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- PDB-4gyt: Crystal structure of lpg0076 protein from Legionella pneumophila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gyt
タイトルCrystal structure of lpg0076 protein from Legionella pneumophila
要素uncharacterized protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / predicted Legionella effector
機能・相同性YgfB uncharacterised protein family PF03695 / YgfB-like / YgfB-like superfamily / Uncharacterised protein family (UPF0149) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / cytosol / YecA family protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.047 Å
データ登録者Michalska, K. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of lpg0076 protein from Legionella pneumophila
著者: Michalska, K. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein
B: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7104
ポリマ－43,6642
非ポリマー462
水2,198122
1
A: uncharacterized protein
ヘテロ分子

B: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7104
ポリマ－43,6642
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y+1/2,-z+1/21
Buried area1710 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area17550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.847, 85.872, 103.845
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein


分子量: 21832.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: str. Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg0076 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q5ZZD5
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-Tris, 0.2M ammonium acetate, 27% PEG3350, 5% Jeff M-600, 1/280 trypsin , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.047→30 Å / Num. all: 29913 / Num. obs: 28918 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.752 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1417 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
BUCCANEERモデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1096)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.047→28.789 Å / SU ML: 0.16 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.48 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED AT THE RIDING POSITIONS; THE PROTEIN WAS SUBJECTED TO IN SITU PROTEOLYSIS, THEREFORE THE EXACT LENGTH OF THE CRYSTALLIZED POLYPEPTIDE COULD NOT BE DETERMINED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2129 1454 5.04 %random
Rwork0.1692 ---
all0.173 28862 --
obs0.1713 28862 96.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.047→28.789 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2798 0 2 122 2922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122918
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2033942
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3421082
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069426
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005530
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0472-2.12030.25481490.20912666X-RAY DIFFRACTION96
2.1203-2.20520.24121480.20132741X-RAY DIFFRACTION98
2.2052-2.30550.23571410.18752736X-RAY DIFFRACTION98
2.3055-2.4270.2341560.17312732X-RAY DIFFRACTION98
2.427-2.5790.25421490.17252739X-RAY DIFFRACTION97
2.579-2.77790.22291340.19132752X-RAY DIFFRACTION97
2.7779-3.05720.27171510.20192726X-RAY DIFFRACTION96
3.0572-3.49890.24611320.17822733X-RAY DIFFRACTION96
3.4989-4.40580.16771570.14612744X-RAY DIFFRACTION95
4.4058-28.79130.1911370.15642839X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6434-0.42730.45093.4026-0.48463.16310.1267-0.11920.1346-0.0557-0.2343-0.3324-0.21310.3723-0.01310.237-0.0487-0.02250.2503-0.00850.209417.007529.283818.4421
20.297-0.19450.17790.76370.40010.5432-0.1435-0.6125-0.82970.88750.3447-0.5910.33550.47190.04980.30250.1097-0.0560.53980.0720.653824.614817.475522.9323
31.44340.481-0.20010.6326-0.4451.3499-0.0314-0.34060.22430.2615-0.0443-0.1723-0.44630.0962-0.00010.3021-0.0369-0.06650.3011-0.04150.236113.230634.60924.9391
42.0753-1.2614-0.95611.4131-0.7653.09910.06090.31590.2413-0.4117-0.1605-0.2562-0.22650.23180.00090.40340.00790.03370.31630.01730.284117.001437.09368.0537
52.1409-0.49091.19924.39460.70472.9582-0.03790.7378-0.1444-0.7791-0.10110.5319-0.214-0.50740.0130.50090.0235-0.18050.4625-0.07670.36071.776533.01647.0913
61.73780.21040.98541.19050.95051.17170.2850.58820.6906-0.2869-0.0465-0.074-1.219-0.09390.00210.60010.089-0.00520.39050.05920.448610.727545.85486.5921
70.6394-0.6125-0.57720.60810.44750.59020.20120.3773-0.0266-0.0457-0.17130.5822-0.1718-0.53080.00430.2882-0.0191-0.09060.293-0.06160.374-4.019634.340820.2922
82.3069-0.98810.92171.76470.42122.2857-0.07911.1177-0.8398-0.48310.1033-0.70320.59150.71370.0210.4461-0.06560.05460.6015-0.03110.30978.96492.53472.1726
91.01180.86221.28731.73780.56361.9374-0.14440.24490.2823-0.1558-0.0313-0.0137-0.0042-0.0158-0.00020.2072-0.0028-0.02310.27820.02280.26067.03269.013114.113
100.9213-0.04710.98030.40880.44981.5452-0.2380.26910.3132-0.219-0.04840.2327-0.88920.13760.00040.525-0.0774-0.1350.38910.05120.35512.074811.85912.0666
112.04571.0751.57832.0911-0.22582.2198-0.01080.3969-1.2951-0.2976-0.1007-0.08230.4410.06690.02730.41810.0322-0.00150.2895-0.07620.43215.9802-4.342113.154
122.47090.97921.79233.0156-0.32051.81570.08210.0826-0.08540.13020.0166-0.74370.25820.64790.01990.30010.0597-0.06380.36950.02140.417516.50193.581521.8672
131.4287-0.65450.78291.06160.5571.5165-0.0934-0.1005-0.4423-0.07930.2106-0.86760.62291.29140.02220.49860.26590.02160.6327-0.05250.803723.0021-5.694816.4996
141.18060.788-0.0560.8436-0.52810.78960.0496-0.469-0.21160.14960.055-0.05060.1224-0.3716-0.00090.30370.0107-0.07060.30440.05360.30455.41011.419428.9316
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 7:52)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 53:65)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 66:91)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 92:116)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 117:150)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 151:173)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 174:183)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 7:27)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 28:52)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 53:77)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 78:98)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 99:139)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 140:172)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 173:183)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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