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wdnS 4h5f S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4h5f-1 4fit-1 1i4o-2 5k3n-4 4qm0-1 5ufr-2 5ntk-2 2f5x-3 5k3m-1 2j9o-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP91966

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein

B: Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein

ヘテロ分子

53.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.600, 183.940, 62.024
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-407- HOH
2	1	B-401- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein 分子量: 26175.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: Canada MDR_19A / 遺伝子: HMPREF0837_11153, SpneCM_010100001092 / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D6ZRZ2

#1: タンパク質

Amino acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein

分子量: 26175.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: Canada MDR_19A / 遺伝子: HMPREF0837_11153, SpneCM_010100001092 / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D6ZRZ2

-
非ポリマー , 7種, 434分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	THE ELECTRON DENSITY CLEARLY SUPPORTS HISTIDINE AT POSITION 136 RATHER THAN ARGININE. HOWEVER, NO ...THE ELECTRON DENSITY CLEARLY SUPPORTS HISTIDINE AT POSITION 136 RATHER THAN ARGININE. HOWEVER, NO SUITABLE SEQUENCE IN THE GENOME DATABASES WAS FOUND. HIS 136 IS ASSUMED TO BE A SEQUENCE MUTATION IN THE GENE WE WORKED WITH, RELATIVE TO THE DATABASE SEQUENCE D6ZRZ2.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, PEG 2K MME 30% (w/v), 2% tacsimate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年7月1日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→91.97 Å / Num. obs: 54996 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 1.78→1.88 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 61601 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WDN

1wdn

解像度: 1.78→91.97 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: random / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1859	2672	5.06 %	throughout
R_work	0.1556	-	-	-
obs	0.1572	54973	99.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→91.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3624	0	91	419	4134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3874
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.167	5231
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.471	1465
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	614
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	687

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.8002	0.247	82	0.2292	3301	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8002-1.8214	0.2882	83	0.2243	3406	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8214-1.8436	0.2376	90	0.2077	3343	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8436-1.867	0.2217	89	0.2022	3382	X-RAY DIFFRACTION	100
1.867-1.8915	0.2246	88	0.1962	3279	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8915-1.9174	0.2154	93	0.1844	3313	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9174-1.9448	0.2064	97	0.1891	3328	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9448-1.9739	0.2243	89	0.19	3323	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9739-2.0047	0.2498	100	0.1764	3337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0047-2.0376	0.2105	92	0.1671	3309	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0376-2.0727	0.2225	96	0.1689	3359	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0727-2.1104	0.1703	81	0.1492	3350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1104-2.151	0.1684	86	0.1539	3326	X-RAY DIFFRACTION	100
2.151-2.1949	0.1925	87	0.1538	3334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1949-2.2427	0.2106	103	0.1479	3372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2427-2.2948	0.1866	95	0.1569	3349	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2948-2.3522	0.2049	78	0.1529	3300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3522-2.4158	0.1938	72	0.1591	3380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4158-2.4869	0.1879	78	0.1512	3394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4869-2.5672	0.1736	101	0.142	3292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5672-2.659	0.1816	87	0.15	3363	X-RAY DIFFRACTION	100
2.659-2.7654	0.1652	79	0.1509	3339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7654-2.8913	0.1696	97	0.1561	3320	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8913-3.0437	0.2203	102	0.1523	3315	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0437-3.2344	0.1976	95	0.1542	3331	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2344-3.4842	0.1785	79	0.1399	3366	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4842-3.8348	0.1507	86	0.1341	3348	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8348-4.3897	0.1399	98	0.1223	3330	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3897-5.5305	0.1562	89	0.1398	3340	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5305-92.093	0.1894	86	0.1828	3345	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9231	2.255	1.5235	2.1212	1.2227	2.9119	0.1743	-0.2721	-0.2425	0.2007	-0.1276	-0.2109	0.2565	0.0521	-0.0003	0.1575	0.021	-0.0017	0.1951	0.0323	0.1424	49.322	48.4039	35.9116
2	1.7679	0.9547	0.4037	1.726	0.4263	0.6844	-0.0363	-0.0162	0.0061	-0.1215	0.0028	0.1808	0.013	-0.1309	0.0448	0.1521	-0.0103	0.0035	0.196	0.0077	0.1305	30.6877	47.0603	26.5312
3	1.3551	0.2123	-0.1239	3.7453	1.6198	2.3451	-0.0218	0.0374	-0.0269	-0.002	-0.0147	-0.0461	0.0755	0.0082	0.0267	0.1219	0.0049	0.0098	0.181	0.0238	0.1075	48.3325	52.2645	25.5631
4	2.114	-0.4009	-0.9803	3.5861	0.2677	3.3479	-0.0623	0.0755	0.1021	-0.1751	0.1105	0.3249	0.0191	-0.0513	-0.0462	0.1621	-0.011	-0.0329	0.1175	-0.0005	0.203	26.2146	72.8782	-5.3011
5	1.705	-0.4524	0.0904	4.3076	-0.1622	2.3731	-0.1972	-0.4891	0.0239	1.4462	0.2766	0.3349	-0.1149	-0.2197	-0.055	0.5937	0.1031	0.1237	0.2885	-0.0032	0.2482	26.217	75.8396	15.4837

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 30:80 )	A	30 - 80
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 81:225 )	A	81 - 225
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 226:269 )	A	226 - 269
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 30:80 )	B	30 - 80
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 81:225 )	B	81 - 225

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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