PDB-4h39: Crystal Structure of JNK3 in Complex with JIP1 Peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h39

タイトル

Crystal Structure of JNK3 in Complex with JIP1 Peptide

要素

C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
Mitogen-activated protein kinase 10

キーワード

TRANSFERASE / MAPK / kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of JUN kinase activity / MAP-kinase scaffold activity / JUN kinase binding / regulation of JNK cascade / protein kinase inhibitor activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.992 Å

データ登録者

Nwachukwu, J.C. / Laughlin, J.D. / Figuera-Losada, M. / Cherry, L. / Nettles, K.W. / LoGrasso, P.V.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structural Mechanisms of Allostery and Autoinhibition in JNK Family Kinases.
著者: Laughlin, J.D. / Nwachukwu, J.C. / Figuera-Losada, M. / Cherry, L. / Nettles, K.W. / Lograsso, P.V.

履歴

登録	2012年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月28日	Group: Database references
改定 1.2	2012年12月26日	Group: Database references
改定 1.3	2015年6月17日	Group: Structure summary
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4h39_full_validation.pdf.gz	439.9 KB	表示
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CIF形式データ	4h39_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/4h39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/4h39	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4h36C 4h3bC 1jnkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3v6s-2 3ldf-d 4hys-d 2ghb-1 4hyu-d 3v6r-2 3vse-1 3vse-3 3heg-d 4h36-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (4) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase 10

B: C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1

42.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.206, 83.711, 83.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase 10 / MAP kinase 10 / MAPK 10 / MAP kinase p49 3F12 / Stress-activated protein kinase 1b / SAPK1b / ...MAP kinase 10 / MAPK 10 / MAP kinase p49 3F12 / Stress-activated protein kinase 1b / SAPK1b / Stress-activated protein kinase JNK3 / c-Jun N-terminal kinase 3 分子量: 41180.641 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain (UNP residues 45-400) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JNK3, JNK3A, MAPK10, PRKM10, SAPK1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53779, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1 / JIP-1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / ...JIP-1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / Mitogen-activated protein kinase 8-interacting protein 1 分子量: 1188.418 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 158-167 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UQF2
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris, 28-31% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.17 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月17日

放射

モノクロメーター: Side scattering bent-cube I-beam single crystal, asymmetric cut 4.965 degrees
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.17 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.992→37.51 Å / Num. all: 29692 / Num. obs: 29642 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 49.3

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
1.992-2.09	1	81.9
2.09-2.15	1	85.3
2.15-2.21	1	84.9
2.21-2.28	1	44.2
2.28-2.36	1	86
2.36-2.46	1	93.4
2.46-2.57	1	95.7
2.57-2.7	1	96.5
2.7-2.87	1	97.3
2.87-3.09	1	98.6
3.09-3.41	1	99.2
3.41-3.9	1	81.9
3.9-4.91	1	99.4
4.91-37.52	1	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHENIX	(phenix.automr: 1.7.1_743)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JNK

1jnk

解像度: 1.992→37.51 Å / SU ML: 0.65 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2387	1931	6.76 %	RANDOM
R_work	0.2092	-	-	-
all	0.2113	29642	-	-
obs	0.2113	28561	91.84 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.555 Å² / k_sol: 0.319 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.5662 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.3646 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.9308 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.992→37.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2773	0	0	154	2927

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2842
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.72	3867
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.975	1055
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	438
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	497

