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万見
- PDB-4h38: Structure of E. coli undecaprenyl diphosphate synthase in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h38
タイトルStructure of E. coli undecaprenyl diphosphate synthase in complex with BPH-1297
要素Undecaprenyl pyrophosphate synthase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / prenyl transferase inhibitor complex / alpha-helix / prenyl transferase / cell wall biosynthesis / farnesyl diphosphate binding / isopentenyl diphosphate binding / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Gram-negative-bacterium-type cell wall biogenesis / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / small molecule binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding ...Gram-negative-bacterium-type cell wall biogenesis / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / small molecule binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0YX / Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Zhu, W. / Oldfield, E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Antibacterial drug leads targeting isoprenoid biosynthesis.
著者: Zhu, W. / Zhang, Y. / Sinko, W. / Hensler, M.E. / Olson, J. / Molohon, K.J. / Lindert, S. / Cao, R. / Li, K. / Wang, K. / Wang, Y. / Liu, Y.L. / Sankovsky, A. / de Oliveira, C.A. / Mitchell, ...著者: Zhu, W. / Zhang, Y. / Sinko, W. / Hensler, M.E. / Olson, J. / Molohon, K.J. / Lindert, S. / Cao, R. / Li, K. / Wang, K. / Wang, Y. / Liu, Y.L. / Sankovsky, A. / de Oliveira, C.A. / Mitchell, D.A. / Nizet, V. / McCammon, J.A. / Oldfield, E.
履歴
登録2012年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22013年1月16日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Undecaprenyl pyrophosphate synthase
B: Undecaprenyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4343
ポリマ－56,9622
非ポリマー4711
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.266, 68.824, 111.492
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Undecaprenyl pyrophosphate synthase / UPP synthase / Di-trans / poly-cis-decaprenylcistransferase / Ditrans / polycis-undecaprenyl- ...UPP synthase / Di-trans / poly-cis-decaprenylcistransferase / Ditrans / polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase / Undecaprenyl diphosphate synthase / UDS


分子量: 28481.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: uppS, ispU, rth, yaeS, b0174, JW0169 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P60472, ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific]
#2: 化合物 ChemComp-0YX / (5-bromo-2-{[3-(octyloxy)benzyl]oxy}phenyl)phosphonic acid


分子量: 471.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28BrO5P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5% PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月18日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 36240 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.642 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2E98

2e98


解像度: 1.95→34.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.601 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2615 1805 5 %RANDOM
Rwork0.2062 ---
all0.2089 37985 --
obs0.2089 36180 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 136.26 Å2 / Biso mean: 28.9079 Å2 / Biso min: 11.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→34.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3324 0 28 86 3438
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0193418
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9531.9284615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3675418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.84123.729177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.36115565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3621529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022632
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 115 -
Rwork0.214 2328 -
all-2443 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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