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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h2y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of engineered Bradyrhizobium japonicum glycine:[carrier protein] ligase complexed with carrier protein from Agrobacterium tumefaciens and ATP | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE / ATP binding / glycine binding / carrier protein / aminoacyl-tRNA synthetase / seryl-tRNA synthetase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / aminoacyl-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / ligase activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) Agrobacterium fabrum (バクテリア) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Luic, M. / Weygand-Durasevic, I. / Ivic, N. / Mocibob, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2013 タイトル: Adaptation of aminoacyl-tRNA synthetase catalytic core to carrier protein aminoacylation. 著者: Mocibob, M. / Ivic, N. / Luic, M. / Weygand-Durasevic, I. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010 タイトル: Homologs of aminoacyl-tRNA synthetases acylate carrier proteins and provide a link between ribosomal and nonribosomal peptide synthesis 著者: Mocibob, M. / Ivic, N. / Bilokapic, S. / Maier, T. / Luic, M. / Ban, N. / Weygand-Durasevic, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4h2y.cif.gz | 165.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4h2y.ent.gz | 133 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4h2y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4h2y_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4h2y_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4h2y_validation.xml.gz | 32.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4h2y_validation.cif.gz | 45.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/4h2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/4h2y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 38173.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bradyrhizobium japonicum (根粒菌), (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア) 株: USDA 110 / 遺伝子: bll0957, Atu2573,AGR_C_4663 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q89VT8, UniProt: Q7CWR3, 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの #2: タンパク質 | 分子量: 11165.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 株: C58 / 遺伝子: AGR_C_4658, Atu2571 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9CHM9 |
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-非ポリマー , 5種, 378分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | CHAINS A, B ARE CHIMERIC PROTEINS COMPOSED OF UNP RESIDUES Q89VT8 1-220, Q7CWR3 236-246, Q89VT8 232-326 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10% PEG 4000, 10% PEG 8000, 0.17M ammonium acetate, 0.085M trisodium citrate dyhydrate pH 5.6, 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月4日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→46.08 Å / Num. all: 62151 / Num. obs: 62048 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 38.841 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 18.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.1→46.08 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 130.95 Å2 / Biso mean: 37.6035 Å2 / Biso min: 10.06 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22
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