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万見
- PDB-4h4b: Human cytosolic 5'-nucleotidase II in complex with Anthraquinone-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h4b
タイトルHuman cytosolic 5'-nucleotidase II in complex with Anthraquinone-2,6- disulfonic acid
要素Cytosolic purine 5'-nucleotidase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIGH KM 5-PRIME NUCLEOTIDASE / cN-II / NUCLEOTIDE-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside phosphotransferase / GMP catabolic process to guanine / nucleoside phosphotransferase activity / GMP metabolic process / : / Abacavir metabolism / dGMP metabolic process / negative regulation of defense response to virus by host / adenosine metabolic process / amide catabolic process ...nucleoside phosphotransferase / GMP catabolic process to guanine / nucleoside phosphotransferase activity / GMP metabolic process / : / Abacavir metabolism / dGMP metabolic process / negative regulation of defense response to virus by host / adenosine metabolic process / amide catabolic process / : / dGMP catabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase / : / IMP catabolic process / Ribavirin ADME / IMP metabolic process / Purine catabolism / 5'-nucleotidase / allantoin metabolic process / 5'-nucleotidase activity / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
HAD-superfamily hydrolase, subfamily IG, 5'-nucleotidase / Purine 5'-nucleotidase / 5' nucleotidase family / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-11H / Cytosolic purine 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Rhimi, M. / Aghajari, N.
引用ジャーナル: Biochem Pharmacol / 年: 2013
タイトル: Identification and characterization of inhibitors of cytoplasmic 5'-nucleotidase cN-II issued from virtual screening.
著者: Jordheim, L.P. / Marton, Z. / Rhimi, M. / Cros-Perrial, E. / Lionne, C. / Peyrottes, S. / Dumontet, C. / Aghajari, N. / Chaloin, L.
履歴
登録2012年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0549
ポリマ－64,0891
非ポリマー9658
水1,04558
1
A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,21636
ポリマ－256,3564
非ポリマー3,86032
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area18670 Å2
ΔGint-370 kcal/mol
Surface area75780 Å2
手法PISA
2
A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,10818
ポリマ－128,1782
非ポリマー1,93016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
Buried area7650 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area39570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.11, 126.83, 130.4
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytosolic purine 5'-nucleotidase / Cytosolic 5'-nucleotidase II


分子量: 64088.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5C2, NT5B, NT5CP, PNT5 / プラスミド: P28A-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE) / 参照: UniProt: P49902, 5'-nucleotidase

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非ポリマー , 5種, 66分子

#2: 化合物 ChemComp-11H / 9,10-dioxo-9,10-dihydroanthracene-2,6-disulfonic acid


分子量: 368.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H8O8S2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: magnesium sulphate and Tris buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979696 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月20日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979696 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→90.9 Å / Num. all: 16880 / Num. obs: 16022 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J2C

2j2c


解像度: 2.9→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 32.255 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 1.971 / ESU R Free: 0.366 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 858 5.1 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.188 16022 98.6 %-
all-16872 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.302 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.38 Å20 Å20 Å2
2---0.6 Å20 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3816 0 56 58 3930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223966
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6591.9765363
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3535466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.91723.011186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.45815681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4651526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212990
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6121.52325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24723748
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.04231641
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.564.51615
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 60 -
Rwork0.256 993 -
obs--84.92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.0048 Å / Origin y: 24.6682 Å / Origin z: 45.9782 Å
111213212223313233
T0.1353 Å20.0063 Å2-0.0012 Å2-0.0303 Å20.0205 Å2--0.0301 Å2
L1.9735 °20.3131 °2-0.1174 °2-0.5113 °20.051 °2--1.0652 °2
S0.004 Å °0.0635 Å °0.1881 Å °-0.0564 Å °0.0039 Å °0.0726 Å °-0.2324 Å °-0.0335 Å °-0.0079 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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