ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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SCALEPACK | | データスケーリング | | PHENIX | 1.7.3_928精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | HKL-2000 | | データ収集 | | DENZO | | データ削減 | | PHASER | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→24.472 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / FOM work R set: 0.8342 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.96 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2454 | 2364 | 5.07 % | random |
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Rwork | 0.2054 | - | - | - |
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obs | 0.2075 | 45110 | 96.74 % | - |
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all | - | 46631 | - | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.818 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 94.88 Å2 / Biso mean: 27.8231 Å2 / Biso min: 7.72 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.2931 Å2 | -0 Å2 | -0.0647 Å2 |
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2- | - | -0.0833 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.2098 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→24.472 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3920 | 480 | 10 | 434 | 4844 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.01 | 4691 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.027 | 6500 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.061 | 717 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.004 | 746 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d16.637 | 1786 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.8424-1.88 | 0.3145 | 137 | 0.2701 | 2181 | 2318 | 83 | 1.88-1.9209 | 0.3004 | 127 | 0.2548 | 2531 | 2658 | 95 | 1.9209-1.9655 | 0.2775 | 125 | 0.2219 | 2595 | 2720 | 96 | 1.9655-2.0147 | 0.2536 | 125 | 0.2125 | 2552 | 2677 | 97 | 2.0147-2.0691 | 0.2397 | 133 | 0.1991 | 2623 | 2756 | 97 | 2.0691-2.13 | 0.3048 | 129 | 0.2039 | 2606 | 2735 | 97 | 2.13-2.1987 | 0.2283 | 142 | 0.1973 | 2573 | 2715 | 97 | 2.1987-2.2772 | 0.261 | 124 | 0.1939 | 2650 | 2774 | 98 | 2.2772-2.3683 | 0.2558 | 147 | 0.2022 | 2614 | 2761 | 98 | 2.3683-2.476 | 0.2583 | 140 | 0.1974 | 2630 | 2770 | 98 | 2.476-2.6064 | 0.2295 | 142 | 0.2042 | 2623 | 2765 | 98 | 2.6064-2.7695 | 0.2293 | 144 | 0.1987 | 2656 | 2800 | 98 | 2.7695-2.983 | 0.2502 | 138 | 0.2064 | 2659 | 2797 | 99 | 2.983-3.2825 | 0.2516 | 167 | 0.1968 | 2648 | 2815 | 99 | 3.2825-3.7561 | 0.2043 | 136 | 0.1946 | 2696 | 2832 | 99 | 3.7561-4.7266 | 0.2181 | 140 | 0.1854 | 2708 | 2848 | 99 | 4.7266-24.4742 | 0.2669 | 168 | 0.235 | 2722 | 2890 | 98 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.9121 | -0.3029 | 0.203 | 1.3846 | -0.1978 | 1.438 | -0.0121 | 0.1147 | -0.0297 | -0.1955 | 0.0381 | 0.0534 | -0.0061 | -0.0475 | -0.018 | 0.187 | -0.0085 | -0.0173 | 0.1014 | -0.0104 | 0.084 | -6.813 | -11.4818 | -13.438 | 2 | 1.2429 | -0.0667 | 0.0627 | 1.0397 | -0.093 | 1.1958 | 0.0014 | -0.0062 | -0.0092 | -0.0025 | 0.0318 | -0.1305 | 0.0193 | 0.1378 | 0.0179 | 0.065 | -0.0024 | 0.0152 | 0.076 | 0.0004 | 0.1138 | -41.4073 | 10.7628 | -47.1203 | 3 | 0.9361 | -0.9563 | -0.0311 | 1.6986 | -1.154 | 4.446 | 0.0573 | -0.1382 | -0.4578 | 0.3024 | 0.1672 | 0.2188 | 0.05 | -0.3221 | -0.2109 | 0.3 | 0.0355 | -0.0418 | 0.2546 | 0.1046 | 0.2411 | -38.1111 | 1.5749 | -22.8948 | 4 | 2.001 | -0.5401 | -1.2916 | 1.7458 | -0.3511 | 1.1398 | 0.0334 | -0.3161 | -0.0276 | 0.2372 | 0.1868 | 0.1548 | -0.2012 | 0.0937 | 0.2043 | 0.353 | 0.1185 | -0.0659 | 0.2946 | 0.0543 | 0.2586 | -31.0475 | -2.2321 | -15.9866 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain AA122 - 369 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain BB122 - 369 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain CC1 - 12 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain DD1 - 12 | | | | | | | | |
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