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- PDB-4h35: Feruloyl Esterase Domain of XYNY from Clostridium thermocellum be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h35
タイトルFeruloyl Esterase Domain of XYNY from Clostridium thermocellum before exposure to 266nm UV laser
要素Endo-1,4-beta-xylanase Y
キーワードHYDROLASE / Alpha and beta proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulosome / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Esterase-like / Putative esterase / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain ...Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Esterase-like / Putative esterase / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Galactose-binding-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / EF-hand calcium-binding domain. / Alpha/Beta hydrolase fold / Glycoside hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Endo-1,4-beta-xylanase Y
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / UV-RIP / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pereira, P.J.B. / de Sanctis, D.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: In-house UV radiation-damage-induced phasing of selenomethionine-labeled protein structures.
著者: Pereira, P.J. / Royant, A. / Panjikar, S. / de Sanctis, D.
履歴
登録2012年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase Y
B: Endo-1,4-beta-xylanase Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,43210
ポリマ－68,5332
非ポリマー8998
水5,675315
1
A: Endo-1,4-beta-xylanase Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7165
ポリマ－34,2671
非ポリマー4504
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endo-1,4-beta-xylanase Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7165
ポリマ－34,2671
非ポリマー4504
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.370, 108.400, 112.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase Y / XYNY / Xylanase Y / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase Y / XylY


分子量: 34266.562 Da / 分子数: 2 / 断片: feruloyl esterase domain (UNP residues 792-1077) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
遺伝子: xynY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51584, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5, 1 M sodium acetate, 50 mM cadmium acetate, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月15日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 63630 / Num. obs: 63630 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 13.76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrysalisProデータ収集
SHELXD位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: UV-RIP / 解像度: 1.9→14.86 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 15.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1774 3257 5.11 %RANDOM
Rwork0.1574 ---
obs0.1585 63616 99.67 %-
all-63616 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→14.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4580 0 8 315 4903
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084754
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1076476
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2661672
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08640
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005850
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.92150.22362110.22113754X-RAY DIFFRACTION96
1.9215-1.94410.23741990.23819X-RAY DIFFRACTION100
1.9441-1.96770.23382060.19173837X-RAY DIFFRACTION100
1.9677-1.99260.19852000.18223867X-RAY DIFFRACTION100
1.9926-2.01870.19422100.18413849X-RAY DIFFRACTION100
2.0187-2.04630.24082160.18323858X-RAY DIFFRACTION100
2.0463-2.07550.21652050.18733815X-RAY DIFFRACTION100
2.0755-2.10640.20371970.16383880X-RAY DIFFRACTION100
2.1064-2.13920.18292290.15983798X-RAY DIFFRACTION100
2.1392-2.17420.17092170.15683909X-RAY DIFFRACTION100
2.1742-2.21150.18321890.15353818X-RAY DIFFRACTION100
2.2115-2.25160.1971930.15113862X-RAY DIFFRACTION100
2.2516-2.29480.16691850.14993862X-RAY DIFFRACTION100
2.2948-2.34140.16431880.15583852X-RAY DIFFRACTION100
2.3414-2.39210.15812430.14553824X-RAY DIFFRACTION100
2.3921-2.44750.17272170.14483837X-RAY DIFFRACTION100
2.4475-2.50850.15982010.14923886X-RAY DIFFRACTION100
2.5085-2.5760.18112020.15093847X-RAY DIFFRACTION100
2.576-2.65130.17922380.15553818X-RAY DIFFRACTION100
2.6513-2.73640.18952090.15493844X-RAY DIFFRACTION100
2.7364-2.83360.17682300.15943866X-RAY DIFFRACTION100
2.8336-2.94620.18422370.1633822X-RAY DIFFRACTION100
2.9462-3.07910.16261900.15773859X-RAY DIFFRACTION100
3.0791-3.23990.18212100.15943839X-RAY DIFFRACTION100
3.2399-3.44050.17082070.16123862X-RAY DIFFRACTION100
3.4405-3.70240.18041770.14893865X-RAY DIFFRACTION100
3.7024-4.0680.14462270.13673846X-RAY DIFFRACTION100
4.068-4.64090.141990.12423837X-RAY DIFFRACTION99
4.6409-5.7890.12821780.14063843X-RAY DIFFRACTION99
5.789-14.86090.19322030.16873803X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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