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- PDB-4gw9: Structure of a bacteriophytochrome and light-stimulated protomer ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gw9
タイトルStructure of a bacteriophytochrome and light-stimulated protomer swapping with a gene repressor
要素bacteriophytochrome
キーワードSIGNALING PROTEIN / PHOTORECEPTOR / PAS/PAC SENSOR / BACTERIOPBHYTOCHROME / BACTERIOPHYTOCHROME PHOTOSENSORY AND C-TERMINAL OUTPUT TRANSDUCING DOMAINS / GENE REPRESSOR RPPPSR2 / photosensory core domain and PAS/PAC domain / Light signaling / PpsR2
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of visible light / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding
類似検索 - 分子機能
PHY domain / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. ...PHY domain / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / Putative PAS/PAC sensor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Bellini, D. / Papiz, M.Z.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structure of a bacteriophytochrome and light-stimulated protomer swapping with a gene repressor.
著者: Bellini, D. / Papiz, M.Z.
履歴
登録2012年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年9月26日ID: 4EHO
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: bacteriophytochrome
B: bacteriophytochrome
C: bacteriophytochrome
D: bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,1638
ポリマ－291,8334
非ポリマー2,3314
水5,711317
1
A: bacteriophytochrome
D: bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0824
ポリマ－145,9162
非ポリマー1,1652
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6900 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area58160 Å2
手法PISA
2
B: bacteriophytochrome
C: bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0824
ポリマ－145,9162
非ポリマー1,1652
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6550 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area58310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.940, 146.870, 139.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.686415, -0.647729, 0.330578), (-0.644982, -0.752237, -0.134676), (0.335907, -0.120773, -0.93412)95.86872, 41.39622, 113.46818
3given(-0.847618, 0.16746, -0.503489), (0.064345, -0.909449, -0.410806), (-0.526692, -0.380604, 0.76009)95.69354, 78.86018, -8.64279
4given(-0.817229, 0.55774, 0.145134), (0.535876, 0.642727, 0.547485), (0.212073, 0.525194, -0.824134)135.63954, -60.45369, 44.52623

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要素

#1: タンパク質
bacteriophytochrome


分子量: 72958.180 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal 70 kDa fragment / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: CGA009 / 遺伝子: RPA1537 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: B3Q7C0, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FULL LENGTH PROTEIN WITH N-HIS6TAG-(1-730) WAS EXPRESSED. HOWEVER, RESIDUES 636-730 WERE LOST ...THE FULL LENGTH PROTEIN WITH N-HIS6TAG-(1-730) WAS EXPRESSED. HOWEVER, RESIDUES 636-730 WERE LOST DURING PURIFICATION/CRYSTALLIZATION. SEQUENCE CORRESPONDS TO EMBL DATABASE ACCESSION NUMBER ENA|CAE26979|CAE26979.1
由来についての詳細THE PROTEIN SOURCE IS RHODOPSEUDOMONAS PALUSTRIS, STRAIN CGA009 AND THE GENE IS RPA1537. THIS GENE ...THE PROTEIN SOURCE IS RHODOPSEUDOMONAS PALUSTRIS, STRAIN CGA009 AND THE GENE IS RPA1537. THIS GENE IS FRAME SHIFTED WHICH WAS REPAIRED AND THEN NEAREST SIMILAR UNIPROT SEQUENCE IS B3Q7C0 IN STRAIN TIE-1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.7 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PROTEIN CONCENTRATION 20 MG/ML, 4% POLY-GAMMA-GLUTAMIC ACID POLYMER, 100 MM TRISHCL PH 8, 0.4 M NIACINAMIDE, 200 MM KBR, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0310.97911, 0.97949, 0.98244, 0.9700
2
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月24日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI 111 CHANNEL DOUBLE MONOCHROMATORMADMx-ray1
2SI 111 CHANNEL DOUBLE MONOCHROMATORSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979111
20.979491
30.982441
40.971
反射解像度: 2.8→74 Å / Num. obs: 97789 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.63 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 29.769 / SU ML: 0.269 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.253 / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24318 4419 5 %RANDOM
Rwork0.19952 ---
obs0.20169 83799 97.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.76 Å20 Å20.46 Å2
2--11.54 Å20 Å2
3----8.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19306 0 172 317 19795
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01919961
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0213646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5231.98327168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.323332953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.83552491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.64622.659929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.56153035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.75615218
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.23022
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02122497
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.024257
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.972 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 308 -
Rwork0.353 5852 -
obs--98.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2668-0.08390.3591.2071-1.28312.49780.1758-0.0409-0.0532-0.053-0.11060.2354-0.06560.0592-0.06520.3650.02090.06150.0409-0.00320.516973.52938.7924.625
21.73050.3084-2.10390.3175-0.21722.81740.06340.124-0.1536-0.0643-0.11140.0093-0.0216-0.08720.0480.34150.0971-0.01380.316-0.03590.4083-50.04529.63394.736
31.8004-0.3621-1.8840.09090.46832.85220.1475-0.43540.2309-0.00510.0651-0.0694-0.33150.3783-0.21260.488-0.08080.06450.1287-0.03890.45749.31527.74537.528
40.05140.01860.44510.138-0.00734.33620.05580.007-0.0376-0.00240.07050.00050.50260.1915-0.12620.41640.00630.00020.41450.00750.366694.9938.09277.925
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 635
2X-RAY DIFFRACTION1A900
3X-RAY DIFFRACTION2B8 - 634
4X-RAY DIFFRACTION2B900
5X-RAY DIFFRACTION3C8 - 633
6X-RAY DIFFRACTION3C900
7X-RAY DIFFRACTION4D8 - 635
8X-RAY DIFFRACTION4D900

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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