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- PDB-4h36: Crystal Structure of JNK3 in Complex with ATF2 Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h36
タイトルCrystal Structure of JNK3 in Complex with ATF2 Peptide
要素
  • Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2
  • Mitogen-activated protein kinase 10
キーワードTRANSFERASE / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


abducens nucleus development / hypoglossal nucleus development / detection of cell density / H4 histone acetyltransferase complex / growth plate cartilage chondrocyte proliferation / facial nucleus development / growth plate cartilage chondrocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle myoblast proliferation / cellular response to anisomycin / positive regulation of transforming growth factor beta2 production ...abducens nucleus development / hypoglossal nucleus development / detection of cell density / H4 histone acetyltransferase complex / growth plate cartilage chondrocyte proliferation / facial nucleus development / growth plate cartilage chondrocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle myoblast proliferation / cellular response to anisomycin / positive regulation of transforming growth factor beta2 production / cAMP response element binding / leucine zipper domain binding / cellular lipid metabolic process / cAMP response element binding protein binding / histone H2B acetyltransferase activity / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / cellular response to leucine starvation / JUN kinase activity / brainstem development / NK T cell differentiation / vacuole organization / neurofilament cytoskeleton organization / histone H4 acetyltransferase activity / apoptotic process involved in development / NGF-stimulated transcription / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / motor neuron apoptotic process / response to osmotic stress / hepatocyte apoptotic process / outflow tract morphogenesis / Activation of the AP-1 family of transcription factors / p38MAPK cascade / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / white fat cell differentiation / response to light stimulus / mitogen-activated protein kinase / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / adipose tissue development / BMP signaling pathway / hematopoietic progenitor cell differentiation / histone acetyltransferase activity / JNK cascade / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / negative regulation of angiogenesis / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / liver development / Regulation of PTEN gene transcription / promoter-specific chromatin binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FCERI mediated MAPK activation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptidyl-threonine phosphorylation / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / regulation of circadian rhythm / response to organic cyclic compound / cellular response to virus / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II transcription regulator complex / protein import into nucleus / cellular senescence / sequence-specific double-stranded DNA binding / rhythmic process / Circadian Clock / site of double-strand break / HATs acetylate histones / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of protein phosphorylation / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / DNA damage response / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor cyclic AMP-dependent, CRE-BP1-type / bZIP transcription factor / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. ...Transcription factor cyclic AMP-dependent, CRE-BP1-type / bZIP transcription factor / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2 / Mitogen-activated protein kinase 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Nwachukwu, J.C. / Laughlin, J.D. / Figuera-Losada, M. / Cherry, L. / Nettles, K.W. / LoGrasso, P.V.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structural Mechanisms of Allostery and Autoinhibition in JNK Family Kinases.
著者: Laughlin, J.D. / Nwachukwu, J.C. / Figuera-Losada, M. / Cherry, L. / Nettles, K.W. / Lograsso, P.V.
履歴
登録2012年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references
改定 1.22012年12月26日Group: Database references
改定 1.32015年6月17日Group: Structure summary
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 10
B: Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2172
ポリマ－42,2172
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.580, 84.580, 127.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 10 / MAP kinase 10 / MAPK 10 / MAP kinase p49 3F12 / Stress-activated protein kinase 1b / SAPK1b / ...MAP kinase 10 / MAPK 10 / MAP kinase p49 3F12 / Stress-activated protein kinase 1b / SAPK1b / Stress-activated protein kinase JNK3 / c-Jun N-terminal kinase 3


分子量: 41180.641 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain (UNP residues 45-400) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JNK3, JNK3A, MAPK10, PRKM10, SAPK1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53779, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2 / cAMP-dependent transcription factor ATF-2 / Activating transcription factor 2 / Cyclic AMP- ...cAMP-dependent transcription factor ATF-2 / Activating transcription factor 2 / Cyclic AMP-responsive element-binding protein 2 / CREB-2 / cAMP-responsive element-binding protein 2 / HB16 / cAMP response element-binding protein CRE-BP1


分子量: 1036.267 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 48-55 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATF2, CREB2, CREBP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15336
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.46 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris, 28-31% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.17 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月28日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal, asymmetric cut 4.965 degrees
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.17 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40.126 Å / Num. all: 10972 / Num. obs: 10970 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.9 %
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
3-3.07185.3
3.07-3.16187.2
3.16-3.26191.4
3.26-3.38190.9
3.38-3.52194.5
3.52-3.68197
3.68-3.87195.6
3.87-4.11197.6
4.11-4.43198.6
4.43-4.87198.7
4.87-5.58198.6
5.58-7.02199.3
7.02-40.13199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceiceデータ収集
PHENIX(phenix.automr: 1.7.1_743)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.7.1_743位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JNK

