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万見
- PDB-4h2y: Crystal structure of engineered Bradyrhizobium japonicum glycine:... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h2y
タイトルCrystal structure of engineered Bradyrhizobium japonicum glycine:[carrier protein] ligase complexed with carrier protein from Agrobacterium tumefaciens and ATP
要素
  • Amino acid--[acyl-carrier-protein] ligase 1
  • Aminoacyl carrier protein
キーワードLIGASE / ATP binding / glycine binding / carrier protein / aminoacyl-tRNA synthetase / seryl-tRNA synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / aminoacyl-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / ligase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ACP-like / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. ...ACP-like / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / Aminoacyl carrier protein / Amino acid--[acyl-carrier-protein] ligase / Amino acid--[acyl-carrier-protein] ligase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium japonicum (根粒菌)
Agrobacterium fabrum (バクテリア)
Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Luic, M. / Weygand-Durasevic, I. / Ivic, N. / Mocibob, M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Adaptation of aminoacyl-tRNA synthetase catalytic core to carrier protein aminoacylation.
著者: Mocibob, M. / Ivic, N. / Luic, M. / Weygand-Durasevic, I.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Homologs of aminoacyl-tRNA synthetases acylate carrier proteins and provide a link between ribosomal and nonribosomal peptide synthesis
著者: Mocibob, M. / Ivic, N. / Bilokapic, S. / Maier, T. / Luic, M. / Ban, N. / Weygand-Durasevic, I.
履歴
登録2012年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Database references
改定 1.22013年5月29日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid--[acyl-carrier-protein] ligase 1
B: Amino acid--[acyl-carrier-protein] ligase 1
C: Aminoacyl carrier protein
D: Aminoacyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,56411
ポリマ－98,6774
非ポリマー1,8867
水6,684371
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10830 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area28290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.863, 101.587, 103.424
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Amino acid--[acyl-carrier-protein] ligase 1 / Aminoacyl-[acyl-carrier-protein] synthetase 1


分子量: 38173.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bradyrhizobium japonicum (根粒菌), (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
株: USDA 110 / 遺伝子: bll0957, Atu2573,AGR_C_4663 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q89VT8, UniProt: Q7CWR3, 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの
#2: タンパク質 Aminoacyl carrier protein


分子量: 11165.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: C58 / 遺伝子: AGR_C_4658, Atu2571 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9CHM9

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非ポリマー , 5種, 378分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸


分子量: 358.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN
配列の詳細CHAINS A, B ARE CHIMERIC PROTEINS COMPOSED OF UNP RESIDUES Q89VT8 1-220, Q7CWR3 236-246, Q89VT8 232-326

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10% PEG 4000, 10% PEG 8000, 0.17M ammonium acetate, 0.085M trisodium citrate dyhydrate pH 5.6, 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.08 Å / Num. all: 62151 / Num. obs: 62048 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 38.841 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.230.6333.07606609881199.5
2.23-2.380.3895.02577669326199.9
2.38-2.570.2557.355392886711100
2.57-2.810.16211.174973780361100
2.81-3.140.09218.474512573071100
3.14-3.630.05429392746451199.9
3.63-4.440.03541.64330705512199.9
4.44-6.250.02850.23254374328199.8
6.25-46.080.02156.01140592535199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_1116精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.1→46.08 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2104 3101 5 %RANDOM
Rwork0.1762 ---
obs0.1779 62041 99.83 %-
all-62151 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.95 Å2 / Biso mean: 37.6035 Å2 / Biso min: 10.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5509 0 107 371 5987
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075861
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0687997
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067875
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061073
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7042158
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.13180.26261400.2272629276998
2.1318-2.16670.23911370.209226462783100
2.1667-2.20410.25671390.215826542793100
2.2041-2.24420.24931400.214226472787100
2.2442-2.28730.26041370.214326212758100
2.2873-2.3340.2541370.201326592796100
2.334-2.38480.21551460.186626492795100
2.3848-2.44020.25571360.182226642800100
2.4402-2.50120.22551390.185626472786100
2.5012-2.56890.2181410.182526552796100
2.5689-2.64450.2591400.187526742814100
2.6445-2.72980.24431410.182726622803100
2.7298-2.82740.21161400.180326652805100
2.8274-2.94050.24361420.178426772819100
2.9405-3.07430.20541400.178126782818100
3.0743-3.23640.21861420.173226842826100
3.2364-3.43910.19561410.171326872828100
3.4391-3.70450.21491420.16626872829100
3.7045-4.07710.17951420.156827042846100
4.0771-4.66660.16511440.137227292873100
4.6666-5.87750.19641430.169627532896100
5.8775-46.080.19251520.18932869302199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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