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- PDB-4h56: Crystal structure of the Clostridium perfringens NetB toxin in th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h56
タイトルCrystal structure of the Clostridium perfringens NetB toxin in the membrane inserted form
要素Necrotic enteritis toxin B
キーワードTOXIN / Beta barrel / Pore forming toxin / Necrotic Enteritis / extracellular and membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


hemolysis in another organism / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Savva, C.G. / Fernandes da Costa, S.P. / Bokori-Brown, M. / Naylor, C. / Cole, A.R. / Moss, D.S. / Titball, R.W. / Basak, A.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Molecular Architecture and Functional Analysis of NetB, a Pore-forming Toxin from Clostridium perfringens.
著者: Savva, C.G. / Fernandes da Costa, S.P. / Bokori-Brown, M. / Naylor, C.E. / Cole, A.R. / Moss, D.S. / Titball, R.W. / Basak, A.K.
履歴
登録2012年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22013年3月6日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Necrotic enteritis toxin B
B: Necrotic enteritis toxin B
C: Necrotic enteritis toxin B
D: Necrotic enteritis toxin B
E: Necrotic enteritis toxin B
F: Necrotic enteritis toxin B
G: Necrotic enteritis toxin B
H: Necrotic enteritis toxin B
I: Necrotic enteritis toxin B
J: Necrotic enteritis toxin B
K: Necrotic enteritis toxin B
L: Necrotic enteritis toxin B
M: Necrotic enteritis toxin B
N: Necrotic enteritis toxin B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)469,11514
ポリマ－469,11514
非ポリマー00
水00
1
A: Necrotic enteritis toxin B
B: Necrotic enteritis toxin B
C: Necrotic enteritis toxin B
D: Necrotic enteritis toxin B
E: Necrotic enteritis toxin B
F: Necrotic enteritis toxin B
G: Necrotic enteritis toxin B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,5587
ポリマ－234,5587
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28980 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area75210 Å2
手法PISA
2
H: Necrotic enteritis toxin B
I: Necrotic enteritis toxin B
J: Necrotic enteritis toxin B
K: Necrotic enteritis toxin B
L: Necrotic enteritis toxin B
M: Necrotic enteritis toxin B
N: Necrotic enteritis toxin B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,5587
ポリマ－234,5587
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29880 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area74200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)313.230, 168.040, 160.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 25:291 ) and (not element H)
21chain B and (resseq 25:291 ) and (not element H)
31chain C and (resseq 25:291 ) and (not element H)
41chain D and (resseq 25:291 ) and (not element H)
51chain E and (resseq 25:291 ) and (not element H)
61chain F and (resseq 25:291 ) and (not element H)
71chain G and (resseq 25:291 ) and (not element H)
81chain H and (resseq 25:291 ) and (not element H)
91chain I and (resseq 25:291 ) and (not element H)
101chain J and (resseq 25:291 ) and (not element H)
111chain K and (resseq 25:291 ) and (not element H)
121chain L and (resseq 25:291 ) and (not element H)
131chain M and (resseq 25:291 ) and (not element H)
141chain N and (resseq 25:291 ) and (not element H)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and (resseq 25:291 ) and (not element H)A0
211chain B and (resseq 25:291 ) and (not element H)B0
311chain C and (resseq 25:291 ) and (not element H)C0
411chain D and (resseq 25:291 ) and (not element H)D0
511chain E and (resseq 25:291 ) and (not element H)E0
611chain F and (resseq 25:291 ) and (not element H)F0
711chain G and (resseq 25:291 ) and (not element H)G0
811chain H and (resseq 25:291 ) and (not element H)H0
911chain I and (resseq 25:291 ) and (not element H)I0
1011chain J and (resseq 25:291 ) and (not element H)J0
1111chain K and (resseq 25:291 ) and (not element H)K0
1211chain L and (resseq 25:291 ) and (not element H)L0
1311chain M and (resseq 25:291 ) and (not element H)M0
1411chain N and (resseq 25:291 ) and (not element H)N0

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要素

#1: タンパク質
Necrotic enteritis toxin B / NetB


分子量: 33508.238 Da / 分子数: 14 / 断片: NetB mature toxin / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
株: 56 / 遺伝子: netB / プラスミド: pHis Parallel II / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8ULG6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.02 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG 4000, 100 mM Sodium cacodylate, 0.1 mM Polyethylene glycol dodecyl ether , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月12日
放射モノクロメーター: Rigaku Osmic Varimax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→27.7 Å / Num. all: 71370 / Num. obs: 69515 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 40.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.344 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 3.9→4.11 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 10078 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASERMR位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 7AHL

7ahl


解像度: 3.9→27.7 Å / SU ML: 0.68 / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 32.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3089 3245 5.08 %RANDOM
Rwork0.2838 ---
obs0.2851 63875 89.56 %-
all-67120 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→27.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27963 0 0 0 27963
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00328574
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83239015
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2259631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0524324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035148
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1959X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
12B1959X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
13C1969X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
14D1957X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
15E1942X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
16F1944X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
17G1964X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
18H1962X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
19I1970X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
110J1977X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
111K1970X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
112L1980X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
113M1961X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
114N1979X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9-3.95810.49511120.4752288X-RAY DIFFRACTION77
3.9581-4.01980.5534780.50091459X-RAY DIFFRACTION50
4.0198-4.08550.4351470.37352437X-RAY DIFFRACTION85
4.0855-4.15570.3581350.35182436X-RAY DIFFRACTION84
4.1557-4.2310.35271350.32812494X-RAY DIFFRACTION84
4.231-4.31210.34761400.29452666X-RAY DIFFRACTION91
4.3121-4.39980.27921310.29212734X-RAY DIFFRACTION94
4.3998-4.4950.32531310.29222658X-RAY DIFFRACTION91
4.495-4.59920.29051250.27522546X-RAY DIFFRACTION85
4.5992-4.71360.28311360.23072654X-RAY DIFFRACTION90
4.7136-4.84040.25491490.24142697X-RAY DIFFRACTION92
4.8404-4.98210.24191460.24792722X-RAY DIFFRACTION93
4.9821-5.14190.25711470.2442756X-RAY DIFFRACTION93
5.1419-5.32440.29181380.24952737X-RAY DIFFRACTION93
5.3244-5.5360.29211540.27932761X-RAY DIFFRACTION93
5.536-5.78580.33691500.27432760X-RAY DIFFRACTION94
5.7858-6.08780.31241810.28432744X-RAY DIFFRACTION95
6.0878-6.46460.31931450.27832813X-RAY DIFFRACTION95
6.4646-6.95650.31191540.28932807X-RAY DIFFRACTION95
6.9565-7.64320.29261410.26052817X-RAY DIFFRACTION95
7.6432-8.71890.25021660.22292811X-RAY DIFFRACTION96
8.7189-10.87340.21521470.19912895X-RAY DIFFRACTION97
10.8734-27.71430.27111570.24022938X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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