1jnk


解像度: 3→40.126 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2685 528 4.81 %RANDOM
Rwork0.2163 ---
obs0.2188 10970 99.99 %-
all-10972 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 11.742 Å2 / ksol: 0.288 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7147 Å2-0 Å20 Å2
2---2.7147 Å2-0 Å2
3---5.4294 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2851 0 0 4 2855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032930
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8453983
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1141084
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004512
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.30190.33691330.28552546X-RAY DIFFRACTION100
3.3019-3.77930.28171340.22742572X-RAY DIFFRACTION100
3.7793-4.76040.21511420.17992594X-RAY DIFFRACTION100
4.7604-40.12940.2851190.21262731X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0065-1.03791.2047.49723.75335.8646-0.5726-0.6690.23030.10660.57190.8076-0.4746-0.8182-0.25550.35890.1045-0.16930.5998-0.0610.3587-52.305622.4258-9.5284
21.05550.2973-0.62571.6019-0.25060.3797-0.0834-0.0688-0.1226-0.0892-0.2032-0.02420.14380.0428-0.150.45140.1298-0.13120.20840.01980.2219-43.02418.2385-8.0143
30.9345-0.34730.77241.0038-0.20630.65340.00360.02120.0533-0.1934-0.05580.0717-0.1299-0.10660.00590.44220.1668-0.14090.3433-0.06490.2279-39.726623.8069-14.8001
40.9729-0.23270.05561.13351.29091.56910.1495-0.1822-0.09290.3699-0.04680.02660.3079-0.1021-0.03230.43030.0255-0.04720.12520.01450.1757-39.896522.3411.6904
53.39160.3787-2.38030.4790.4172.7702-0.0451-0.0029-0.09730.0848-0.2408-0.13680.18940.18250.12260.35920.1832-0.00530.25040.00760.1764-31.427431.31620.7458
60.9668-0.72550.90552.36160.4812.9443-0.1211-0.24990.01560.2294-0.00730.3169-0.069-0.60730.21830.28870.0933-0.0990.1891-0.08250.1468-45.206427.5924-1.6582
70.48040.5409-0.00771.3455-0.16540.03080.04470.2681-0.2981-0.1606-0.0945-0.19790.18380.1424-0.00130.66170.33430.04170.4496-0.03840.3159-15.892717.3401-14.0556
80.9712-0.45450.30511.3532-0.22960.32710.24420.1952-0.0148-0.0801-0.16870.07360.1720.1699-0.03230.19870.10960.00360.17910.07650.1961-16.926229.2581-4.4118
92.30860.48040.98512.17510.73480.55420.13160.1305-0.0728-0.156-0.14530.01240.122-0.017-0.0590.26160.1062-0.14380.1814-0.10820.0693-22.669624.0493-10.1781
100.37380.752-0.47872.1769-1.26270.75020.2338-0.0844-0.31330.30260.01020.0630.28240.0089-0.10280.7795-0.065-0.08880.72270.13230.6825-28.967319.91831.8213
112.8992-1.3693-2.85075.1534-2.39096.34450.19730.3741-0.1385-0.5549-0.22090.2280.4424-0.2788-0.06060.80160.3022-0.0260.3852-0.06940.1117-17.727613.83071.8932
120.8353-0.45040.18640.9011-0.61241.10380.04380.11510.20920.09180.1203-0.0179-0.1456-0.0520.01970.13820.2267-0.00850.315-0.0370.2615-11.782525.57418.1005
130.3127-0.1048-0.27670.63390.61350.69960.03890.0394-0.0884-0.02770.01080.01630.13410.10070.12490.45310.5642-0.01930.39960.04380.3047-8.740216.9298-6.8008
140.1365-0.15480.04280.2547-0.06410.0771-0.00550.0253-0.05340.02390.04420.08750.0592-0.01220.29430.67730.50450.10020.3470.03930.2398-8.273412.07577.3819
150.0289-0.0799-0.06630.01750.05090.0860.05620.22110.0072-0.013-0.1192-0.10090.11370.2892-0.24330.1771.1450.03270.6448-0.02220.19080.464718.23226.0585
161.051-0.4643-0.07081.90450.8530.47650.2712-0.0040.0946-0.25740.056-0.42670.09860.4759-0.21240.2770.16720.07590.47930.09790.256-2.942128.6708-2.4915
171.63380.3376-0.50910.1058-0.06940.2020.27960.01670.464-0.0385-0.06160.0033-0.38820.4355-0.18270.41170.14540.17960.64650.22870.3469-12.300537.2545-10.7155
186.47621.9169-3.40091.4057-1.25072.76790.0872-0.7761-0.10060.54860.14910.52390.0843-0.5018-0.21790.72650.06190.13790.47090.00890.4391-29.171836.898310.7426
193.042-1.39951.10776.86330.68684.6861-0.2009-0.0980.3940.0912-0.07660.0398-0.3755-0.10220.09690.5441-0.0269-0.05260.2895-0.12020.29-42.277631.139417.1276
202.024-0.51540.36892.8212.18472.29910.12050.22870.1216-0.3152-0.0770.0032-0.303-0.0294-0.15470.37160.08370.06830.2775-0.11520.1695-44.355434.10965.7771
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 45:52)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 53:76)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 77:87)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 88:103)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 104:126)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 127:148)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 149:164)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 165:192)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 193:207)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 208:220)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 222:229)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 230:249)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 250:259)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 260:276)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 277:326)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 327:354)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 355:373)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 374:383)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 384:389)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 390:400)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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