PDB-4h3t: Crystal structure of CRISPR-associated protein Cse1 from Acidimic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h3t

タイトル

Crystal structure of CRISPR-associated protein Cse1 from Acidimicrobium ferrooxidans

要素

CRISPR-associated protein, Cse1 family

キーワード

CELL INVASION / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / CASCADE

機能・相同性

Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #100 / CRISPR-associated protein Cse1 / CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1) / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / CRISPR-associated protein, Cse1 family

機能・相同性情報

生物種

Acidimicrobium ferrooxidans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Michalska, K. / Stols, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of CRISPR-associated protein Cse1 from Acidimicrobium ferrooxidans
著者: Michalska, K. / Stols, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h3t.cif.gz	225.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h3t.ent.gz	181.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h3t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4h3t_validation.pdf.gz	432.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4h3t_full_validation.pdf.gz	433.3 KB	表示
XML形式データ	4h3t_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	4h3t_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/4h3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/4h3t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5udl-d 5z9w-d 6aaj-d 3m4w-2 5udi-d 4yzs-d 3807 6cvs-d 1djw-2 3i4l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC104043

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (3)

登録構造単位

A: CRISPR-associated protein, Cse1 family

ヘテロ分子

60.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.017, 137.017, 203.537
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-701- HOH

#1: タンパク質	CRISPR-associated protein, Cse1 family 分子量: 60410.285 Da / 分子数: 1 / 変異: L456I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acidimicrobium ferrooxidans (バクテリア) 株: DSM 10331 / 遺伝子: Afer_0988 / プラスミド: pMCSG48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Magic / 参照: UniProt: C7LYW9
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.89 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M proline, 0.1 M HEPES/NaOH, 10% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月3日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→50 Å / Num. all: 62743 / Num. obs: 62132 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / B_iso Wilson estimate: 41.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 25.3
反射シェル	解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3130 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELX		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
BUSTER	2.10.0	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.03→29.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9532 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9502 / SU R Cruickshank DPI: 0.147 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED AT RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1991	1260	2.04 %	RANDOM
R_work	0.1816	-	-	-
all	0.182	61879	-	-
obs	0.182	61879	99.04 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.0899 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.0899 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.1798 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.262 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→29.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4060	0	12	269	4341

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.014	8342	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.11	15053	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2299	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		94	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1247	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		8342	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.46
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.9
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		518	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		8889	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.03→2.08 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2047	90	1.98 %
R_work	0.1858	4458	-
all	0.1861	4548	-
obs	-	-	99.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.293	-0.1265	-0.4533	1.2466	-0.1282	1.9303	-0.1145	-0.4925	0.0359	0.0593	0.1318	-0.182	0.0366	0.2362	-0.0173	-0.1458	0.0231	-0.014	0.0482	0.0242	-0.1266	-2.8996	47.1136	-3.9257
2	2.0253	-0.356	-0.3301	0.8176	-0.0715	1.3915	-0.135	-0.1662	-0.2221	-0.0522	0.1264	-0.0207	0.2583	0.0063	0.0086	-0.0712	-0.0203	0.0268	-0.0186	0.0523	-0.0833	-9.3117	40.9766	-11.7942
3	0.9634	-0.3254	-0.549	1.9808	-0.3719	0.9584	-0.0969	-0.3196	-0.1392	-0.0992	0.0909	0.3255	0.1341	-0.1137	0.0061	-0.1157	-0.0152	0.0222	0.082	0.0751	-0.0441	-29.8978	47.7952	-4.8788
4	2.9209	-0.1466	0.2607	0	0.9236	2.264	0.0521	0.3775	-0.0781	-0.2175	0.045	0.1622	-0.1945	-0.1552	-0.097	0.0511	0.062	0.0047	0.028	0.0713	-0.1324	-20.424	52.0796	-20.0792
5	1.5906	-0.7229	1.0073	0.7419	-0.7719	1.6771	-0.1439	-0.3186	0.0148	0.0913	0.0733	0.1252	-0.0792	-0.2189	0.0706	-0.1237	0.0311	0.0059	0.0574	-0.0293	-0.0186	-40.5512	66.7405	-11.0553
6	2.4309	-1.2961	1.7291	1.5616	-1.8511	3.3927	-0.3383	-0.4525	0.1915	0.264	0.2059	0.1465	-0.4638	-0.5442	0.1324	-0.0953	0.1072	-0.0287	0.0465	-0.0802	-0.0254	-46.6184	75.7916	-14.056

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|2 - 150}	A	2 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|151 - 294}	A	151 - 294
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|295 - 360}	A	295 - 360
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|361 - 379}	A	361 - 379
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|380 - 486}	A	380 - 486
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|487 - 531}	A	487 - 531

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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