PDB-4gyu: Crystal Structure of New Delhi Metallo-beta-Lactamase-1 A121F mut...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gyu

タイトル

Crystal Structure of New Delhi Metallo-beta-Lactamase-1 A121F mutant from Klebsiella pneumoniae

要素

Beta-lactamase NDM-1

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Protein Structure Initiative / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI / alpha-beta-beta-alpha fold

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.803 Å

データ登録者

Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, J. / Binkowski, T.A. / Mire, J. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)

引用

ジャーナル: To be Published / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of New Delhi Metallo-beta-Lactamase-1 A121F mutant from Klebsiella pneumoniae
著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, J. / Binkowski, T.A. / Mire, J. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gyu.cif.gz	109.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gyu.ent.gz	82.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gyu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gyu_validation.pdf.gz	615.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gyu_full_validation.pdf.gz	616.2 KB	表示
XML形式データ	4gyu_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	4gyu_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/4gyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/4gyu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q6x PDB 未公開エントリS 3rkj 3rkk 3sbl 3sfp 3srx 4gyq S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c1r-3 4y7g-d 6s8s-2 5t46-2 6d1x-d 6f9s-d 2g1m-d 5zjz-d 1yu6-1 6o1s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC105101

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (4)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase NDM-1

ヘテロ分子

26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.473, 101.473, 42.679
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Beta-lactamase NDM-1 / NDM-1 / Metallo-beta-lactamase NDM-1 分子量: 25794.012 Da / 分子数: 1 / 変異: A121F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase

#1: タンパク質

Beta-lactamase NDM-1 / NDM-1 / Metallo-beta-lactamase NDM-1

分子量: 25794.012 Da / 分子数: 1 / 変異: A121F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 136分子

#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#3: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Imidazole:HCl pH 8.0 1.0 M Sodium Citrate Tribasic, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月30日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 22017 / Num. obs: 22017 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 14.11 Å² / R_sym value: 0.117 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 769 / R_sym value: 0.49 / % possible all: 65.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_920)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3Q6X

3q6x
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.803→43.939 Å / SU ML: 0.19 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.195	1131	5.14 %	random
R_work	0.152	-	-	-
all	0.154	21999	-	-
obs	0.154	21999	94.12 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.927 Å² / k_sol: 0.438 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.5887 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.5887 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.1774 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.803→43.939 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1796	0	48	130	1974

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1892
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.235	2560
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.386	671
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	280
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	337

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.8031-1.8851	0.2287	97	0.1751	1850	1947	68
1.8851-1.9845	0.2071	133	0.1416	2349	2482	85
1.9845-2.1088	0.1787	138	0.1357	2763	2901	100
2.1088-2.2717	0.1637	149	0.1359	2750	2899	100
2.2717-2.5003	0.1805	172	0.1425	2747	2919	100
2.5003-2.862	0.2066	153	0.1519	2762	2915	100
2.862-3.6055	0.1953	148	0.1513	2787	2935	100
3.6055-43.9521	0.2067	141	0.1654	2860	3001	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.816	0.0399	0.2845	0.8468	0.8108	1.8333	0.2118	0.0993	-0.2419	-0.1453	-0.1908	-0.0009	0.0027	-0.3934	-0.036	0.1665	-0.0028	-0.0203	0.2321	0.0104	0.1561	29.7838	-38.5669	11.5073
2	1.1634	-0.0675	-0.1335	1.067	0.0001	1.3151	-0.0463	0.1686	0.0214	-0.1983	0.0042	-0.0279	0.1032	0.0243	0.0492	0.0836	-0.001	-0.0012	0.0826	0.0041	0.0555	16.4639	-46.2345	-0.4536
3	1.0971	-0.2174	-0.2044	1.0211	0.3513	1.799	-0.0214	-0.058	0.0086	0.1323	0.011	0.0515	0.0407	-0.0382	-0.0376	0.0883	0.016	-0	0.0901	0.0101	0.0642	9.7492	-42.7952	3.6693
4	2.4779	-0.2562	1.5683	2.0967	0.2034	6.1235	0.0026	0.1019	-0.1656	0.013	0.1154	-0.004	0.1136	0.0061	-0.0441	0.0846	-0.0081	0.0178	0.0603	0.0084	0.0885	10.81	-52.5542	5.9793
5	1.4656	-0.4598	1.1018	0.6872	-0.8524	1.2984	0.0654	0.0957	-0.2071	-0.085	0.0033	0.1251	0.1919	0.0852	-0.1207	0.083	0.0043	-0.0069	0.0929	-0.0052	0.1155	-0.4599	-43.0637	0.1383
6	1.2091	0.6942	0.4858	2.26	0.4349	1.3736	-0.0129	-0.0679	0.1341	0.0312	0.0443	0.1827	0.1497	-0.1513	-0.0433	0.014	0.0172	0.0137	0.0525	-0.0017	0.1205	-4.1189	-33.3795	1.2799
7	1.6118	-0.2282	0.0399	1.1208	0.5203	0.2487	-0.1053	-0.0349	0.0491	0.0173	0.0502	0.1058	-0.0586	-0.0206	0.0428	0.0697	-0.0073	-0.0129	0.102	0.009	0.1213	1.6552	-30.4883	1.8277
8	1.8711	0.2775	-0.6539	1.6015	-1.031	2.5762	-0.051	-0.0356	0.0749	-0.0272	0.1491	-0.1251	-0.1554	0.172	-0.1492	0.0844	-0.0323	-0.0135	0.1095	-0.0282	0.1142	13.8869	-31.4232	-0.9046
9	1.5339	-0.2362	0.2651	1.9532	0.8998	2.2087	-0.0862	0.5332	0.135	-0.374	0.1362	0.025	-0.0716	-0.0621	-0.0054	0.1689	-0.0839	-0.0105	0.239	0.0376	0.1313	7.8515	-27.0911	-12.1461
10	2.2985	-0.2167	-0.0735	2.6077	-0.3348	0.0966	0.0146	0.0297	0.1908	-0.0989	0.1169	-0.1929	-0.0068	0.088	-0.0864	0.0926	-0.0294	-0.0062	0.0906	0.017	0.121	16.7171	-31.0787	-0.8985
11	3.3005	-0.3102	2.468	1.2122	-1.0186	5.1887	-0.2429	0.8257	0.204	-0.3185	0.3117	0.1354	-0.1671	0.0995	-0.0083	0.1588	-0.0976	0.0098	0.2289	0.0407	0.1522	15.621	-24.5921	-12.3561

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 29:43)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 44:70)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 71:94)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 95:108)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 109:152)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 153:170)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 171:194)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 195:215)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 216:239)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 240:255)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resseq 256:269)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)