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.992-2.042	0.3348	128	0.255	1711	X-RAY DIFFRACTION	84
2.042-2.0972	0.2802	137	0.2375	1897	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0972-2.159	0.2695	137	0.2287	1894	X-RAY DIFFRACTION	94
2.159-2.2286	0.2956	131	0.25	1726	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2286-2.3083	0.4995	79	0.3687	1114	X-RAY DIFFRACTION	55
2.3083-2.4007	0.2765	145	0.2381	1988	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4007-2.5099	0.2448	148	0.2309	2003	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5099-2.6422	0.3055	147	0.2341	2057	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6422-2.8077	0.2956	142	0.2201	2027	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8077-3.0244	0.2623	150	0.2259	2061	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0244-3.3286	0.2432	151	0.2098	2076	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3286-3.8098	0.1988	122	0.2002	1757	X-RAY DIFFRACTION	84
3.8098-4.7984	0.1753	152	0.1702	2122	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7984-37.517	0.2274	162	0.1957	2197	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4126	-0.8781	-0.851	5.6791	0.6216	6.7272	-0.3224	-0.3744	-0.1356	0.2883	0.532	-0.6868	-0.0287	0.7878	0.0489	0.3452	0.1069	-0.0437	0.4127	-0.0138	0.338	13.5733	-11.0903	-8.2474
2	4.8824	-0.3036	-2.1116	5.0724	-0.3003	3.8389	-0.1267	-0.1897	0.1924	0.1129	0.0748	0.2055	0.1228	-0.0826	-0.048	0.2917	-0.0073	-0.0269	0.2266	0.0096	0.2806	6.1087	-4.7178	-6.9274
3	2.4005	-0.5484	-1.7741	2.9442	-1.5873	4.2134	0.0072	0.2555	0.1927	-0.4987	-0.0263	-0.07	0.091	-0.1869	-0.1444	0.3449	-0.0271	-0.0033	0.3683	0.0106	0.4169	9.1177	-0.7707	-22.4003
4	1.9226	-0.3148	0.7888	1.6028	-0.9603	0.7451	0.0952	0.1781	0.0829	-0.0854	0.0197	-0.4655	-0.3589	0.4181	0.0969	0.3511	0.0162	-0.0528	0.3749	-0.0189	0.4195	2.2583	11.9319	-15.0571
5	4.3975	-1.044	0.05	4.1125	-0.0783	3.8043	0.4025	0.2652	0.0638	-0.5555	-0.1113	-0.4972	0.1178	0.3994	0.055	0.3599	-0.0191	-0.0144	0.3524	0.0266	0.4101	16.8642	-2.0479	-15.6946
6	5.898	-3.5834	3.3121	3.0278	-0.8784	3.9734	-0.0157	-0.4381	-0.1214	-0.0876	0.0753	0.1431	0.2791	-0.5488	-0.1915	0.46	0.0094	0.0342	0.3424	0.0755	0.3949	-11.2589	2.1383	-11.5746
7	4.8515	-2.0913	1.0778	2.4949	2.0497	4.6924	-0.9152	-0.3096	-0.662	0.2189	0.4811	0.9102	-0.1273	-0.5309	-0.1347	0.6674	-0.0028	0.1144	0.547	0.137	0.4689	-23.9015	9.1571	-9.6107
8	2.0258	-0.6885	0.6506	2.9361	-1.253	1.9878	0.0011	-0.2006	-0.0551	0.2235	-0.0005	-0.1552	-0.1995	0.0529	0.1056	0.3287	0.022	-0.0179	0.2606	-0.0042	0.3067	-9.2263	11.8248	-16.6755
9	0.2808	-1.0882	0.1411	4.3382	-1.1013	5.0388	-0.3271	1.2826	-0.2323	0.2846	1.1871	0.2304	2.3036	-1.7253	-0.1861	1.115	-0.2915	0.149	0.9805	0.0741	0.6698	-8.8557	0.9122	-23.2501
10	3.4763	0.8868	0.611	2.4241	-0.4901	5.9203	0.0451	0.2081	-0.3643	-0.1015	0.1679	-0.2853	0.5095	-0.1515	-0.1902	0.3062	0.0233	-0.0249	0.2387	-0.0328	0.3258	-16.9391	8.6324	-28.6071
11	4.2179	0.9011	0.0129	3.2028	1.9418	7.5888	0.1784	0.6302	-0.0496	-0.2719	0.1537	-0.0964	-0.0689	-0.258	-0.068	0.2879	-0.0212	0.0088	0.3855	-0.0891	0.2948	-22.683	9.3197	-42.3972
12	4.0546	1.2611	0.7185	3.6366	0.3208	4.8301	0.3013	-0.5292	0.1942	0.7682	-0.2261	0.8062	-0.5006	-1.486	0.2273	0.4511	-0.0299	0.0548	0.7163	0.0225	0.452	-31.9228	14.8978	-19.2503
13	1.1324	-0.29	0.4139	2.0465	0.8195	5.0115	-0.1637	-0.1182	0.2464	0.1308	0.0485	-0.0182	-0.5411	-0.1139	0.0712	0.3751	0.0644	-0.0065	0.2585	-0.0291	0.3157	-17.8507	21.5587	-20.8047
14	5.4416	-4.5805	-0.1664	6.9499	-0.3536	2.8935	0.6127	0.0983	0.755	-0.8331	-0.5624	-0.4495	-0.3304	0.0309	0.232	0.6937	-0.163	0.0457	0.5551	0.0093	0.5101	9.029	13.2988	-27.804
15	5.6474	-1.9802	1.5768	5.4393	-1.1883	7.2565	-0.3422	0.3457	0.5237	-0.1171	-0.018	-0.7277	-0.3851	1.1669	0.2706	0.3712	-0.0474	0.0395	0.5332	0.0838	0.5183	19.4533	4.0894	-22.9853
16	8.863	-3.9059	0.0701	5.9671	1.4662	9.8294	-0.6248	-0.1153	-0.5372	1.7655	0.2821	1.1278	0.2787	-1.135	0.4251	0.4577	0.0618	0.1239	0.5834	0.0037	0.3273	-16.3677	10.7683	-3.4081

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 45:57)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 58:87)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 88:113)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 114:127)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 128:146)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 147:157)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 158:164)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 165:205)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 206:227)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 228:267)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 268:306)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 307:328)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 329:368)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 369:387)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 388:400)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 158:167)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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