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万見
- PDB-4h1l: TCR interaction with peptide mimics of nickel offers structural i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h1l
タイトルTCR interaction with peptide mimics of nickel offers structural insights in nickel contact allergy
要素
  • Ani2.3 TCR A chain
  • Ani2.3 TCR B chain
  • HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
  • MHC class II antigen
  • mimotope peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / immunoglobin fold / TCR recogniton of MHC / MHC II / glycosidation / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation ...myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / transport vesicle membrane / polysaccharide binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / PD-1 signaling / T cell receptor binding / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / cognition / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / endocytic vesicle membrane / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / adaptive immune response / lysosome / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / Golgi membrane / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Immunoglobulin V-Type ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class II antigen / Ani2.3 TCR A chain / Ani2.3 TCR B chain / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DR beta 3 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kappler, J.W. / Yin, L. / Dai, S. / Marrack, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: T-cell receptor (TCR) interaction with peptides that mimic nickel offers insight into nickel contact allergy.
著者: Yin, L. / Crawford, F. / Marrack, P. / Kappler, J.W. / Dai, S.
履歴
登録2012年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: MHC class II antigen
C: mimotope peptide
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: MHC class II antigen
F: mimotope peptide
G: Ani2.3 TCR A chain
H: Ani2.3 TCR B chain
I: Ani2.3 TCR A chain
J: Ani2.3 TCR B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,35310
ポリマ－138,35310
非ポリマー00
水00
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: MHC class II antigen
C: mimotope peptide
I: Ani2.3 TCR A chain
J: Ani2.3 TCR B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1775
ポリマ－69,1775
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: MHC class II antigen
F: mimotope peptide
G: Ani2.3 TCR A chain
H: Ani2.3 TCR B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1775
ポリマ－69,1775
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)186.722, 186.722, 166.702
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain B and (resseq 4:105 or resseq 114:190 )
211chain E and (resseq 4:105 or resseq 114:190 )
112chain A and (resseq 3:180 )
212chain D and (resseq 3:180 )
113chain G and (resseq 1:113 )
213chain I and (resseq 1:113 )
114chain H and (resseq 1:111 )
214chain J and (resseq 1:111 )
115chain C and (resseq -1:11 )
215chain F and (resseq -1:11 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

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要素

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 20727.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / プラスミド: baculovirus / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 MHC class II antigen


分子量: 21848.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB3 / プラスミド: baculovirus / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: D0AB36, UniProt: P79483*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド mimotope peptide


分子量: 1539.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 Ani2.3 TCR A chain


分子量: 12426.917 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7MTK9*PLUS
#5: タンパク質 Ani2.3 TCR B chain


分子量: 12634.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7MTL0*PLUS
配列の詳細THESE MISMATCHES ARE CONSEQUENCE OF A GENE RARE ALLELE OF HUMAN DR GENE (DR52C)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 80 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Ammonium tartrate dibasic, 12% PEG 3350 , pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→20 Å / Num. all: 50237 / Num. obs: 46186 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_629)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→19.826 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2846 2346 4.37 %RANDOM
Rwork0.2633 ---
obs0.2643 44267 87.93 %-
all-50343 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 15.192 Å2 / ksol: 0.241 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.0564 Å2-0 Å2-0 Å2
2--12.0564 Å20 Å2
3----24.1129 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→19.826 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9630 0 0 0 9630
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0139894
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.50213408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0123602
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0921426
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061750
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B1475X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12E1475X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
21A1465X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D1465X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.069
31G878X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32I878X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.085
41H890X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42J890X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.075
51C107X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52F107X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2791-3.36070.4314740.44071629X-RAY DIFFRACTION48
3.3607-3.45110.4281970.42982113X-RAY DIFFRACTION62
3.4511-3.55210.39171210.41442566X-RAY DIFFRACTION75
3.5521-3.66610.41381460.39172977X-RAY DIFFRACTION87
3.6661-3.79620.3751400.35733096X-RAY DIFFRACTION90
3.7962-3.94710.34631410.33373126X-RAY DIFFRACTION92
3.9471-4.12520.31881410.28453154X-RAY DIFFRACTION92
4.1252-4.34050.23821470.25593283X-RAY DIFFRACTION95
4.3405-4.60930.2631480.22743308X-RAY DIFFRACTION96
4.6093-4.960.23761540.20723334X-RAY DIFFRACTION98
4.96-5.44970.22171560.21053401X-RAY DIFFRACTION98
5.4497-6.21690.23181530.21363415X-RAY DIFFRACTION99
6.2169-7.7540.25231590.21033438X-RAY DIFFRACTION99
7.754-19.82640.24631570.213493X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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