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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h4o | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in Complex with (E)-3-(3-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)- 4-fluorophenoxy)-5-fluorophenyl)acrylonitrile (JLJ506), A Non-nucleoside inhibitor | ||||||
要素 |
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キーワード | Hydrolase/Hydrolase inhibitor / Polymerase / Transferase / Hydrolase/inhibitor / Rnase / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / aspartic-type endopeptidase activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Frey, K.M. / Anderson, K.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012 タイトル: Crystal Structures of HIV-1 Reverse Transcriptase with Picomolar Inhibitors Reveal Key Interactions for Drug Design. 著者: Frey, K.M. / Bollini, M. / Mislak, A.C. / Cisneros, J.A. / Gallardo-Macias, R. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4h4o.cif.gz | 214.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4h4o.ent.gz | 169.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4h4o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4h4o_validation.pdf.gz | 750.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4h4o_full_validation.pdf.gz | 771.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4h4o_validation.xml.gz | 36.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4h4o_validation.cif.gz | 49.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/4h4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/4h4o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 断片: HIV-1 Reverse Transcriptase, p66 Subunit / 変異: C280S, K172A, K173A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Genus Name: Lentivirus 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: Bh10 Isolate / 遺伝子: p66 RT / プラスミド: pCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H |
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#2: タンパク質 | 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 断片: HIV-1 Reverse Transcriptase, p51 Subunit / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Genus Name: Lentivirus 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: Bh10 isolate / 遺伝子: p51 RT / プラスミド: pCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H |
#3: 化合物 | ChemComp-506 / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.32 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine-HCl, 50 mM HEPES pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月13日 / 詳細: Monochromator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Cryogenically cooled double crystal monochrometer with horizontal focusing sagittal bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→41.722 Å / Num. all: 34778 / Num. obs: 34778 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 79.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.073 / Χ2: 1.576 / Net I/σ(I): 10.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB Code 1S9E 解像度: 2.9→41.722 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.7413 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.89 / σ(I): 1.89 / 位相誤差: 31.97 / 立体化学のターゲット値: Maximum Likelihood (ML)
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 381.26 Å2 / Biso mean: 164.0865 Å2 / Biso min: 87.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→41.722 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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